More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1386 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1386  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 471 aa  952    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2173  GntR family transcriptional regulator  45.97 
 
 		 467 aa  411  1e-113  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0314579  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1647  GntR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 467 aa  404  1e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.420905 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0018  GntR family transcriptional regulator  45.55 
 
 		 467 aa  403  1e-111  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2133  GntR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 476 aa  203  5e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3865  transcriptional regulator  30.11 
 
 		 465 aa  202  8e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2388  GntR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 468 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0539  transcriptional regulator  31.56 
 
 		 462 aa  192  1e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0353345 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1054  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  30.28 
 
 		 467 aa  191  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.180567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1932  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  32.41 
 
 		 472 aa  191  2.9999999999999997e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.557611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0055  GntR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 465 aa  190  4e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.484354  hitchhiker  0.00409512 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2141  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  32.24 
 
 		 472 aa  189  8e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.196836  normal  0.113478 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3041  GntR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 467 aa  187  3e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0486  GntR family transcriptional regulator  31.04 
 
 		 474 aa  186  7e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0484515 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2733  GntR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 467 aa  184  3e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0907  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  30.15 
 
 		 467 aa  184  4.0000000000000006e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.358943  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1974  GntR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 514 aa  183  5.0000000000000004e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1897  transcriptional regulator GntR family  30.34 
 
 		 474 aa  183  7e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2152  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 465 aa  182  1e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.162886  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0519  GntR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 460 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.481515 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3275  transcriptional regulator  29.91 
 
 		 468 aa  182  2e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.589636 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2317  GntR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 462 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1306  putative HTH-type trancriptional regulator, GntR family  30.74 
 
 		 446 aa  180  5.999999999999999e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.734577  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1503  GntR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 472 aa  179  8e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0921845 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7573  transcriptional regulator GntR family  28.63 
 
 		 467 aa  177  5e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.688585  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5773  transcriptional regulator  28.73 
 
 		 470 aa  176  6e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.272956  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6017  GntR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 470 aa  176  9e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6146  transcriptional regulator  27.69 
 
 		 470 aa  173  5.999999999999999e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1990  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  29.31 
 
 		 461 aa  172  2e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2019  GntR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 486 aa  171  2e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.437741 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6651  transcriptional regulator  28.1 
 
 		 470 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.441186  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5806  GntR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 470 aa  171  3e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6170  GntR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 470 aa  171  3e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.590476  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4502  transcriptional regulator  31.45 
 
 		 460 aa  170  5e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0157503  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4954  GntR family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 466 aa  169  1e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3290  transcriptional regulator  30.8 
 
 		 463 aa  168  2e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.70657  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5391  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  28.51 
 
 		 481 aa  167  4e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0054  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  28.26 
 
 		 479 aa  166  8e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.38477  normal  0.137274 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4429  GntR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 466 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000708029 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3026  GntR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 456 aa  164  3e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5181  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  30.07 
 
 		 447 aa  163  6e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3796  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  29.18 
 
 		 471 aa  163  8.000000000000001e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.975014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1108  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  29.18 
 
 		 471 aa  162  9e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0682  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  30.92 
 
 		 474 aa  161  2e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000368055 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0243  transcriptional regulator  28.1 
 
 		 479 aa  160  3e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4375  GntR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 464 aa  158  2e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3856  transcriptional regulator  29.04 
 
 		 453 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3848  transcriptional regulator  29.52 
 
 		 463 aa  157  4e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3701  GntR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 478 aa  154  5e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2483  transcriptional regulator  29.82 
 
 		 470 aa  152  1e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0358309  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3553  GntR family transcriptional regulator  29.98 
 
 		 472 aa  151  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.32329 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3169  hypothetical protein  29.36 
 
 		 461 aa  152  2e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0414  GntR family transcriptional regulator  30.02 
 
 		 460 aa  151  2e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.227199  normal  0.900094 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5339  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  28.17 
 
 		 469 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.485061  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6454  transcriptional regulator  27.25 
 
 		 470 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.645482 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5794  GntR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 465 aa  148  2.0000000000000003e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0227709  normal  0.15383 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1433  GntR family transcriptional regulator  26.81 
 
 		 470 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.139667  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6395  GntR family transcriptional regulator  26.81 
 
 		 470 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3753  GntR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 456 aa  147  3e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1101  GntR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 464 aa  147  3e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6946  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  29.65 
 
 		 463 aa  147  5e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4755  GntR family transcriptional regulator  31 
 
 		 457 aa  146  6e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.151442  normal  0.0255466 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3954  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  29.54 
 
 		 463 aa  146  9e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.890066  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2107  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  30.48 
 
 		 444 aa  145  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0279  GntR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 461 aa  145  1e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3968  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  27.37 
 
 		 464 aa  145  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2717  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  27.94 
 
 		 463 aa  145  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5795  GntR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 447 aa  145  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000631  transcriptional regulator GntR family threonine metabolism  26.46 
 
 		 477 aa  145  2e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6160  GntR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 447 aa  145  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0975  transcriptional regulator  31.92 
 
 		 460 aa  144  3e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.669245  normal  0.399743 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6621  transcriptional regulator  27.17 
 
 		 480 aa  144  4e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.920064 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6640  transcriptional regulator  28.73 
 
 		 447 aa  144  4e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5513  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  27.95 
 
 		 461 aa  144  5e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.412768  decreased coverage  0.00050533 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1857  putative transcription regulator protein  29.37 
 
 		 463 aa  143  6e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.532766  normal  0.0261786 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7710  GntR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 447 aa  143  8e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2001  GntR family transcriptional regulator  29.4 
 
 		 473 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.577314  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0608  GntR family transcriptional regulator  29.4 
 
 		 478 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.617873  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0678  GntR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 465 aa  141  3e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.776198  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0563  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  28.29 
 
 		 465 aa  141  3e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4044  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  27.47 
 
 		 461 aa  141  3e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.24687  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0615  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  31.66 
 
 		 491 aa  138  2e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.736452  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1514  GntR family transcriptional regulator  29.4 
 
 		 444 aa  138  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.550844  normal  0.508918 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2371  GntR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 452 aa  137  4e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0395364  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2469  transcriptional regulator  25.73 
 
 		 503 aa  137  4e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0495293  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2617  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  26.06 
 
 		 467 aa  137  4e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.29152  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1976  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  28.21 
 
 		 452 aa  137  5e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0568714  hitchhiker  0.000000155342 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5234  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  27.5 
 
 		 461 aa  137  6.0000000000000005e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.214132 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5571  transcriptional regulator  27.91 
 
 		 444 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3461  GntR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 460 aa  136  9e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3799  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  28.32 
 
 		 504 aa  135  9.999999999999999e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2486  transcriptional regulator  27.56 
 
 		 452 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.11043  decreased coverage  0.000113199 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2383  GntR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 452 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.560047  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3760  GntR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 462 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1406  GntR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 463 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.84949 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2041  GntR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 444 aa  134  3.9999999999999996e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3364  transcriptional regulator  31.14 
 
 		 498 aa  133  6.999999999999999e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1931  GntR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 466 aa  132  1.0000000000000001e-29  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1090  GntR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 443 aa  132  1.0000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1753  GntR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 452 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.719821  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>