More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3072 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012560  Avin_36150  regulatory protein GntR  85.31 
 
 		 472 aa  807    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.70939  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3072  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 455 aa  931    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.536959  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0288  transcriptional regulator  54.93 
 
 		 468 aa  502  1e-141  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.634833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3504  GntR family transcriptional regulator  53.96 
 
 		 461 aa  499  1e-140  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4014  transcriptional regulator  53.74 
 
 		 461 aa  498  1e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.920353  normal  0.229974 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6026  GntR family transcriptional regulator  40.5 
 
 		 461 aa  330  4e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69750  putative transcriptional regulator  40.58 
 
 		 458 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.477513  normal  0.557474 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4705  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  38.93 
 
 		 472 aa  326  5e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00798058 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3628  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  38.93 
 
 		 472 aa  326  5e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1175  transcriptional regulator  39.55 
 
 		 468 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.222416  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0251  GntR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 467 aa  318  2e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3186  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  36.63 
 
 		 472 aa  311  2e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.262075  normal  0.0345123 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0208  GntR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 466 aa  310  2.9999999999999997e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0780  GntR family transcriptional regulator  35.73 
 
 		 494 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0828  GntR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 488 aa  302  7.000000000000001e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.055566 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5401  transcriptional regulator  38.79 
 
 		 470 aa  301  2e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1166  GntR family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 484 aa  300  3e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1949  GntR family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 484 aa  300  3e-80  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.375046  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0860  GntR family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 484 aa  300  3e-80  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1317  GntR family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 484 aa  300  3e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.231093  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0288  GntR family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 484 aa  300  3e-80  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1004  GntR family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 484 aa  300  3e-80  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.315502  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3481  GntR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 491 aa  300  3e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.679234  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1157  GntR family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 484 aa  300  3e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4885  GntR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 491 aa  300  3e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0919  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  38.14 
 
 		 517 aa  299  8e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0850  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  37.69 
 
 		 492 aa  298  1e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.684396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0548  transcriptional regulator  37.36 
 
 		 470 aa  298  2e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0747191 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4265  GntR family transcriptional regulator  37.94 
 
 		 485 aa  297  2e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0310844 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2266  transcriptional regulator  37.74 
 
 		 488 aa  297  3e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0931  transcriptional regulator  37.39 
 
 		 486 aa  297  3e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.651676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3330  GntR family transcriptional regulator  36.66 
 
 		 484 aa  296  3e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.421066 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2384  GntR family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 486 aa  295  8e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0954  GntR family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 484 aa  295  9e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0681957  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3723  transcriptional regulator  37.97 
 
 		 520 aa  295  1e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.577094  normal  0.097742 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5687  GntR family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 486 aa  293  3e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4096  GntR family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 474 aa  293  4e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4791  transcriptional regulator  37.89 
 
 		 464 aa  293  6e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.629635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1736  GntR family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 486 aa  292  7e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.651157  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2348  GntR family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 486 aa  292  7e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.565315  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2369  transcriptional regulator  37.61 
 
 		 486 aa  292  9e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2507  GntR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 515 aa  291  2e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0989  putative transcription regulator protein  37.56 
 
 		 490 aa  290  3e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0613071  normal  0.192866 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1215  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  36.29 
 
 		 486 aa  290  3e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2977  transcriptional regulator GntR family  37.39 
 
 		 467 aa  290  3e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0593143  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0913  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  38.02 
 
 		 459 aa  289  7e-77  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.656272  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0591  GntR family transcriptional regulator  37.22 
 
 		 464 aa  288  2e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2114  transcriptional regulator  35.05 
 
 		 489 aa  288  2e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.213451 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0253  GntR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 483 aa  287  2.9999999999999996e-76  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2629  GntR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 463 aa  286  4e-76  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4836  GntR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 459 aa  283  5.000000000000001e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.539292  normal  0.780725 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2343  GntR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 512 aa  283  6.000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2596  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  37.72 
 
 		 464 aa  282  8.000000000000001e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.481198 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2320  regulatory protein GntR HTH  37.72 
 
 		 464 aa  282  8.000000000000001e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.303874  normal  0.360666 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6290  transcriptional regulator  39.3 
 
 		 467 aa  282  1e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.167913  normal  0.588848 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1822  GntR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 460 aa  281  2e-74  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48160  Aminotransferase protein  37.41 
 
 		 460 aa  279  6e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2663  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  36.55 
 
 		 469 aa  276  6e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.139501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2911  GntR family transcriptional regulator  38.17 
 
 		 471 aa  275  9e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.86551 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4735  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  37.75 
 
 		 471 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00481919 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2275  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  36.4 
 
 		 464 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0777577  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3668  transcriptional regulator  36.59 
 
 		 509 aa  275  1.0000000000000001e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.22591  normal  0.0459269 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7210  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  38.51 
 
 		 478 aa  275  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.154895  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4193  GntR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 466 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3084  transcriptional regulator  35.54 
 
 		 460 aa  271  1e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.189557  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2335  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  35.97 
 
 		 470 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.179489  normal  0.948278 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0968  GntR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 497 aa  270  2.9999999999999997e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.842177  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0204  GntR family transcriptional regulator  35.7 
 
 		 481 aa  269  8e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1846  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  36.04 
 
 		 473 aa  269  8e-71  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.40866 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2948  GntR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 460 aa  268  2e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.216869  normal  0.403502 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0247  GntR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 482 aa  268  2e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4218  aminotransferase class I and II  37.33 
 
 		 471 aa  268  2e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0183  GntR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 474 aa  266  4e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.214272  normal  0.932836 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0671  GntR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 471 aa  265  8.999999999999999e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2733  GntR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 460 aa  265  1e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2213  transcriptional regulator  35.51 
 
 		 474 aa  265  1e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.157881  normal  0.27822 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1335  GntR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 459 aa  265  1e-69  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4694  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  37.39 
 
 		 469 aa  265  1e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.56864  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3062  transcriptional regulator  35.29 
 
 		 460 aa  265  1e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.301843  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02394  putative transcription regulator protein  36.34 
 
 		 471 aa  264  2e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.38113  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4341  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  36.4 
 
 		 471 aa  264  2e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.86952 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2037  transcriptional regulator  35.95 
 
 		 474 aa  264  2e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1890  transcriptional regulator  33.86 
 
 		 488 aa  263  4e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.278936  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2542  GntR family transcriptional regulator  35.73 
 
 		 474 aa  263  6e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0371084  normal  0.0434236 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2063  transcriptional regulator  33.63 
 
 		 463 aa  262  8e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.569208  normal  0.0600848 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3172  GntR family transcriptional regulator  35.73 
 
 		 474 aa  262  8e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.30806  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1834  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  36.79 
 
 		 467 aa  262  8.999999999999999e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0688759  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4469  transcriptional regulator  35.67 
 
 		 469 aa  261  2e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.937407 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0595  transcriptional regulator  35.5 
 
 		 483 aa  258  1e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4272  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  34.79 
 
 		 467 aa  258  2e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.200991  normal  0.884881 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4382  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  34.79 
 
 		 467 aa  258  2e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.340395 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0258  GntR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 462 aa  254  2.0000000000000002e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3115  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  34.03 
 
 		 485 aa  254  2.0000000000000002e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.77087  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3842  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 485 aa  253  5.000000000000001e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7475  GntR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 484 aa  251  1e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.478224  normal  0.708073 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4240  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  32.82 
 
 		 517 aa  251  2e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3725  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 481 aa  248  1e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4775  transcriptional regulator, GntR family/aminotransferase, class I  33.79 
 
 		 446 aa  248  2e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4434  GntR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 486 aa  248  2e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1148  GntR family transcriptional regulator  33.41 
 
 		 446 aa  246  4e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.976845  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>