More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS02394 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RS02394  putative transcription regulator protein  100 
 
 
471 aa  940    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.38113  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4382  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  90.79 
 
 
467 aa  847    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.340395 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4272  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  90.79 
 
 
467 aa  847    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.200991  normal  0.884881 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0247  GntR family transcriptional regulator  56.87 
 
 
482 aa  513  1e-144  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4469  transcriptional regulator  56.44 
 
 
469 aa  508  1e-143  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.937407 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4341  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  56.99 
 
 
471 aa  510  1e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.86952 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0671  GntR family transcriptional regulator  58.06 
 
 
471 aa  510  1e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0204  GntR family transcriptional regulator  57.77 
 
 
481 aa  503  1e-141  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0591  GntR family transcriptional regulator  42.48 
 
 
464 aa  370  1e-101  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2911  GntR family transcriptional regulator  42.89 
 
 
471 aa  362  6e-99  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.86551 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2542  GntR family transcriptional regulator  41.13 
 
 
474 aa  360  4e-98  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0371084  normal  0.0434236 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2037  transcriptional regulator  41.13 
 
 
474 aa  360  4e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3172  GntR family transcriptional regulator  41.13 
 
 
474 aa  359  5e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.30806  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2213  transcriptional regulator  40.69 
 
 
474 aa  358  9e-98  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.157881  normal  0.27822 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2629  GntR family transcriptional regulator  41.39 
 
 
463 aa  353  2.9999999999999997e-96  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4694  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  42.7 
 
 
469 aa  341  1e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.56864  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0850  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  38.51 
 
 
492 aa  318  1e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.684396  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69750  putative transcriptional regulator  39.96 
 
 
458 aa  318  1e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.477513  normal  0.557474 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0919  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  39.1 
 
 
517 aa  317  3e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6026  GntR family transcriptional regulator  39.22 
 
 
461 aa  317  4e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0251  GntR family transcriptional regulator  40.91 
 
 
467 aa  316  5e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4240  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  40.13 
 
 
517 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2114  transcriptional regulator  38.2 
 
 
489 aa  313  4.999999999999999e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.213451 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2384  GntR family transcriptional regulator  39.01 
 
 
486 aa  311  1e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2320  regulatory protein GntR HTH  40.22 
 
 
464 aa  311  2e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.303874  normal  0.360666 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2596  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  40.22 
 
 
464 aa  311  2e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.481198 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2266  transcriptional regulator  38.71 
 
 
488 aa  310  4e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2063  transcriptional regulator  39.47 
 
 
463 aa  310  4e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.569208  normal  0.0600848 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0968  GntR family transcriptional regulator  38.51 
 
 
497 aa  309  5e-83  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.842177  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2275  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  40 
 
 
464 aa  309  5.9999999999999995e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0777577  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3186  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  37.01 
 
 
472 aa  307  3e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.262075  normal  0.0345123 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0860  GntR family transcriptional regulator  39.13 
 
 
484 aa  307  3e-82  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1949  GntR family transcriptional regulator  39.13 
 
 
484 aa  307  3e-82  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.375046  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1317  GntR family transcriptional regulator  39.13 
 
 
484 aa  307  3e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.231093  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1166  GntR family transcriptional regulator  39.13 
 
 
484 aa  307  3e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0931  transcriptional regulator  39.09 
 
 
486 aa  307  3e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.651676  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0288  GntR family transcriptional regulator  39.13 
 
 
484 aa  307  3e-82  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1004  GntR family transcriptional regulator  39.13 
 
 
484 aa  307  3e-82  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.315502  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1157  GntR family transcriptional regulator  39.13 
 
 
484 aa  307  3e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2369  transcriptional regulator  38.58 
 
 
486 aa  306  5.0000000000000004e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5687  GntR family transcriptional regulator  38.58 
 
 
486 aa  306  6e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1736  GntR family transcriptional regulator  38.58 
 
 
486 aa  306  6e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.651157  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2348  GntR family transcriptional regulator  38.58 
 
 
486 aa  306  6e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.565315  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0954  GntR family transcriptional regulator  38.83 
 
 
484 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0681957  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0989  putative transcription regulator protein  37.93 
 
 
490 aa  305  2.0000000000000002e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0613071  normal  0.192866 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3330  GntR family transcriptional regulator  38.33 
 
 
484 aa  305  2.0000000000000002e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.421066 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3628  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  38.19 
 
 
472 aa  303  3.0000000000000004e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4705  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  38.19 
 
 
472 aa  303  3.0000000000000004e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00798058 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0208  GntR family transcriptional regulator  38.05 
 
 
466 aa  303  4.0000000000000003e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0780  GntR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
494 aa  303  6.000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0828  GntR family transcriptional regulator  38.15 
 
 
488 aa  302  1e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.055566 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1834  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  38.27 
 
 
467 aa  300  4e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0688759  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1215  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  37.61 
 
 
486 aa  300  5e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3481  GntR family transcriptional regulator  38.21 
 
 
491 aa  299  8e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.679234  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4885  GntR family transcriptional regulator  38.21 
 
 
491 aa  299  8e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0253  GntR family transcriptional regulator  37.18 
 
 
483 aa  296  4e-79  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4265  GntR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
485 aa  297  4e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0310844 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1822  GntR family transcriptional regulator  36.4 
 
 
460 aa  296  5e-79  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1335  GntR family transcriptional regulator  36.03 
 
 
459 aa  296  7e-79  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2507  GntR family transcriptional regulator  38.28 
 
 
515 aa  296  7e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1890  transcriptional regulator  38.21 
 
 
488 aa  295  8e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.278936  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2343  GntR family transcriptional regulator  38.56 
 
 
512 aa  295  1e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5401  transcriptional regulator  38.48 
 
 
470 aa  295  1e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3723  transcriptional regulator  37.83 
 
 
520 aa  293  3e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.577094  normal  0.097742 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0548  transcriptional regulator  36.34 
 
 
470 aa  292  9e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0747191 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4096  GntR family transcriptional regulator  36.38 
 
 
474 aa  292  1e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2663  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  36.98 
 
 
469 aa  291  2e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.139501  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3084  transcriptional regulator  35.96 
 
 
460 aa  290  6e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.189557  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4791  transcriptional regulator  37.81 
 
 
464 aa  288  2e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.629635  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2335  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  36.17 
 
 
470 aa  288  2e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.179489  normal  0.948278 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7210  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  40.94 
 
 
478 aa  288  2e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.154895  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1175  transcriptional regulator  38.04 
 
 
468 aa  285  9e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.222416  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2733  GntR family transcriptional regulator  35.96 
 
 
460 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2977  transcriptional regulator GntR family  36.94 
 
 
467 aa  283  4.0000000000000003e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0593143  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2948  GntR family transcriptional regulator  35.54 
 
 
460 aa  282  7.000000000000001e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.216869  normal  0.403502 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3062  transcriptional regulator  35.53 
 
 
460 aa  282  1e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.301843  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6290  transcriptional regulator  39.54 
 
 
467 aa  280  3e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.167913  normal  0.588848 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1846  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  36.03 
 
 
473 aa  276  6e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.40866 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48160  Aminotransferase protein  37.53 
 
 
460 aa  274  2.0000000000000002e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0913  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  36.78 
 
 
459 aa  271  2e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.656272  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4836  GntR family transcriptional regulator  36.28 
 
 
459 aa  269  8e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.539292  normal  0.780725 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3504  GntR family transcriptional regulator  37.22 
 
 
461 aa  268  2e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4014  transcriptional regulator  37 
 
 
461 aa  266  7e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.920353  normal  0.229974 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0258  GntR family transcriptional regulator  32.82 
 
 
462 aa  265  8.999999999999999e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3072  GntR family transcriptional regulator  36.34 
 
 
455 aa  264  2e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.536959  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4193  GntR family transcriptional regulator  36.4 
 
 
466 aa  264  2e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36150  regulatory protein GntR  35.98 
 
 
472 aa  264  3e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.70939  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3668  transcriptional regulator  37.61 
 
 
509 aa  263  4.999999999999999e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.22591  normal  0.0459269 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7475  GntR family transcriptional regulator  38.51 
 
 
484 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.478224  normal  0.708073 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0288  transcriptional regulator  35.98 
 
 
468 aa  252  1e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.634833  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0183  GntR family transcriptional regulator  38.49 
 
 
474 aa  248  1e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.214272  normal  0.932836 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4735  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  36.95 
 
 
471 aa  248  2e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00481919 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3115  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  36.48 
 
 
485 aa  248  2e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.77087  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4218  aminotransferase class I and II  36.06 
 
 
471 aa  247  3e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3842  GntR family transcriptional regulator  36.27 
 
 
485 aa  245  9.999999999999999e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4434  GntR family transcriptional regulator  36.21 
 
 
486 aa  238  2e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1084  GntR family transcriptional regulator  31.6 
 
 
470 aa  234  3e-60  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.190425 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0403  GntR family transcriptional regulator  34.91 
 
 
473 aa  231  2e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0790125 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3725  GntR family transcriptional regulator  34.24 
 
 
481 aa  229  5e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4233  GntR family transcriptional regulator  34.22 
 
 
498 aa  230  5e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>