106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1843 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1843  transposase  100 
 
 		 491 aa  1008    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0142418 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4735  integrase catalytic subunit  63.8 
 
 		 464 aa  575  1.0000000000000001e-163  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1989  integrase catalytic subunit  63.8 
 
 		 464 aa  575  1.0000000000000001e-163  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0157211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4300  integrase catalytic region  62.67 
 
 		 468 aa  570  1e-161  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3832  integrase catalytic subunit  62.06 
 
 		 496 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.322894  normal  0.205763 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6516  integrase catalytic subunit  62.06 
 
 		 496 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.983833  normal  0.529285 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1677  integrase catalytic region  59.53 
 
 		 496 aa  555  1e-157  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.257705  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0670  putative transposase  64.19 
 
 		 462 aa  553  1e-156  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0369159  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6204  integrase catalytic region  59.32 
 
 		 496 aa  554  1e-156  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.18431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1084  integrase catalytic region  61.23 
 
 		 494 aa  553  1e-156  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.310886 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2648  Integrase catalytic region  57.02 
 
 		 468 aa  518  1e-146  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.325661  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2121  Integrase catalytic region  57.02 
 
 		 468 aa  518  1e-146  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.224793  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5175  Integrase catalytic region  59.36 
 
 		 477 aa  520  1e-146  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7317  integrase catalytic region  66.86 
 
 		 374 aa  472  1e-132  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599541  normal  0.0472875 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3038  integrase catalytic subunit  63.79 
 
 		 417 aa  450  1e-125  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.158166  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4092  integrase catalytic subunit  53.48 
 
 		 431 aa  432  1e-120  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011314  VSAL_p320_31  putative phage intergrase  51.34 
 
 		 445 aa  426  1e-118  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5284  Integrase catalytic region  52.51 
 
 		 474 aa  427  1e-118  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1969  Integrase catalytic region  52.51 
 
 		 474 aa  427  1e-118  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.233913  normal  0.387035 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6205  Integrase catalytic region  52.51 
 
 		 474 aa  427  1e-118  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.480184 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5238  integrase catalytic region  50.24 
 
 		 432 aa  423  1e-117  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4409  Integrase catalytic region  48.72 
 
 		 475 aa  424  1e-117  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1789  Integrase catalytic region  48.72 
 
 		 475 aa  425  1e-117  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.239535 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6235  Integrase catalytic region  52.03 
 
 		 475 aa  421  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.782279  normal  0.38936 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2654  integrase catalytic region  50 
 
 		 432 aa  414  1e-114  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.268588 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4696  Integrase catalytic region  49.52 
 
 		 432 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.019819  normal  0.12529 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3937  transposase protein, Y4bF  52.1 
 
 		 458 aa  397  1e-109  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2865  putative transposase  51.97 
 
 		 459 aa  393  1e-108  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5282  Integrase catalytic region  48.04 
 
 		 457 aa  382  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1967  Integrase catalytic region  48.04 
 
 		 457 aa  381  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.227669  normal  0.536368 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4886  integrase catalytic region  46.67 
 
 		 457 aa  378  1e-103  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6422  integrase catalytic region  46.44 
 
 		 469 aa  378  1e-103  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.902721  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1286  integrase catalytic region  46.67 
 
 		 457 aa  378  1e-103  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.654292  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6234  Integrase catalytic region  49.88 
 
 		 457 aa  377  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.416646 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6382  Integrase catalytic region  49.88 
 
 		 457 aa  377  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.583373 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1576  transposase  63.54 
 
 		 311 aa  357  3.9999999999999996e-97  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.230399  normal  0.02765 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7305  integrase, catalytic region  64.5 
 
 		 264 aa  340  4e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00306385 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2069  integrase catalytic region  45.12 
 
 		 437 aa  319  7.999999999999999e-86  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_7360  integrase catalytic subunit  57.89 
 
 		 339 aa  305  1.0000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0181906  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3280  integrase catalytic subunit  54.69 
 
 		 317 aa  273  6e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.583833  normal  0.0175865 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6517  transposase and inactivated derivatives  69.02 
 
 		 200 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.423171  normal  0.717268 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6181  integrase, catalytic region  66.31 
 
 		 207 aa  253  7e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00218221 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5944  integrase, catalytic region  63.78 
 
 		 204 aa  252  1e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.656636  normal  0.0902484 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0039  ISTde1, transposase  34.2 
 
 		 394 aa  226  6e-58  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00960988  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2033  ISTde1, transposase  34.2 
 
 		 394 aa  226  6e-58  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.691544  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2472  ISTde1, transposase  34.2 
 
 		 394 aa  226  6e-58  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00195439  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0169  Integrase catalytic region  39.3 
 
 		 434 aa  221  3e-56  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.287637  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0499  Integrase catalytic region  39.3 
 
 		 434 aa  221  3e-56  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.620267  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1842  transposase  85.83 
 
 		 130 aa  216  8e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0113266 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0028  Integrase catalytic region  34.08 
 
 		 454 aa  186  7e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.98603 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0185  Integrase catalytic region  34.08 
 
 		 454 aa  186  7e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000066025  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0387  Integrase catalytic region  34.08 
 
 		 454 aa  186  7e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00879221 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0527  Integrase catalytic region  34.08 
 
 		 454 aa  186  7e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000271735  normal  0.0259964 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0737  Integrase catalytic region  34.08 
 
 		 454 aa  186  7e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00611369  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2269  Integrase catalytic region  34.08 
 
 		 454 aa  186  7e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2459  Integrase catalytic region  34.08 
 
 		 454 aa  186  7e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.319869  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2704  Integrase catalytic region  34.08 
 
 		 454 aa  186  7e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2830  Integrase catalytic region  34.08 
 
 		 464 aa  186  8e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1558  hypothetical protein  32.55 
 
 		 401 aa  185  2.0000000000000003e-45  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0950  integrase catalytic subunit  34.2 
 
 		 442 aa  166  1.0000000000000001e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1501  integrase catalytic subunit  34.2 
 
 		 442 aa  166  1.0000000000000001e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1862  integrase catalytic subunit  34.2 
 
 		 442 aa  166  1.0000000000000001e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0321  integrase catalytic subunit  33.71 
 
 		 462 aa  164  2.0000000000000002e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.862943  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2352  Sea27  65.08 
 
 		 192 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0980283  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3833  hypothetical protein  62.4 
 
 		 164 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.283519  normal  0.445064 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0534  putative transposase protein  29.92 
 
 		 450 aa  153  7e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1289  putative transposase protein  29.92 
 
 		 450 aa  153  7e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1524  putative transposase protein  29.92 
 
 		 450 aa  153  7e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.57049  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1648  putative transposase protein  29.92 
 
 		 450 aa  153  7e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.581275  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1944  putative transposase protein  29.92 
 
 		 450 aa  153  7e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2032  putative transposase protein  29.92 
 
 		 450 aa  153  7e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.107643  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2513  putative transposase protein  29.92 
 
 		 450 aa  153  7e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000581707  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2859  putative transposase protein  29.92 
 
 		 450 aa  153  7e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00168356  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3592  putative transposase protein  29.92 
 
 		 450 aa  153  7e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0741  putative transposase protein  30.08 
 
 		 442 aa  152  2e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0745  putative transposase protein  30.08 
 
 		 442 aa  152  2e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01931  probable transposase protein, Y4bF  29.4 
 
 		 494 aa  149  1.0000000000000001e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1712  helix-turn-helix, Fis-type  76.74 
 
 		 93 aa  132  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02324  hypothetical protein  43.24 
 
 		 153 aa  117  5e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1565  hypothetical protein  60.44 
 
 		 93 aa  116  7.999999999999999e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.109766  normal  0.0927482 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4621  hypothetical protein  53.33 
 
 		 195 aa  91.3  4e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3835  hypothetical protein  46.23 
 
 		 148 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.400621 
 
 
-
 
NC_003296  RS05419  transposase  52.86 
 
 		 71 aa  78.2  0.0000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1746  putative transposase protein  64.71 
 
 		 79 aa  70.9  0.00000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.318345  normal  0.112215 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6237  integrase, catalytic region  58.82 
 
 		 56 aa  54.3  0.000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2820  Integrase catalytic region  23.78 
 
 		 417 aa  53.9  0.000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3191  Integrase catalytic region  23.78 
 
 		 417 aa  53.9  0.000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000157181  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1682  Integrase catalytic region  25.23 
 
 		 417 aa  53.1  0.00001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0312  Integrase catalytic region  24.32 
 
 		 416 aa  52  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6522  transposase and inactivated derivatives  61.54 
 
 		 90 aa  51.6  0.00003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.658143 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1761  Integrase catalytic region  26.32 
 
 		 407 aa  47.8  0.0005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0573  integrase catalytic subunit  25.51 
 
 		 597 aa  46.2  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0381  integrase catalytic subunit  23.35 
 
 		 441 aa  46.6  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0544  integrase catalytic subunit  23.35 
 
 		 441 aa  46.6  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.265235  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1107  integrase catalytic subunit  23.35 
 
 		 441 aa  46.6  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.515553  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1874  integrase catalytic subunit  23.35 
 
 		 441 aa  46.6  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4098  Integrase catalytic region  25.94 
 
 		 399 aa  45.8  0.002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2956  integrase catalytic region  33.33 
 
 		 363 aa  45.1  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.183394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3580  integrase catalytic region  33.33 
 
 		 363 aa  45.1  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.364035 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5590  integrase catalytic region  33.33 
 
 		 363 aa  44.7  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.64071  normal  0.622567 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>