53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3835 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_3835  hypothetical protein  100 
 
 		 148 aa  304  3e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.400621 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6516  integrase catalytic subunit  79.25 
 
 		 496 aa  169  1e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.983833  normal  0.529285 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3832  integrase catalytic subunit  79.25 
 
 		 496 aa  169  1e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.322894  normal  0.205763 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1677  integrase catalytic region  74.53 
 
 		 496 aa  154  4e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.257705  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6204  integrase catalytic region  74.53 
 
 		 496 aa  154  4e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.18431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5944  integrase, catalytic region  74.53 
 
 		 204 aa  152  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.656636  normal  0.0902484 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1084  integrase catalytic region  66.04 
 
 		 494 aa  134  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.310886 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7305  integrase, catalytic region  66.04 
 
 		 264 aa  134  4e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00306385 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6181  integrase, catalytic region  65.09 
 
 		 207 aa  131  3e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00218221 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1576  transposase  59.43 
 
 		 311 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.230399  normal  0.02765 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2352  Sea27  59.43 
 
 		 192 aa  120  7e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0980283  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6517  transposase and inactivated derivatives  53.33 
 
 		 200 aa  112  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.423171  normal  0.717268 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4300  integrase catalytic region  52.83 
 
 		 468 aa  111  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7317  integrase catalytic region  51.18 
 
 		 374 aa  110  9e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599541  normal  0.0472875 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0670  putative transposase  59.62 
 
 		 462 aa  108  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0369159  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3833  hypothetical protein  52.83 
 
 		 164 aa  107  6e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.283519  normal  0.445064 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5175  Integrase catalytic region  49.52 
 
 		 477 aa  99.4  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2648  Integrase catalytic region  43.4 
 
 		 468 aa  89.4  2e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.325661  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2121  Integrase catalytic region  43.4 
 
 		 468 aa  89.4  2e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.224793  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4735  integrase catalytic subunit  43.4 
 
 		 464 aa  87  9e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1989  integrase catalytic subunit  43.4 
 
 		 464 aa  87  9e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0157211  normal  1 
 
 
-
 
NC_011314  VSAL_p320_31  putative phage intergrase  42.45 
 
 		 445 aa  86.7  9e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1843  transposase  46.23 
 
 		 491 aa  82.8  0.000000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0142418 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1842  transposase  46.23 
 
 		 130 aa  82  0.000000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0113266 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1967  Integrase catalytic region  39.25 
 
 		 457 aa  77.8  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.227669  normal  0.536368 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5282  Integrase catalytic region  39.25 
 
 		 457 aa  77.4  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5238  integrase catalytic region  39.25 
 
 		 432 aa  77.8  0.00000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5284  Integrase catalytic region  41.51 
 
 		 474 aa  75.5  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6205  Integrase catalytic region  41.51 
 
 		 474 aa  75.5  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.480184 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1969  Integrase catalytic region  41.51 
 
 		 474 aa  75.5  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.233913  normal  0.387035 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6422  integrase catalytic region  40.57 
 
 		 469 aa  75.9  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.902721  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2654  integrase catalytic region  38.32 
 
 		 432 aa  75.9  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.268588 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1286  integrase catalytic region  40.57 
 
 		 457 aa  74.3  0.0000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.654292  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6382  Integrase catalytic region  38.68 
 
 		 457 aa  74.3  0.0000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.583373 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4886  integrase catalytic region  40.57 
 
 		 457 aa  74.3  0.0000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6235  Integrase catalytic region  40.57 
 
 		 475 aa  74.3  0.0000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.782279  normal  0.38936 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6234  Integrase catalytic region  38.68 
 
 		 457 aa  74.3  0.0000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.416646 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1789  Integrase catalytic region  40.57 
 
 		 475 aa  74.3  0.0000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.239535 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4696  Integrase catalytic region  38.68 
 
 		 432 aa  74.3  0.0000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.019819  normal  0.12529 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4409  Integrase catalytic region  40.57 
 
 		 475 aa  73.9  0.0000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4092  integrase catalytic subunit  39.62 
 
 		 431 aa  73.2  0.000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2069  integrase catalytic region  37.74 
 
 		 437 aa  71.6  0.000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_7360  integrase catalytic subunit  37.74 
 
 		 339 aa  71.2  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0181906  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2865  putative transposase  37.74 
 
 		 459 aa  70.9  0.000000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3937  transposase protein, Y4bF  37.74 
 
 		 458 aa  70.9  0.000000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6237  integrase, catalytic region  83.72 
 
 		 56 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02324  hypothetical protein  33.96 
 
 		 153 aa  65.1  0.0000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1712  helix-turn-helix, Fis-type  46.84 
 
 		 93 aa  60.1  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05419  transposase  45.16 
 
 		 71 aa  47.8  0.00005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0039  ISTde1, transposase  27.36 
 
 		 394 aa  46.2  0.0001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00960988  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2472  ISTde1, transposase  27.36 
 
 		 394 aa  46.2  0.0001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00195439  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2033  ISTde1, transposase  27.36 
 
 		 394 aa  46.2  0.0001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.691544  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1558  hypothetical protein  31.13 
 
 		 401 aa  43.5  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>