75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1842 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1842  transposase  100 
 
 		 130 aa  265  2e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0113266 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1843  transposase  85.83 
 
 		 491 aa  216  1e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0142418 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1712  helix-turn-helix, Fis-type  84.88 
 
 		 93 aa  144  4.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3833  hypothetical protein  58.33 
 
 		 164 aa  142  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.283519  normal  0.445064 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4300  integrase catalytic region  58.93 
 
 		 468 aa  134  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1576  transposase  62.28 
 
 		 311 aa  134  6.0000000000000005e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.230399  normal  0.02765 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2352  Sea27  62.5 
 
 		 192 aa  133  8e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0980283  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6517  transposase and inactivated derivatives  64.55 
 
 		 200 aa  132  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.423171  normal  0.717268 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1989  integrase catalytic subunit  58.97 
 
 		 464 aa  131  3e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0157211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4735  integrase catalytic subunit  58.97 
 
 		 464 aa  131  3e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7317  integrase catalytic region  59.17 
 
 		 374 aa  131  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599541  normal  0.0472875 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1084  integrase catalytic region  56.67 
 
 		 494 aa  128  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.310886 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7305  integrase, catalytic region  56.67 
 
 		 264 aa  128  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00306385 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1677  integrase catalytic region  55 
 
 		 496 aa  127  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.257705  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6516  integrase catalytic subunit  56.67 
 
 		 496 aa  127  5.0000000000000004e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.983833  normal  0.529285 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3832  integrase catalytic subunit  56.67 
 
 		 496 aa  127  5.0000000000000004e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.322894  normal  0.205763 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6204  integrase catalytic region  55 
 
 		 496 aa  127  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.18431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5944  integrase, catalytic region  55 
 
 		 204 aa  125  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.656636  normal  0.0902484 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6181  integrase, catalytic region  58.04 
 
 		 207 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00218221 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2121  Integrase catalytic region  47.5 
 
 		 468 aa  120  7e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.224793  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2648  Integrase catalytic region  47.5 
 
 		 468 aa  120  7e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.325661  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0670  putative transposase  60 
 
 		 462 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0369159  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5175  Integrase catalytic region  52.63 
 
 		 477 aa  114  5e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5284  Integrase catalytic region  46.49 
 
 		 474 aa  96.3  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1969  Integrase catalytic region  46.49 
 
 		 474 aa  96.3  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.233913  normal  0.387035 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6205  Integrase catalytic region  46.49 
 
 		 474 aa  96.3  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.480184 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1286  integrase catalytic region  40.35 
 
 		 457 aa  90.5  7e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.654292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4886  integrase catalytic region  40.35 
 
 		 457 aa  90.5  7e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6422  integrase catalytic region  39.47 
 
 		 469 aa  90.1  8e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.902721  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5238  integrase catalytic region  43.12 
 
 		 432 aa  89.7  1e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011314  VSAL_p320_31  putative phage intergrase  40.57 
 
 		 445 aa  89.7  1e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2069  integrase catalytic region  41.44 
 
 		 437 aa  89  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3937  transposase protein, Y4bF  39.45 
 
 		 458 aa  88.2  3e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2865  putative transposase  39.45 
 
 		 459 aa  88.2  3e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009008  RSP_7360  integrase catalytic subunit  39.45 
 
 		 339 aa  88.2  4e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0181906  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2654  integrase catalytic region  41.03 
 
 		 432 aa  87  7e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.268588 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1789  Integrase catalytic region  41.23 
 
 		 475 aa  85.9  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.239535 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4409  Integrase catalytic region  41.23 
 
 		 475 aa  85.5  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4092  integrase catalytic subunit  37.8 
 
 		 431 aa  85.5  2e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6235  Integrase catalytic region  41.23 
 
 		 475 aa  85.9  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.782279  normal  0.38936 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6382  Integrase catalytic region  37.72 
 
 		 457 aa  82.4  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.583373 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6234  Integrase catalytic region  37.72 
 
 		 457 aa  82.4  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.416646 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3835  hypothetical protein  46.23 
 
 		 148 aa  82  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.400621 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1967  Integrase catalytic region  36.11 
 
 		 457 aa  77  0.00000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.227669  normal  0.536368 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5282  Integrase catalytic region  36.11 
 
 		 457 aa  77  0.00000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4696  Integrase catalytic region  34.71 
 
 		 432 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.019819  normal  0.12529 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2033  ISTde1, transposase  33.06 
 
 		 394 aa  75.1  0.0000000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.691544  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05419  transposase  52.86 
 
 		 71 aa  75.1  0.0000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2472  ISTde1, transposase  33.06 
 
 		 394 aa  75.1  0.0000000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00195439  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0039  ISTde1, transposase  33.06 
 
 		 394 aa  75.1  0.0000000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00960988  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02324  hypothetical protein  33.94 
 
 		 153 aa  68.9  0.00000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0499  Integrase catalytic region  35.48 
 
 		 434 aa  58.2  0.00000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.620267  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0169  Integrase catalytic region  35.48 
 
 		 434 aa  58.2  0.00000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.287637  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6237  integrase, catalytic region  62.75 
 
 		 56 aa  57  0.00000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1558  hypothetical protein  28.23 
 
 		 401 aa  48.5  0.00003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2859  putative transposase protein  29.09 
 
 		 450 aa  46.2  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00168356  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0534  putative transposase protein  29.09 
 
 		 450 aa  46.2  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1289  putative transposase protein  29.09 
 
 		 450 aa  46.2  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1524  putative transposase protein  29.09 
 
 		 450 aa  46.2  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.57049  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1648  putative transposase protein  29.09 
 
 		 450 aa  46.2  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.581275  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1944  putative transposase protein  29.09 
 
 		 450 aa  46.2  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2032  putative transposase protein  29.09 
 
 		 450 aa  46.2  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.107643  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2513  putative transposase protein  29.09 
 
 		 450 aa  46.2  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000581707  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3592  putative transposase protein  29.09 
 
 		 450 aa  46.2  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0745  putative transposase protein  29.63 
 
 		 442 aa  45.4  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0741  putative transposase protein  29.63 
 
 		 442 aa  45.4  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2878  integrase catalytic region  32 
 
 		 363 aa  45.1  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.318779  normal  0.565857 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01931  probable transposase protein, Y4bF  29.13 
 
 		 494 aa  45.4  0.0003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3003  integrase catalytic region  32 
 
 		 363 aa  45.1  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3580  integrase catalytic region  32 
 
 		 363 aa  45.1  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.364035 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2179  integrase catalytic region  32 
 
 		 363 aa  45.1  0.0004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.376991 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2956  integrase catalytic region  32 
 
 		 363 aa  45.1  0.0004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.183394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4771  putative transposase  32 
 
 		 282 aa  45.1  0.0004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.451842  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5590  integrase catalytic region  32 
 
 		 363 aa  45.1  0.0004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.64071  normal  0.622567 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7093  integrase catalytic region  32 
 
 		 363 aa  45.1  0.0004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>