88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4092 on replicon NC_007959
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007959  Nham_4092  integrase catalytic subunit  100 
 
 		 431 aa  896    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4696  Integrase catalytic region  62.04 
 
 		 432 aa  561  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.019819  normal  0.12529 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5238  integrase catalytic region  60.65 
 
 		 432 aa  557  1e-157  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2654  integrase catalytic region  59.72 
 
 		 432 aa  553  1e-156  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.268588 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5284  Integrase catalytic region  58.7 
 
 		 474 aa  521  1e-146  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6205  Integrase catalytic region  58.7 
 
 		 474 aa  521  1e-146  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.480184 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1969  Integrase catalytic region  58.7 
 
 		 474 aa  521  1e-146  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.233913  normal  0.387035 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4409  Integrase catalytic region  57.11 
 
 		 475 aa  513  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1789  Integrase catalytic region  57.11 
 
 		 475 aa  513  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.239535 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6235  Integrase catalytic region  57.08 
 
 		 475 aa  512  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.782279  normal  0.38936 
 
 
-
 
NC_011314  VSAL_p320_31  putative phage intergrase  52.57 
 
 		 445 aa  462  1e-129  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2648  Integrase catalytic region  53.66 
 
 		 468 aa  455  1e-127  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.325661  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2121  Integrase catalytic region  53.66 
 
 		 468 aa  455  1e-127  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.224793  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3832  integrase catalytic subunit  55.64 
 
 		 496 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.322894  normal  0.205763 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6516  integrase catalytic subunit  55.64 
 
 		 496 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.983833  normal  0.529285 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4735  integrase catalytic subunit  54.16 
 
 		 464 aa  451  1e-125  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1989  integrase catalytic subunit  54.16 
 
 		 464 aa  451  1e-125  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0157211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5175  Integrase catalytic region  53.59 
 
 		 477 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1084  integrase catalytic region  53.96 
 
 		 494 aa  444  1e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.310886 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1677  integrase catalytic region  53.96 
 
 		 496 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.257705  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6204  integrase catalytic region  53.96 
 
 		 496 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.18431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4300  integrase catalytic region  53.01 
 
 		 468 aa  435  1e-121  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1843  transposase  53.48 
 
 		 491 aa  432  1e-120  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0142418 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5282  Integrase catalytic region  52.2 
 
 		 457 aa  425  1e-118  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6382  Integrase catalytic region  52.08 
 
 		 457 aa  422  1e-117  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.583373 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1967  Integrase catalytic region  51.95 
 
 		 457 aa  424  1e-117  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.227669  normal  0.536368 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6234  Integrase catalytic region  52.08 
 
 		 457 aa  422  1e-117  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.416646 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4886  integrase catalytic region  50.86 
 
 		 457 aa  405  1.0000000000000001e-112  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1286  integrase catalytic region  50.86 
 
 		 457 aa  405  1.0000000000000001e-112  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.654292  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0670  putative transposase  52.66 
 
 		 462 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0369159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6422  integrase catalytic region  50.61 
 
 		 469 aa  403  1e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.902721  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3937  transposase protein, Y4bF  49.41 
 
 		 458 aa  397  1e-109  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2865  putative transposase  49.29 
 
 		 459 aa  392  1e-108  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3038  integrase catalytic subunit  59.13 
 
 		 417 aa  384  1e-105  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.158166  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7317  integrase catalytic region  55.31 
 
 		 374 aa  381  1e-104  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599541  normal  0.0472875 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2069  integrase catalytic region  45.89 
 
 		 437 aa  329  7e-89  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1576  transposase  58.43 
 
 		 311 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.230399  normal  0.02765 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_7360  integrase catalytic subunit  54.58 
 
 		 339 aa  302  9e-81  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0181906  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3280  integrase catalytic subunit  59.11 
 
 		 317 aa  292  8e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.583833  normal  0.0175865 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7305  integrase, catalytic region  57.03 
 
 		 264 aa  290  5.0000000000000004e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00306385 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2033  ISTde1, transposase  33.42 
 
 		 394 aa  217  4e-55  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.691544  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2472  ISTde1, transposase  33.42 
 
 		 394 aa  217  4e-55  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00195439  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0039  ISTde1, transposase  33.42 
 
 		 394 aa  217  4e-55  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00960988  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6181  integrase, catalytic region  56.15 
 
 		 207 aa  207  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00218221 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5944  integrase, catalytic region  55.26 
 
 		 204 aa  203  4e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.656636  normal  0.0902484 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0169  Integrase catalytic region  35.36 
 
 		 434 aa  197  3e-49  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.287637  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0499  Integrase catalytic region  35.36 
 
 		 434 aa  197  3e-49  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.620267  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1558  hypothetical protein  33.85 
 
 		 401 aa  195  1e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6517  transposase and inactivated derivatives  55.56 
 
 		 200 aa  193  4e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.423171  normal  0.717268 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1501  integrase catalytic subunit  33 
 
 		 442 aa  189  5.999999999999999e-47  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1862  integrase catalytic subunit  33 
 
 		 442 aa  189  5.999999999999999e-47  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0950  integrase catalytic subunit  33 
 
 		 442 aa  189  5.999999999999999e-47  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0321  integrase catalytic subunit  32.58 
 
 		 462 aa  188  2e-46  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.862943  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0028  Integrase catalytic region  32.47 
 
 		 454 aa  187  4e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.98603 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0185  Integrase catalytic region  32.47 
 
 		 454 aa  187  4e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000066025  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0387  Integrase catalytic region  32.47 
 
 		 454 aa  187  4e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00879221 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0527  Integrase catalytic region  32.47 
 
 		 454 aa  187  4e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000271735  normal  0.0259964 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0737  Integrase catalytic region  32.47 
 
 		 454 aa  187  4e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00611369  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2269  Integrase catalytic region  32.47 
 
 		 454 aa  187  4e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2459  Integrase catalytic region  32.47 
 
 		 454 aa  187  4e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.319869  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2704  Integrase catalytic region  32.47 
 
 		 454 aa  187  4e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2830  Integrase catalytic region  32.47 
 
 		 464 aa  186  6e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01931  probable transposase protein, Y4bF  31.07 
 
 		 494 aa  153  7e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1648  putative transposase protein  31.27 
 
 		 450 aa  138  2e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.581275  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1944  putative transposase protein  31.27 
 
 		 450 aa  138  2e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2032  putative transposase protein  31.27 
 
 		 450 aa  138  2e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.107643  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2513  putative transposase protein  31.27 
 
 		 450 aa  138  2e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000581707  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2859  putative transposase protein  31.27 
 
 		 450 aa  138  2e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00168356  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3592  putative transposase protein  31.27 
 
 		 450 aa  138  2e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0534  putative transposase protein  31.27 
 
 		 450 aa  138  2e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1524  putative transposase protein  31.27 
 
 		 450 aa  138  2e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.57049  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1289  putative transposase protein  31.27 
 
 		 450 aa  138  2e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0745  putative transposase protein  31.45 
 
 		 442 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0741  putative transposase protein  31.45 
 
 		 442 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02324  hypothetical protein  39.6 
 
 		 153 aa  125  2e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3833  hypothetical protein  46.61 
 
 		 164 aa  103  6e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.283519  normal  0.445064 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1565  hypothetical protein  52.81 
 
 		 93 aa  102  9e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.109766  normal  0.0927482 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2352  Sea27  46.03 
 
 		 192 aa  99.8  9e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0980283  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1842  transposase  37.8 
 
 		 130 aa  85.5  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0113266 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3835  hypothetical protein  39.62 
 
 		 148 aa  73.2  0.000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.400621 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1712  helix-turn-helix, Fis-type  43.18 
 
 		 93 aa  59.3  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6522  transposase and inactivated derivatives  64.1 
 
 		 90 aa  55.8  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.658143 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3191  Integrase catalytic region  25.83 
 
 		 417 aa  53.9  0.000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000157181  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2820  Integrase catalytic region  25.83 
 
 		 417 aa  53.9  0.000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1682  Integrase catalytic region  25.83 
 
 		 417 aa  53.9  0.000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05419  transposase  38.81 
 
 		 71 aa  52.8  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0312  Integrase catalytic region  24.72 
 
 		 416 aa  51.2  0.00004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1746  putative transposase protein  39.68 
 
 		 79 aa  47.8  0.0004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.318345  normal  0.112215 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>