45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS05419 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS05419  transposase  100 
 
 		 71 aa  140  4e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1843  transposase  52.86 
 
 		 491 aa  78.2  0.00000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0142418 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1842  transposase  52.86 
 
 		 130 aa  75.1  0.0000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0113266 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7305  integrase, catalytic region  53.03 
 
 		 264 aa  71.2  0.000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00306385 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1084  integrase catalytic region  53.03 
 
 		 494 aa  70.9  0.000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.310886 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6181  integrase, catalytic region  53.12 
 
 		 207 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00218221 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1712  helix-turn-helix, Fis-type  51.43 
 
 		 93 aa  70.1  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7317  integrase catalytic region  50.77 
 
 		 374 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599541  normal  0.0472875 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1576  transposase  51.52 
 
 		 311 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.230399  normal  0.02765 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2352  Sea27  53.12 
 
 		 192 aa  67  0.00000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0980283  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6517  transposase and inactivated derivatives  53.23 
 
 		 200 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.423171  normal  0.717268 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5175  Integrase catalytic region  43.94 
 
 		 477 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3832  integrase catalytic subunit  48.48 
 
 		 496 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.322894  normal  0.205763 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6516  integrase catalytic subunit  48.48 
 
 		 496 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.983833  normal  0.529285 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4735  integrase catalytic subunit  46.27 
 
 		 464 aa  60.1  0.00000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1989  integrase catalytic subunit  46.27 
 
 		 464 aa  60.1  0.00000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0157211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5944  integrase, catalytic region  49.21 
 
 		 204 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.656636  normal  0.0902484 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6204  integrase catalytic region  49.21 
 
 		 496 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.18431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1677  integrase catalytic region  49.21 
 
 		 496 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.257705  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2121  Integrase catalytic region  43.75 
 
 		 468 aa  57.8  0.00000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.224793  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2648  Integrase catalytic region  43.75 
 
 		 468 aa  57.8  0.00000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.325661  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3833  hypothetical protein  44.93 
 
 		 164 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.283519  normal  0.445064 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0670  putative transposase  59.18 
 
 		 462 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0369159  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6237  integrase, catalytic region  60 
 
 		 56 aa  53.1  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4092  integrase catalytic subunit  38.81 
 
 		 431 aa  52.8  0.000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4300  integrase catalytic region  43.75 
 
 		 468 aa  52  0.000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5238  integrase catalytic region  41.94 
 
 		 432 aa  51.2  0.000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1286  integrase catalytic region  42.86 
 
 		 457 aa  50.8  0.000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.654292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4886  integrase catalytic region  42.86 
 
 		 457 aa  50.8  0.000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6422  integrase catalytic region  42.86 
 
 		 469 aa  50.1  0.000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.902721  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2069  integrase catalytic region  38.03 
 
 		 437 aa  48.9  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2654  integrase catalytic region  41.94 
 
 		 432 aa  48.1  0.00004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.268588 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3835  hypothetical protein  45.16 
 
 		 148 aa  47.8  0.00005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.400621 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6205  Integrase catalytic region  39.06 
 
 		 474 aa  45.8  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.480184 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1969  Integrase catalytic region  39.06 
 
 		 474 aa  45.8  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.233913  normal  0.387035 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5284  Integrase catalytic region  39.06 
 
 		 474 aa  45.8  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011314  VSAL_p320_31  putative phage intergrase  31.82 
 
 		 445 aa  43.5  0.0009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5282  Integrase catalytic region  38.1 
 
 		 457 aa  42  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1967  Integrase catalytic region  38.1 
 
 		 457 aa  42  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.227669  normal  0.536368 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0169  Integrase catalytic region  41.94 
 
 		 434 aa  41.2  0.005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.287637  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0499  Integrase catalytic region  41.94 
 
 		 434 aa  41.2  0.005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.620267  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4696  Integrase catalytic region  33.87 
 
 		 432 aa  40.8  0.007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.019819  normal  0.12529 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1789  Integrase catalytic region  35.94 
 
 		 475 aa  40.4  0.009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.239535 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6235  Integrase catalytic region  35.94 
 
 		 475 aa  40  0.01  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.782279  normal  0.38936 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4409  Integrase catalytic region  35.94 
 
 		 475 aa  40  0.01  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>