85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6517 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008392  Bamb_6517  transposase and inactivated derivatives  100 
 
 		 200 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.423171  normal  0.717268 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7317  integrase catalytic region  85.33 
 
 		 374 aa  324  7e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599541  normal  0.0472875 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1084  integrase catalytic region  84.24 
 
 		 494 aa  322  3e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.310886 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1576  transposase  85.33 
 
 		 311 aa  322  3e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.230399  normal  0.02765 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7305  integrase, catalytic region  84.24 
 
 		 264 aa  319  9.999999999999999e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00306385 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6181  integrase, catalytic region  84.24 
 
 		 207 aa  316  1e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00218221 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0670  putative transposase  77.83 
 
 		 462 aa  313  8e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0369159  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3832  integrase catalytic subunit  80.43 
 
 		 496 aa  301  6.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.322894  normal  0.205763 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6516  integrase catalytic subunit  80.43 
 
 		 496 aa  301  6.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.983833  normal  0.529285 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4300  integrase catalytic region  76.63 
 
 		 468 aa  298  5e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1677  integrase catalytic region  78.8 
 
 		 496 aa  297  8e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.257705  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6204  integrase catalytic region  78.8 
 
 		 496 aa  297  9e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.18431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5944  integrase, catalytic region  78.69 
 
 		 204 aa  291  4e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.656636  normal  0.0902484 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5175  Integrase catalytic region  72.28 
 
 		 477 aa  272  3e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1989  integrase catalytic subunit  67.39 
 
 		 464 aa  257  7e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0157211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4735  integrase catalytic subunit  67.39 
 
 		 464 aa  257  7e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1843  transposase  69.02 
 
 		 491 aa  255  3e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0142418 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2648  Integrase catalytic region  63.1 
 
 		 468 aa  249  3e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.325661  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2121  Integrase catalytic region  63.1 
 
 		 468 aa  249  3e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.224793  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2352  Sea27  95.97 
 
 		 192 aa  236  1e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0980283  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5238  integrase catalytic region  54.64 
 
 		 432 aa  209  2e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5284  Integrase catalytic region  53.12 
 
 		 474 aa  206  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1969  Integrase catalytic region  53.12 
 
 		 474 aa  206  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.233913  normal  0.387035 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6205  Integrase catalytic region  53.12 
 
 		 474 aa  206  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.480184 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6235  Integrase catalytic region  52.6 
 
 		 475 aa  205  4e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.782279  normal  0.38936 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2654  integrase catalytic region  54.64 
 
 		 432 aa  205  4e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.268588 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1789  Integrase catalytic region  52.08 
 
 		 475 aa  203  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.239535 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4409  Integrase catalytic region  52.08 
 
 		 475 aa  202  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011314  VSAL_p320_31  putative phage intergrase  53.01 
 
 		 445 aa  200  9.999999999999999e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4092  integrase catalytic subunit  55.56 
 
 		 431 aa  193  1e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009008  RSP_7360  integrase catalytic subunit  51.93 
 
 		 339 aa  188  5e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0181906  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4696  Integrase catalytic region  50.83 
 
 		 432 aa  188  5e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.019819  normal  0.12529 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3937  transposase protein, Y4bF  51.93 
 
 		 458 aa  187  5.999999999999999e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4886  integrase catalytic region  49.73 
 
 		 457 aa  186  1e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1286  integrase catalytic region  49.73 
 
 		 457 aa  186  1e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.654292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2069  integrase catalytic region  50 
 
 		 437 aa  186  2e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6422  integrase catalytic region  49.18 
 
 		 469 aa  186  2e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.902721  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6234  Integrase catalytic region  49.73 
 
 		 457 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.416646 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6382  Integrase catalytic region  49.73 
 
 		 457 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.583373 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2865  putative transposase  51.65 
 
 		 459 aa  183  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5282  Integrase catalytic region  47.57 
 
 		 457 aa  177  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1967  Integrase catalytic region  47.57 
 
 		 457 aa  177  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.227669  normal  0.536368 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3833  hypothetical protein  69.57 
 
 		 164 aa  165  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.283519  normal  0.445064 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3038  integrase catalytic subunit  75.53 
 
 		 417 aa  164  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.158166  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0039  ISTde1, transposase  41.72 
 
 		 394 aa  134  8e-31  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00960988  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2472  ISTde1, transposase  41.72 
 
 		 394 aa  134  8e-31  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00195439  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2033  ISTde1, transposase  41.72 
 
 		 394 aa  134  8e-31  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.691544  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1842  transposase  64.55 
 
 		 130 aa  132  3e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0113266 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02324  hypothetical protein  43.66 
 
 		 153 aa  125  3e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3280  integrase catalytic subunit  57.45 
 
 		 317 aa  114  6.9999999999999995e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.583833  normal  0.0175865 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3835  hypothetical protein  53.33 
 
 		 148 aa  112  3e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.400621 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1558  hypothetical protein  36.81 
 
 		 401 aa  95.5  5e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0499  Integrase catalytic region  33.51 
 
 		 434 aa  93.2  2e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.620267  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0169  Integrase catalytic region  33.51 
 
 		 434 aa  93.2  2e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.287637  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1712  helix-turn-helix, Fis-type  67.53 
 
 		 93 aa  89.4  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1648  putative transposase protein  30.43 
 
 		 450 aa  76.6  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.581275  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1524  putative transposase protein  30.43 
 
 		 450 aa  76.6  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.57049  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1289  putative transposase protein  30.43 
 
 		 450 aa  76.6  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1944  putative transposase protein  30.43 
 
 		 450 aa  76.6  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2032  putative transposase protein  30.43 
 
 		 450 aa  76.6  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.107643  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2513  putative transposase protein  30.43 
 
 		 450 aa  76.6  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000581707  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2859  putative transposase protein  30.43 
 
 		 450 aa  76.6  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00168356  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3592  putative transposase protein  30.43 
 
 		 450 aa  76.6  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0745  putative transposase protein  30.43 
 
 		 442 aa  76.6  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0741  putative transposase protein  30.43 
 
 		 442 aa  76.6  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0534  putative transposase protein  30.43 
 
 		 450 aa  76.6  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2830  Integrase catalytic region  28.18 
 
 		 464 aa  67.8  0.00000000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2704  Integrase catalytic region  28.18 
 
 		 454 aa  67.8  0.0000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2459  Integrase catalytic region  28.18 
 
 		 454 aa  67.8  0.0000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.319869  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2269  Integrase catalytic region  28.18 
 
 		 454 aa  67.8  0.0000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0737  Integrase catalytic region  28.18 
 
 		 454 aa  67.8  0.0000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00611369  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0527  Integrase catalytic region  28.18 
 
 		 454 aa  67.8  0.0000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000271735  normal  0.0259964 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0387  Integrase catalytic region  28.18 
 
 		 454 aa  67.8  0.0000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00879221 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0185  Integrase catalytic region  28.18 
 
 		 454 aa  67.8  0.0000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000066025  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0028  Integrase catalytic region  28.18 
 
 		 454 aa  67.8  0.0000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.98603 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01931  probable transposase protein, Y4bF  30.1 
 
 		 494 aa  64.7  0.0000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1862  integrase catalytic subunit  26.37 
 
 		 442 aa  64.3  0.000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0321  integrase catalytic subunit  26.37 
 
 		 462 aa  63.9  0.000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.862943  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0950  integrase catalytic subunit  26.37 
 
 		 442 aa  64.3  0.000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1501  integrase catalytic subunit  26.37 
 
 		 442 aa  64.3  0.000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05419  transposase  53.23 
 
 		 71 aa  63.2  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6237  integrase, catalytic region  68.29 
 
 		 56 aa  50.4  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2186  integrase catalytic subunit  36.99 
 
 		 581 aa  47.8  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.347784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2981  Transposase-like Mu  36.36 
 
 		 567 aa  42.7  0.003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2225  integrase catalytic subunit  26.16 
 
 		 251 aa  42  0.006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>