More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2859 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2859  hypothetical protein  100 
 
 		 359 aa  731    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.278491 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0906  hypothetical protein  44.61 
 
 		 354 aa  223  4.9999999999999996e-57  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000883258  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1436  radical SAM enzyme, Cfr family  40.91 
 
 		 348 aa  219  7.999999999999999e-56  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1581  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.75 
 
 		 343 aa  210  2e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000011547  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1590  radical SAM protein  44.27 
 
 		 318 aa  210  3e-53  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1782  radical SAM protein  40.62 
 
 		 349 aa  209  8e-53  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2685  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.19 
 
 		 346 aa  208  1e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000061721  normal  0.591184 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1065  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.36 
 
 		 364 aa  208  1e-52  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1043  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.83 
 
 		 341 aa  207  2e-52  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07736  hypothetical protein  38.85 
 
 		 346 aa  207  3e-52  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.161739  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09940  radical SAM enzyme, Cfr family  40.42 
 
 		 349 aa  207  3e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1119  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.35 
 
 		 343 aa  207  3e-52  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1708  radical SAM protein  42.53 
 
 		 350 aa  206  4e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2516  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.73 
 
 		 362 aa  206  5e-52  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00628508  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1955  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.36 
 
 		 365 aa  206  7e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0572  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.52 
 
 		 349 aa  204  1e-51  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00705994  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0483  radical SAM enzyme, Cfr family  41.02 
 
 		 350 aa  204  1e-51  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0926837  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3687  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.6 
 
 		 362 aa  204  1e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2624  radical SAM enzyme, Cfr family  34.35 
 
 		 342 aa  204  2e-51  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2310  radical SAM enzyme, Cfr family  42.25 
 
 		 349 aa  204  2e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0772545  hitchhiker  0.000694436 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0427  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.68 
 
 		 347 aa  204  2e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.273579  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3906  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.98 
 
 		 362 aa  203  3e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3715  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.98 
 
 		 362 aa  203  3e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3605  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.98 
 
 		 362 aa  203  3e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3623  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.98 
 
 		 362 aa  203  3e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3878  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.98 
 
 		 362 aa  203  3e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.42646e-19 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4002  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.98 
 
 		 362 aa  203  3e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3912  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.98 
 
 		 362 aa  203  3e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00181542  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1616  hypothetical protein  42.38 
 
 		 339 aa  203  3e-51  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.787812 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3963  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.98 
 
 		 362 aa  203  4e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0784  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.63 
 
 		 364 aa  202  5e-51  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1280  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.98 
 
 		 362 aa  203  5e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0793601 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5856  radical SAM enzyme, Cfr family  40.45 
 
 		 378 aa  201  9.999999999999999e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1743  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.72 
 
 		 358 aa  202  9.999999999999999e-51  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.499617  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4057  radical SAM domain-containing protein  41.7 
 
 		 342 aa  201  9.999999999999999e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.291969  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1111  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.39 
 
 		 360 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000337587  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1655  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.53 
 
 		 351 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0167472  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2558  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.53 
 
 		 351 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  8.150479999999999e-35 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1011  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.13 
 
 		 343 aa  200  3e-50  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3124  hypothetical protein  38.58 
 
 		 365 aa  200  3e-50  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.347966 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1536  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.25 
 
 		 395 aa  200  3e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0799869 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2488  radical SAM protein  38.91 
 
 		 356 aa  199  5e-50  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00360289  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1699  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.1 
 
 		 348 aa  199  6e-50  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1385  radical SAM protein  36.79 
 
 		 351 aa  198  1.0000000000000001e-49  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2203  radical SAM enzyme, Cfr family  42.54 
 
 		 388 aa  198  1.0000000000000001e-49  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00426672  normal  0.359249 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1302  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.62 
 
 		 364 aa  198  1.0000000000000001e-49  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.902149  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1403  radical SAM enzyme, Cfr family  40.98 
 
 		 371 aa  198  1.0000000000000001e-49  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1277  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.62 
 
 		 364 aa  198  1.0000000000000001e-49  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0665  radical SAM enzyme, Cfr family  37.98 
 
 		 341 aa  197  2.0000000000000003e-49  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2993  radical SAM protein  41.26 
 
 		 356 aa  197  3e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00523882  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0928  radical SAM enzyme, Cfr family  39.07 
 
 		 364 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.947592  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1327  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.07 
 
 		 353 aa  196  4.0000000000000005e-49  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4731  radical SAM enzyme, Cfr family  39.46 
 
 		 350 aa  196  5.000000000000001e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.698724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0426  radical SAM enzyme, Cfr family  40 
 
 		 359 aa  196  6e-49  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0331  radical SAM enzyme, Cfr family  36.36 
 
 		 344 aa  196  7e-49  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.81414 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1751  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.17 
 
 		 342 aa  195  9e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.493385  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2051  radical SAM protein  39.71 
 
 		 376 aa  195  1e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0429585  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3610  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.47 
 
 		 351 aa  194  2e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1323  radical SAM enzyme, Cfr family  38.55 
 
 		 348 aa  194  2e-48  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1930  radical SAM enzyme, Cfr family  43.85 
 
 		 362 aa  194  2e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1539  radical SAM protein  38.78 
 
 		 363 aa  194  2e-48  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.177286  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1602  radical SAM enzyme, Cfr family  43.85 
 
 		 363 aa  194  2e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.113295 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2180  radical SAM protein  41.7 
 
 		 377 aa  194  3e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1631  hypothetical protein  40.8 
 
 		 372 aa  194  3e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.212269  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1338  radical SAM enzyme, Cfr family  38.7 
 
 		 351 aa  193  3e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0802459  normal  0.737261 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3404  radical SAM enzyme, Cfr family  42.12 
 
 		 388 aa  194  3e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00306025  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1235  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.33 
 
 		 380 aa  193  4e-48  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.478405  hitchhiker  0.00730149 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1993  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  36.19 
 
 		 347 aa  193  5e-48  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1711  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  36.19 
 
 		 347 aa  193  5e-48  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.294696  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1816  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.18 
 
 		 354 aa  193  5e-48  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0286  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.44 
 
 		 361 aa  192  6e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1000  radical SAM enzyme, Cfr family  41.61 
 
 		 388 aa  192  8e-48  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.189733  normal  0.570497 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1533  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.41 
 
 		 349 aa  191  1e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2317  radical SAM enzyme, Cfr family  40.13 
 
 		 372 aa  191  2e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.144753  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2783  radical SAM enzyme, Cfr family  40.66 
 
 		 408 aa  191  2e-47  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1758  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.83 
 
 		 361 aa  191  2e-47  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0633  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.98 
 
 		 344 aa  191  2e-47  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0444  hypothetical protein  38.85 
 
 		 355 aa  191  2e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1427  radical SAM enzyme, Cfr family  41.99 
 
 		 362 aa  190  2.9999999999999997e-47  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3855  radical SAM enzyme, Cfr family  37.36 
 
 		 348 aa  189  4e-47  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.74079  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3850  radical SAM enzyme, Cfr family  36.77 
 
 		 357 aa  189  5e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2229  radical SAM enzyme, Cfr family  40.13 
 
 		 372 aa  189  5e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.225702  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2956  radical SAM enzyme, Cfr family  37.37 
 
 		 342 aa  189  5e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_16851  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.02 
 
 		 348 aa  189  5e-47  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3237  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.09 
 
 		 376 aa  189  7e-47  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_49687  predicted protein  43.04 
 
 		 369 aa  189  8e-47  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.622489 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0951  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40 
 
 		 361 aa  188  1e-46  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.297509 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4182  radical SAM protein  35.69 
 
 		 374 aa  188  1e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1313  radical SAM enzyme, Cfr family  37.85 
 
 		 360 aa  187  2e-46  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1468  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.61 
 
 		 340 aa  188  2e-46  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1503  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.72 
 
 		 340 aa  187  2e-46  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.578618  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1227  hypothetical protein  36.33 
 
 		 357 aa  187  2e-46  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.75541  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1574  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  36.88 
 
 		 348 aa  187  3e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1431  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.68 
 
 		 367 aa  187  3e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2311  radical SAM protein  36.86 
 
 		 371 aa  187  3e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1869  radical SAM protein  39.79 
 
 		 374 aa  187  3e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.340482 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0210  radical SAM enzyme, Cfr family  36.59 
 
 		 367 aa  186  4e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.128689 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2928  radical SAM protein  39.3 
 
 		 345 aa  186  4e-46  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.333944  normal  0.253326 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1609  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.31 
 
 		 355 aa  186  5e-46  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00249025 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1892  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.43 
 
 		 381 aa  186  6e-46  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>