176 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1839 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1839  ABC transporter-like  100 
 
 		 370 aa  754    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3628  ABC transporter-like  82.11 
 
 		 368 aa  610  1e-173  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.519453 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1935  SbmABacA family protein  79.89 
 
 		 370 aa  606  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00585773  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4701  ABC transporter-like  65.25 
 
 		 388 aa  389  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6480  putative ABC transporter-like protein  43.02 
 
 		 374 aa  288  1e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.815078 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3991  ABC transporter related  37.64 
 
 		 642 aa  256  4e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0157  ABC transporter related  37.94 
 
 		 674 aa  252  9.000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0036118 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0233  putative ABC transporter (fused ATP-binding and permease components)  37.95 
 
 		 651 aa  249  7e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.525703  normal  0.627984 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0163  Sigma 54 interacting domain protein  38.63 
 
 		 666 aa  247  2e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4366  ABC transporter related  38.75 
 
 		 660 aa  246  4e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4198  ABC transporter related  38.05 
 
 		 591 aa  245  9e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  decreased coverage  0.00760523  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0346  ABC transporter domain protein  30.66 
 
 		 614 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.274021 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0331  ABC transporter domain protein  30.75 
 
 		 614 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.441162  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0456  ATP-binding transport ABC transporter protein  32.89 
 
 		 614 aa  164  3e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.709933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0369  ABC transporter-like protein  30.95 
 
 		 636 aa  162  1e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.455646  normal  0.778619 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0429  ABC transporter related  30.72 
 
 		 621 aa  160  4e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0620153  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0638  ABC transporter  30.03 
 
 		 610 aa  159  5e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.226962  normal  0.140923 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0737  ABC transporter-like  30.7 
 
 		 614 aa  153  5e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1667  putative ABC transporter (fused ATP-binding and permease components)  28.08 
 
 		 588 aa  150  4e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1444  putative transporter  30.33 
 
 		 621 aa  146  5e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1490  transporter, putative  30.33 
 
 		 621 aa  146  6e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00776533  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4135  ABC transporter domain protein  26.29 
 
 		 616 aa  144  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.343456 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3806  ABC transporter domain protein  27.19 
 
 		 621 aa  143  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.953277 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0735  ABC transporter-like  25.45 
 
 		 613 aa  142  7e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.678208  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3300  ABC transporter component  29.11 
 
 		 629 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2461  ABC transporter  23.94 
 
 		 606 aa  140  3.9999999999999997e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.142821  normal  0.345293 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0407  ABC transporter domain protein  28.35 
 
 		 609 aa  139  6e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4264  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  29.33 
 
 		 590 aa  138  1e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.26783  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1064  ABC transporter domain protein  27.66 
 
 		 593 aa  137  3.0000000000000003e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3684  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  29.38 
 
 		 588 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3741  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  29.38 
 
 		 588 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.699706  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2731  ABC transporter, ATP-binding protein  29.38 
 
 		 588 aa  137  4e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3711  ABC transporter, ATP-binding protein  29.38 
 
 		 588 aa  137  4e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3221  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  29.38 
 
 		 588 aa  137  4e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1771  ABC transporter, ATP-binding protein  29.38 
 
 		 588 aa  137  4e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.425769  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2783  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  29.38 
 
 		 584 aa  137  4e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3843  ABC transporter  27.25 
 
 		 578 aa  136  8e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0863  ABC transporter domain protein  27.78 
 
 		 602 aa  135  9.999999999999999e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.207874  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3009  ABC transporter, ATP-binding protein  29.08 
 
 		 588 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5526  ABC transporter domain protein  28.7 
 
 		 587 aa  134  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.776813  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2775  ABC transporter  27.17 
 
 		 577 aa  134  3e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1678  ABC transporter  29.64 
 
 		 623 aa  133  6e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3507  ABC transporter, fused ATPase and inner membrane subunits  26.79 
 
 		 589 aa  132  9e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.311803  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1832  ABC transporter-like  27.27 
 
 		 583 aa  132  9e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0566621 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4936  ABC transporter  29.03 
 
 		 606 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00595955  normal  0.404726 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2698  ABC transporter-like  26.19 
 
 		 589 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0409  ABC transporter  26.19 
 
 		 589 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0847307  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1326  ABC transporter domain protein  26.7 
 
 		 586 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0388  ABC transporter  26.19 
 
 		 589 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4132  ABC transporter-like  26.7 
 
 		 630 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.588155 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4731  ABC transporter-like  26.15 
 
 		 579 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.612585  normal  0.660257 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0327  ABC transporter  26.19 
 
 		 589 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0336  ABC transporter  26.19 
 
 		 589 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.294433  normal  0.265185 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0312  ABC transporter  26.67 
 
 		 589 aa  127  3e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.221904  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0152  ABC transporter domain protein  24.51 
 
 		 590 aa  127  4.0000000000000003e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0199241  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0552  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  24.59 
 
 		 587 aa  124  2e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0707  ABC transporter domain protein  24.59 
 
 		 587 aa  124  2e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000255653 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0382  ABC efflux pump, fused ATPase and inner membrane subunits  26 
 
 		 592 aa  122  7e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.260963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4654  ABC transporter domain protein  25.74 
 
 		 713 aa  122  7e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.435698 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0822  ABC transporter-like  24.03 
 
 		 575 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.296195  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0762  ABC transporter domain protein  26.63 
 
 		 557 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3576  ABC transporter domain protein  26.36 
 
 		 583 aa  120  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0754799  hitchhiker  0.00000117282 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1048  ABC transporter, fused ATPase and inner membrane subunits  24.79 
 
 		 599 aa  120  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.518844  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07140  ABC-type transport system permease and ATPase component  28.03 
 
 		 588 aa  120  4.9999999999999996e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.377405  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3285  ABC transporter domain protein  27.43 
 
 		 553 aa  115  8.999999999999998e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0999  ABC transporter domain protein  26.32 
 
 		 557 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0667  ABC transporter domain protein  27.15 
 
 		 596 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1852  ABC transporter  26.59 
 
 		 596 aa  113  5e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0298007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1219  ABC transporter  26.75 
 
 		 595 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2634  ABC transporter domain protein  28.03 
 
 		 563 aa  109  6e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0603  ABC transporter domain protein  24.66 
 
 		 596 aa  109  7.000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0401  putative ABC transporter ATP-binding protein  21.35 
 
 		 549 aa  108  1e-22  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1760  inner membrane ABC transporter ATP-binding protein  23.97 
 
 		 561 aa  107  3e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0559  ABC transporter  25.69 
 
 		 588 aa  106  6e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.393268  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6112  ABC transporter  27.84 
 
 		 603 aa  106  7e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.863799  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2150  ABC transporter related protein  23.91 
 
 		 561 aa  105  2e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.675746  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2161  ABC transporter related  23.91 
 
 		 561 aa  105  2e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.918171 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1581  inner membrane ABC transporter ATP-binding protein  23.91 
 
 		 561 aa  105  2e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.477042  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1686  inner membrane ABC transporter ATP-binding protein yddA  23.91 
 
 		 561 aa  105  2e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2109  inner membrane ABC transporter ATP-binding protein  23.91 
 
 		 561 aa  103  4e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.356794  normal  0.522774 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1677  inner membrane ABC transporter ATP-binding protein  24.77 
 
 		 561 aa  103  4e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01454  fused predicted multidrug transporter subunits of ABC superfamily: membrane component/ATP-binding component  23.34 
 
 		 561 aa  103  5e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01467  hypothetical protein  23.34 
 
 		 561 aa  103  5e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4551  ABC transporter, ATP-binding protein  25.23 
 
 		 577 aa  101  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.859512  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4229  ABC transporter:ABC transporter, N-terminal  24.71 
 
 		 572 aa  101  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3329  ABC transporter domain protein  24.5 
 
 		 560 aa  100  6e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.46957  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1469  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  22.52 
 
 		 598 aa  99.4  9e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0799  ABC transporter related  23.28 
 
 		 701 aa  97.4  4e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0267156 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4485  ABC transporter  22.97 
 
 		 712 aa  96.3  7e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.991125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4948  ABC transporter domain protein  22.97 
 
 		 704 aa  96.3  8e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.44049 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1330  ABC transporter domain protein  23.31 
 
 		 663 aa  94.4  3e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1359  ABC transporter domain protein  23.31 
 
 		 663 aa  94.4  3e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00164606 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3430  ABC transporter  24.22 
 
 		 708 aa  94  4e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.18221 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1740  ABC transporter  22.46 
 
 		 712 aa  94  4e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000825117 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5001  ABC transporter domain protein  22.16 
 
 		 704 aa  92.8  7e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.650966 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1179  ABC transporter domain protein  21.94 
 
 		 595 aa  93.2  7e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2240  ABC transporter  25.6 
 
 		 626 aa  92.8  8e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3498  ABC transporter  25.27 
 
 		 615 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.661743 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0622  ATPase  21.53 
 
 		 665 aa  90.5  4e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.333082  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1864  ABC transporter  25.21 
 
 		 602 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.653168 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>