132 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0818 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_0818  cytochrome C oxidase assembly protein  100 
 
 
206 aa  422  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4584  cytochrome C oxidase assembly protein  85.58 
 
 
208 aa  364  1e-100  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0903  cytochrome C oxidase assembly protein  80.1 
 
 
208 aa  325  2.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.169536  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4791  cytochrome C oxidase assembly protein  78.53 
 
 
206 aa  317  6e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0832  cytochrome C oxidase assembly protein  71.92 
 
 
216 aa  302  2.0000000000000002e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.116789  normal  0.277813 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0259  cytochrome C oxidase assembly protein  72.5 
 
 
216 aa  289  2e-77  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3459  cytochrome C oxidase assembly protein  72.5 
 
 
216 aa  289  2e-77  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.788459  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0227  cytochrome C oxidase assembly protein  69.95 
 
 
213 aa  287  6e-77  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0765  cytochrome C oxidase assembly protein  69.95 
 
 
213 aa  287  6e-77  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.35129  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0477  cytochrome C oxidase assembly protein  58.23 
 
 
191 aa  180  1e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0726  cytochrome c oxidase assembly protein CtaG/Cox11  48.04 
 
 
208 aa  180  1e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0871467 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0617  cytochrome C oxidase assembly protein  54.88 
 
 
192 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.184092  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1828  cytochrome C oxidase assembly protein  57.59 
 
 
191 aa  179  4e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0522  cytochrome C oxidase assembly protein  52.84 
 
 
198 aa  177  7e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.443491  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4644  cytochrome c oxidase assembly protein CtaG/Cox11  51.27 
 
 
203 aa  172  2.9999999999999996e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.106976  normal  0.107264 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4502  cytochrome C oxidase assembly protein  46.86 
 
 
229 aa  171  5.999999999999999e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.550907  normal  0.35022 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0477  cytochrome C oxidase assembly protein  45.99 
 
 
201 aa  169  3e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.372099  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0471  cytochrome C oxidase assembly protein  45.99 
 
 
201 aa  168  5e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.312234  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2230  cytochrome c oxidase assembly protein CtaG/Cox11  50 
 
 
188 aa  167  9e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0596282  hitchhiker  0.0054778 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4318  cytochrome C oxidase assembly protein  49.71 
 
 
195 aa  166  2.9999999999999998e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0420878  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0745  cytochrome C oxidase assembly protein  45.92 
 
 
202 aa  165  5.9999999999999996e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.101336  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1241  cytochrome c oxidase assembly protein CtaG/Cox11  44.28 
 
 
201 aa  164  9e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.72167 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3879  cytochrome C oxidase assembly protein  47.25 
 
 
192 aa  163  2.0000000000000002e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.217294  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1044  cytochrome C oxidase assembly protein  50 
 
 
205 aa  163  2.0000000000000002e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0585  cytochrome C oxidase assembly protein  46.55 
 
 
203 aa  162  3e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0102907  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2333  cytochrome C oxidase assembly protein  49.37 
 
 
195 aa  160  1e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.866958  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0646  cytochrome C oxidase assembly protein  45.74 
 
 
202 aa  160  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.18748 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0606  cytochrome C oxidase assembly protein  45.26 
 
 
202 aa  159  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1143  cytochrome C oxidase assembly protein  46.51 
 
 
203 aa  160  2e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0264  cytochrome c oxidase assembly protein CtaG/Cox11  44.92 
 
 
203 aa  157  1e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0628655  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2345  cytochrome c oxidase assembly protein CtaG/Cox11  45.26 
 
 
206 aa  156  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.608732 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3455  cytochrome c oxidase assembly protein CtaG/Cox11  47.03 
 
 
202 aa  155  3e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.919622  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1402  cytochrome C oxidase assembly protein  48.02 
 
 
186 aa  155  3e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.510495  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3259  cytochrome c oxidase assembly protein CtaG/Cox11  47.93 
 
 
202 aa  155  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.104834 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3583  cytochrome c oxidase assembly protein CtaG/Cox11  47.93 
 
 
202 aa  155  6e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0651  cytochrome c oxidase assembly protein CtaG/Cox11  44.77 
 
 
308 aa  151  8e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0917  cytochrome C oxidase assembly protein  40.91 
 
 
209 aa  149  2e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0526885  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0029  cytochrome c oxidase assembly protein CtaG/Cox11  44.44 
 
 
203 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.310353  normal  0.893944 
 
 
-
 
NC_011691  PHATRDRAFT_16147  predicted protein  45.25 
 
 
200 aa  145  5e-34  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.448823  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1884  cytochrome c oxidase assembly protein CtaG/Cox11  46.88 
 
 
216 aa  144  8.000000000000001e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0172285  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3152  cytochrome C oxidase assembly protein  43.33 
 
 
191 aa  141  8e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.841455 
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_7271  cox 11/CtaG family of cytochrome oxidase assembly protein-like protein  40.48 
 
 
219 aa  141  8e-33  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.044375  normal  0.225015 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0547  cytochrome C oxidase assembly protein  42.37 
 
 
212 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4169  cytochrome C oxidase assembly protein  44.31 
 
 
204 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.985179 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1055  cytochrome C oxidase assembly protein  43.31 
 
 
175 aa  133  1.9999999999999998e-30  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.22643  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06297  cytochrome c oxidase assembly protein Cox11, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G12260)  38.98 
 
 
250 aa  132  3e-30  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0848  cytochrome C oxidase assembly protein  41.61 
 
 
174 aa  132  5e-30  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0328  cytochrome C oxidase assembly protein  44.59 
 
 
182 aa  130  1.0000000000000001e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.378424  normal  0.0110245 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0279  cytochrome C oxidase assembly protein  42.77 
 
 
203 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0949  cytochrome C oxidase assembly protein  37.93 
 
 
178 aa  129  2.0000000000000002e-29  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0675  cytochrome C oxidase assembly protein  43.11 
 
 
201 aa  129  3e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.155472  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0167  cytochrome C oxidase assembly protein  43.11 
 
 
201 aa  129  3e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1425  cytochrome C oxidase assembly protein  43.11 
 
 
201 aa  129  3e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0492  cytochrome C oxidase assembly protein  43.11 
 
 
201 aa  129  3e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0510  cytochrome C oxidase assembly protein  43.11 
 
 
201 aa  129  3e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2852  cytochrome C oxidase assembly protein  43.11 
 
 
201 aa  129  3e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3195  cytochrome C oxidase assembly protein  43.11 
 
 
186 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2761  cytochrome C oxidase assembly protein  43.68 
 
 
202 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.29395  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2900  cytochrome C oxidase assembly protein  43.68 
 
 
202 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6174  cytochrome C oxidase assembly protein  44.31 
 
 
202 aa  128  7.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0428  cytochrome C oxidase assembly protein  42.51 
 
 
201 aa  127  8.000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0316  cytochrome C oxidase assembly protein  41.44 
 
 
204 aa  127  9.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.677222  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0459  cytochrome C oxidase assembly protein  43.21 
 
 
203 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.51439  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0185  cytochrome C oxidase assembly protein  38.85 
 
 
185 aa  126  2.0000000000000002e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2855  cytochrome C oxidase assembly protein  42.78 
 
 
202 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.237501  normal  0.641869 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2230  cytochrome C oxidase assembly protein  42.78 
 
 
202 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2844  cytochrome C oxidase assembly protein  42.78 
 
 
202 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.252567  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3045  cytochrome C oxidase assembly protein  39.66 
 
 
210 aa  125  4.0000000000000003e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000121806  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0365  cytochrome C oxidase assembly protein  39.23 
 
 
202 aa  124  1e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4114  cytochrome C oxidase assembly protein  38.69 
 
 
193 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0263  cytochrome C oxidase assembly protein  40.11 
 
 
198 aa  124  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0152  cytochrome C oxidase assembly protein  38.69 
 
 
193 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4313  cytochrome C oxidase assembly protein  38.69 
 
 
193 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3993  cytochrome C oxidase assembly protein  38.82 
 
 
193 aa  123  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_82827  Cytochrome oxidase assembly factor COX11  39.62 
 
 
246 aa  123  2e-27  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.143485  normal  0.307671 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4182  cytochrome C oxidase assembly protein  38.92 
 
 
193 aa  122  3e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4608  cytochrome C oxidase assembly protein  36.6 
 
 
193 aa  122  5e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0234  cytochrome C oxidase assembly protein  40.85 
 
 
189 aa  121  6e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3793  cytochrome C oxidase assembly protein  38.46 
 
 
193 aa  121  8e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3866  cytochrome C oxidase assembly protein  38.46 
 
 
193 aa  121  8e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0256  cytochrome C oxidase assembly protein  40.37 
 
 
187 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0221  cytochrome C oxidase assembly protein  37.85 
 
 
202 aa  120  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.761807 
 
 
-
 
NC_006684  CNB04840  aerobic respiration-related protein, putative  35.54 
 
 
296 aa  119  3e-26  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0240  cytochrome C oxidase assembly protein  37.29 
 
 
202 aa  119  3.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0144291 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0295  cytochrome c oxidase assembly protein CtaG/Cox11  40.49 
 
 
180 aa  117  9.999999999999999e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3821  cytochrome C oxidase assembly protein  37.23 
 
 
214 aa  117  9.999999999999999e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.171251 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1682  cytochrome C oxidase assembly protein  39.11 
 
 
190 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.912645  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3179  cytochrome C oxidase assembly protein  38.32 
 
 
210 aa  116  1.9999999999999998e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.000976115  normal  0.3554 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0880  cytochrome C oxidase assembly protein  38.46 
 
 
192 aa  116  3e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.740647  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1247  cytochrome C oxidase assembly protein  35.26 
 
 
202 aa  115  3.9999999999999997e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.403228  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3784  cytochrome C oxidase assembly protein  38.24 
 
 
188 aa  115  6e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0064  cytochrome c oxidase assembly protein CtaG/Cox11  38.67 
 
 
198 aa  114  8.999999999999998e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0258  cytochrome C oxidase assembly protein  36.77 
 
 
181 aa  114  1.0000000000000001e-24  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.623764  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0196  cytochrome C oxidase assembly protein  38.51 
 
 
189 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001447  cytochrome oxidase biogenesis protein Cox11-CtaG copper delivery to Cox1  36.59 
 
 
179 aa  112  3e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1468  cytochrome C oxidase assembly protein  37.44 
 
 
203 aa  112  3e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.867504  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4244  cytochrome C oxidase assembly protein  39.26 
 
 
200 aa  111  8.000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.770426  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4389  cytochrome C oxidase assembly protein  35.71 
 
 
208 aa  111  9e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3485  cytochrome C oxidase assembly protein  34.64 
 
 
188 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.117347 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4001  cytochrome C oxidase assembly protein  34.12 
 
 
191 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>