132 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4608 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_4608  cytochrome C oxidase assembly protein  100 
 
 
193 aa  400  1e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3793  cytochrome C oxidase assembly protein  94.3 
 
 
193 aa  381  1e-105  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3866  cytochrome C oxidase assembly protein  94.3 
 
 
193 aa  381  1e-105  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3993  cytochrome C oxidase assembly protein  94.3 
 
 
193 aa  380  1e-105  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4114  cytochrome C oxidase assembly protein  87.3 
 
 
193 aa  354  3.9999999999999996e-97  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0152  cytochrome C oxidase assembly protein  87.3 
 
 
193 aa  354  3.9999999999999996e-97  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4313  cytochrome C oxidase assembly protein  87.3 
 
 
193 aa  354  3.9999999999999996e-97  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4182  cytochrome C oxidase assembly protein  86.77 
 
 
193 aa  351  2.9999999999999997e-96  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3784  cytochrome C oxidase assembly protein  87.43 
 
 
188 aa  336  9.999999999999999e-92  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0176  cytochrome C oxidase assembly protein  72.97 
 
 
187 aa  294  5e-79  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0256  cytochrome C oxidase assembly protein  72.13 
 
 
187 aa  289  2e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0196  cytochrome C oxidase assembly protein  70.33 
 
 
189 aa  283  8e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3485  cytochrome C oxidase assembly protein  71.98 
 
 
188 aa  281  3.0000000000000004e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.117347 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4001  cytochrome C oxidase assembly protein  69.73 
 
 
191 aa  281  5.000000000000001e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3519  cytochrome C oxidase assembly protein  71.58 
 
 
187 aa  280  1e-74  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0123  cytochrome C oxidase assembly protein  69.78 
 
 
189 aa  277  6e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04011  cytochrome C oxidase assembly protein  56.73 
 
 
195 aa  217  8.999999999999998e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001447  cytochrome oxidase biogenesis protein Cox11-CtaG copper delivery to Cox1  56.55 
 
 
179 aa  210  1e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06270  cytochrome C oxidase assembly protein  56.02 
 
 
196 aa  208  3e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0234  cytochrome C oxidase assembly protein  53.07 
 
 
189 aa  206  1e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0064  cytochrome c oxidase assembly protein CtaG/Cox11  54.1 
 
 
198 aa  206  1e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4244  cytochrome C oxidase assembly protein  50 
 
 
200 aa  196  1.0000000000000001e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.770426  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3045  cytochrome C oxidase assembly protein  46.55 
 
 
210 aa  192  2e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000121806  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01000  cytochrome C oxidase assembly protein  53.5 
 
 
184 aa  178  4e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1040  cytochrome c oxidase assembly protein CtaG/Cox11  50.9 
 
 
175 aa  177  1e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01310  cytochrome C oxidase assembly protein  48.54 
 
 
184 aa  174  6e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.782313  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0882  cytochrome C oxidase assembly protein  43.02 
 
 
182 aa  174  7e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2960  cytochrome C oxidase assembly protein  49.37 
 
 
180 aa  174  9e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2809  cytochrome C oxidase assembly protein  49.37 
 
 
180 aa  174  9e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0182  cytochrome C oxidase assembly protein  48.24 
 
 
184 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0105  cytochrome C oxidase assembly protein  47.95 
 
 
188 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.257574  normal  0.281788 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0121  cytochrome C oxidase assembly protein  47.95 
 
 
188 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0077  cytochrome C oxidase assembly protein  45 
 
 
183 aa  171  5e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0119  cytochrome C oxidase assembly protein  47.95 
 
 
188 aa  171  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.553473  normal  0.0134076 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0124  cytochrome C oxidase assembly protein  46.75 
 
 
188 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1468  cytochrome C oxidase assembly protein  44 
 
 
203 aa  160  9e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.867504  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0038  cytochrome C oxidase assembly protein  47.56 
 
 
207 aa  159  3e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.379373  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0144  cytochrome C oxidase assembly protein  49.68 
 
 
182 aa  156  2e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3179  cytochrome C oxidase assembly protein  39.69 
 
 
210 aa  154  7e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.000976115  normal  0.3554 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1247  cytochrome C oxidase assembly protein  41.33 
 
 
202 aa  153  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.403228  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0328  cytochrome C oxidase assembly protein  41.42 
 
 
182 aa  153  2e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.378424  normal  0.0110245 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0295  cytochrome c oxidase assembly protein CtaG/Cox11  43.64 
 
 
180 aa  153  2e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3821  cytochrome C oxidase assembly protein  38.78 
 
 
214 aa  150  8e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.171251 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4389  cytochrome C oxidase assembly protein  39.49 
 
 
208 aa  150  1e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3905  cytochrome C oxidase assembly protein  39.89 
 
 
205 aa  150  2e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.204012  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0459  cytochrome C oxidase assembly protein  43.03 
 
 
203 aa  149  3e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.51439  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2715  cytochrome C oxidase assembly protein  44.97 
 
 
172 aa  148  4e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.253936 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0279  cytochrome C oxidase assembly protein  40.84 
 
 
203 aa  148  5e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0547  cytochrome C oxidase assembly protein  40.34 
 
 
212 aa  147  7e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2761  cytochrome C oxidase assembly protein  41.99 
 
 
202 aa  147  8e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.29395  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0263  cytochrome C oxidase assembly protein  42.6 
 
 
198 aa  147  9e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2900  cytochrome C oxidase assembly protein  42.7 
 
 
202 aa  147  9e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2857  cytochrome C oxidase assembly protein  38.02 
 
 
206 aa  147  1.0000000000000001e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.459013  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3534  cytochrome C oxidase assembly protein  38.02 
 
 
206 aa  147  1.0000000000000001e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.713357  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1382  cytochrome C oxidase assembly protein  38.17 
 
 
224 aa  146  2.0000000000000003e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.167497  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0365  cytochrome C oxidase assembly protein  41.67 
 
 
202 aa  145  3e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6174  cytochrome C oxidase assembly protein  40.54 
 
 
202 aa  145  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0880  cytochrome C oxidase assembly protein  38.92 
 
 
192 aa  145  3e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.740647  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2230  cytochrome C oxidase assembly protein  40.54 
 
 
202 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2844  cytochrome C oxidase assembly protein  40.54 
 
 
202 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.252567  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2855  cytochrome C oxidase assembly protein  40.54 
 
 
202 aa  144  6e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.237501  normal  0.641869 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0240  cytochrome C oxidase assembly protein  40.48 
 
 
202 aa  144  8.000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0144291 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0221  cytochrome C oxidase assembly protein  40.48 
 
 
202 aa  143  1e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.761807 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4169  cytochrome C oxidase assembly protein  39.13 
 
 
204 aa  143  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.985179 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0675  cytochrome C oxidase assembly protein  38.92 
 
 
201 aa  143  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.155472  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0428  cytochrome C oxidase assembly protein  39.88 
 
 
201 aa  142  2e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0167  cytochrome C oxidase assembly protein  38.92 
 
 
201 aa  143  2e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1425  cytochrome C oxidase assembly protein  38.92 
 
 
201 aa  143  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0492  cytochrome C oxidase assembly protein  38.92 
 
 
201 aa  143  2e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0510  cytochrome C oxidase assembly protein  38.92 
 
 
201 aa  143  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2852  cytochrome C oxidase assembly protein  38.92 
 
 
201 aa  143  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0316  cytochrome C oxidase assembly protein  41.07 
 
 
204 aa  142  4e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.677222  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1682  cytochrome C oxidase assembly protein  37.78 
 
 
190 aa  141  5e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.912645  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3008  cytochrome c oxidase assembly protein  40.45 
 
 
182 aa  141  6e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.732509  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3195  cytochrome C oxidase assembly protein  39.56 
 
 
186 aa  141  7e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1677  cytochrome C oxidase assembly protein  37.3 
 
 
197 aa  140  9.999999999999999e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1938  cytochrome c oxidase assembly protein CtaG/Cox11  40.57 
 
 
193 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.233238  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0313  cytochrome C oxidase assembly protein  40.11 
 
 
196 aa  139  3e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0575051 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5258  cytochrome c oxidase assembly protein  42.35 
 
 
162 aa  138  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1643  cytochrome c oxidase assembly protein CtaG/Cox11  39.08 
 
 
194 aa  137  8.999999999999999e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0653382  normal  0.894689 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0185  cytochrome C oxidase assembly protein  39.55 
 
 
185 aa  135  4e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04022  cytochrome C oxidase assembly protein  43.23 
 
 
198 aa  134  8e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0285  cytochrome C oxidase assembly protein  39.52 
 
 
163 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0522  cytochrome C oxidase assembly protein  36.26 
 
 
198 aa  129  4.0000000000000003e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.443491  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0646  cytochrome C oxidase assembly protein  32.5 
 
 
202 aa  128  5.0000000000000004e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.18748 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0606  cytochrome C oxidase assembly protein  33.51 
 
 
202 aa  126  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0917  cytochrome C oxidase assembly protein  36.42 
 
 
209 aa  125  4.0000000000000003e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0526885  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0818  cytochrome C oxidase assembly protein  36.6 
 
 
206 aa  122  5e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0471  cytochrome C oxidase assembly protein  36.16 
 
 
201 aa  120  9.999999999999999e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.312234  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0477  cytochrome C oxidase assembly protein  36.16 
 
 
201 aa  120  1.9999999999999998e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.372099  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2230  cytochrome c oxidase assembly protein CtaG/Cox11  35.16 
 
 
188 aa  119  3e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0596282  hitchhiker  0.0054778 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0585  cytochrome C oxidase assembly protein  34.07 
 
 
203 aa  119  3e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0102907  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0903  cytochrome C oxidase assembly protein  37.5 
 
 
208 aa  118  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.169536  n/a   
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_7271  cox 11/CtaG family of cytochrome oxidase assembly protein-like protein  30.65 
 
 
219 aa  118  4.9999999999999996e-26  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.044375  normal  0.225015 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0651  cytochrome c oxidase assembly protein CtaG/Cox11  39.58 
 
 
308 aa  115  3.9999999999999997e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2333  cytochrome C oxidase assembly protein  34.91 
 
 
195 aa  115  3.9999999999999997e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.866958  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1241  cytochrome c oxidase assembly protein CtaG/Cox11  34.85 
 
 
201 aa  113  1.0000000000000001e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.72167 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06297  cytochrome c oxidase assembly protein Cox11, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G12260)  33.33 
 
 
250 aa  113  2.0000000000000002e-24  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0227  cytochrome C oxidase assembly protein  34.46 
 
 
213 aa  113  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0765  cytochrome C oxidase assembly protein  34.46 
 
 
213 aa  113  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.35129  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>