More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4068 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_4068  NADH dehydrogenase subunit E  100 
 
 
157 aa  317  6e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.50582  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1350  NADH dehydrogenase subunit E  79.62 
 
 
157 aa  260  6e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4740  NADH dehydrogenase subunit E  78.71 
 
 
162 aa  254  3e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.871822  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1329  NADH dehydrogenase subunit E  77.92 
 
 
157 aa  252  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.116663  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1692  NADH dehydrogenase subunit E  66.9 
 
 
157 aa  203  8e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.175779  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1739  NADH dehydrogenase subunit E  62.18 
 
 
157 aa  199  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0103  NADH dehydrogenase subunit E  62.18 
 
 
157 aa  199  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3129  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  47.71 
 
 
171 aa  145  1.0000000000000001e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1117  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  50.74 
 
 
165 aa  139  1.9999999999999998e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0378  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  39.74 
 
 
167 aa  131  3.9999999999999996e-30  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.320338  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1696  NADH dehydrogenase subunit E  41.72 
 
 
170 aa  130  7.999999999999999e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.142144  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1124  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 24 kDa subunit  41.83 
 
 
154 aa  129  2.0000000000000002e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.251038  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0576  NADH dehydrogenase subunit E  39.74 
 
 
169 aa  129  2.0000000000000002e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1356  NADH dehydrogenase subunit E  42.67 
 
 
157 aa  128  3e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3822  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  45.45 
 
 
154 aa  127  5.0000000000000004e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.144781  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0587  NADH dehydrogenase subunit E  39.74 
 
 
169 aa  127  6e-29  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3606  NADH dehydrogenase subunit E  42.34 
 
 
165 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1743  NADH dehydrogenase subunit E  41.61 
 
 
165 aa  124  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.048618  normal  0.210443 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28470  NADH dehydrogenase subunit E  39.87 
 
 
164 aa  124  5e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2415  NADH dehydrogenase subunit E  42.34 
 
 
170 aa  124  6e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0144111  normal  0.147361 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4122  NADH dehydrogenase subunit E  41.61 
 
 
165 aa  124  7e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2567  NADH dehydrogenase subunit E  40.88 
 
 
166 aa  124  7e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29980  NADH dehydrogenase subunit E  40.88 
 
 
166 aa  124  7e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3694  NADH dehydrogenase subunit E  41.61 
 
 
165 aa  123  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0959076  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1870  NADH dehydrogenase subunit E  41.61 
 
 
165 aa  123  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.142581 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1016  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  44.7 
 
 
168 aa  122  2e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.664946  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3200  NADH dehydrogenase subunit E  40.88 
 
 
165 aa  121  4e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.333269  normal  0.0237431 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3368  NADH dehydrogenase I, E subunit  40.88 
 
 
165 aa  120  7e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2547  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  40.97 
 
 
176 aa  120  8e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.15313  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1956  NADH dehydrogenase subunit E  41.55 
 
 
163 aa  119  9.999999999999999e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.131976  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1397  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  39.58 
 
 
176 aa  119  1.9999999999999998e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.231323  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2863  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 24 kDa subunit  43.17 
 
 
179 aa  117  4.9999999999999996e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.088948  hitchhiker  0.00474747 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3305  NADH dehydrogenase subunit E  35.95 
 
 
183 aa  116  9.999999999999999e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00437107  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1563  NADH dehydrogenase subunit E  39.42 
 
 
187 aa  116  9.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.449918  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0715  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 24 kDa subunit  48.87 
 
 
164 aa  116  9.999999999999999e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1018  NADH dehydrogenase subunit E  39.84 
 
 
180 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1495  NADH dehydrogenase subunit E  41.41 
 
 
181 aa  114  3.9999999999999997e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181853  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02210  NADH dehydrogenase subunit E  40.31 
 
 
166 aa  114  6e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1372  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  40.31 
 
 
166 aa  114  6e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00570397  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2434  NADH dehydrogenase subunit E  40.31 
 
 
166 aa  114  6e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1367  NADH dehydrogenase subunit E  40.31 
 
 
166 aa  114  6e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.334565  normal  0.707376 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2439  NADH dehydrogenase subunit E  40.31 
 
 
166 aa  114  6e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2661  NADH dehydrogenase subunit E  40.31 
 
 
166 aa  114  6e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0294149  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02170  hypothetical protein  40.31 
 
 
166 aa  114  6e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2578  NADH dehydrogenase subunit E  40.31 
 
 
166 aa  114  6e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.520034  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3424  NADH dehydrogenase subunit E  40.31 
 
 
166 aa  114  6e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.208277  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2829  NADH dehydrogenase subunit E  40.62 
 
 
166 aa  114  6e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0584484  normal  0.465649 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2769  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  40.62 
 
 
171 aa  114  6.9999999999999995e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.217796  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2509  NADH dehydrogenase subunit E  40.31 
 
 
166 aa  114  7.999999999999999e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.798131  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2564  NADH dehydrogenase subunit E  40.31 
 
 
166 aa  114  7.999999999999999e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.401608  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2553  NADH dehydrogenase subunit E  40.31 
 
 
166 aa  114  7.999999999999999e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.788767  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2464  NADH dehydrogenase subunit E  40.31 
 
 
166 aa  114  7.999999999999999e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.11895  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2671  NADH dehydrogenase subunit E  40.31 
 
 
166 aa  114  7.999999999999999e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.589813  normal  0.621084 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0332  NADH dehydrogenase subunit E  37.5 
 
 
157 aa  112  2.0000000000000002e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0207  NADH dehydrogenase subunit E  35.48 
 
 
162 aa  107  4.0000000000000004e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2712  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  46.49 
 
 
294 aa  103  6e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0154  NADH dehydrogenase subunit E  39.47 
 
 
173 aa  101  4e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0542  NADH dehydrogenase subunit E  38.75 
 
 
262 aa  100  6e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.542965  normal  0.306616 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0177  NADH dehydrogenase subunit E  42.11 
 
 
156 aa  100  6e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0271  NADH dehydrogenase subunit E  43.36 
 
 
269 aa  98.2  4e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3443  NADH dehydrogenase subunit E  40 
 
 
162 aa  97.8  5e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0285  NADH-quinone oxidoreductase subunit E  36.96 
 
 
231 aa  96.7  1e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2162  NADH dehydrogenase subunit E  39.26 
 
 
161 aa  95.5  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2283  NADH dehydrogenase subunit E  39.26 
 
 
161 aa  95.5  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0960667  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6090  NADH dehydrogenase subunit E  35.62 
 
 
273 aa  95.1  3e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.024124 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2269  NADH dehydrogenase subunit E  39.26 
 
 
161 aa  95.5  3e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.128082  normal  0.14114 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5573  NADH dehydrogenase subunit E  39.26 
 
 
161 aa  95.5  3e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0826314  normal  0.259752 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1633  NADH dehydrogenase subunit E  39.26 
 
 
161 aa  95.5  3e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2245  NADH dehydrogenase subunit E  39.26 
 
 
161 aa  95.5  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.254081  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3225  NADH dehydrogenase subunit E  37.68 
 
 
283 aa  95.1  4e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0065484 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0543  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  40.68 
 
 
269 aa  94.4  6e-19  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.727219 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4061  NADH dehydrogenase subunit E  40.17 
 
 
317 aa  94  7e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.732889  normal  0.108394 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7687  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  41.04 
 
 
228 aa  93.6  8e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0524  NADH dehydrogenase subunit E  36.57 
 
 
263 aa  94  8e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0588  NADH:ubiquinone oxidoreductase 24 kD subunit- like protein  35.25 
 
 
219 aa  93.6  9e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1045  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  36.15 
 
 
230 aa  92.4  2e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2626  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  41.74 
 
 
163 aa  92.8  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.85829  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2253  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  41.74 
 
 
163 aa  92.8  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000369052 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4459  NADH dehydrogenase subunit E  39.32 
 
 
305 aa  92.4  2e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2236  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  34.46 
 
 
163 aa  92  3e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2561  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 24 kDa subunit  41.74 
 
 
175 aa  91.3  4e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3619  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  37.21 
 
 
169 aa  91.3  4e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5057  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  37.59 
 
 
248 aa  91.3  5e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.941311 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3210  NADH dehydrogenase subunit E  38.52 
 
 
161 aa  91.3  5e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1881  NADH dehydrogenase subunit E  41.03 
 
 
253 aa  90.9  5e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.54783 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07420  NADH dehydrogenase subunit E  39.53 
 
 
319 aa  90.9  6e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0368218 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4485  NADH dehydrogenase subunit E  41.38 
 
 
287 aa  90.9  6e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.256998  hitchhiker  0.00514085 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2691  NADH dehydrogenase subunit E  40.87 
 
 
239 aa  90.9  6e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1032  NADH dehydrogenase subunit E  37.78 
 
 
161 aa  90.9  6e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0249192  normal  0.0947418 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4332  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  37.59 
 
 
171 aa  90.5  7e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4200  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  37.59 
 
 
171 aa  90.5  7e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4355  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  37.59 
 
 
171 aa  90.5  7e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.223489  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2005  NADH dehydrogenase subunit E  37.04 
 
 
161 aa  89.7  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0583559  normal  0.143648 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1267  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  36.03 
 
 
175 aa  89  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.238783 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1439  NADH dehydrogenase subunit E  37.04 
 
 
161 aa  89.4  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0487171  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1303  NADH dehydrogenase subunit E  37.04 
 
 
161 aa  89.4  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1065  NADH dehydrogenase subunit E  37.04 
 
 
161 aa  89.4  2e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.331293  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3631  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  37.8 
 
 
170 aa  89.4  2e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.574819 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0159  NADH dehydrogenase subunit E  41.23 
 
 
155 aa  89  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.458445 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1134  NADH dehydrogenase subunit E  37.04 
 
 
161 aa  89.4  2e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0930546  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>