More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU3443 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU3443  NADH dehydrogenase subunit E  100 
 
 
162 aa  327  4e-89  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0154  NADH dehydrogenase subunit E  81.65 
 
 
173 aa  272  1.0000000000000001e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0332  NADH dehydrogenase subunit E  73.25 
 
 
157 aa  244  3e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0177  NADH dehydrogenase subunit E  67.74 
 
 
156 aa  215  2e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0159  NADH dehydrogenase subunit E  68.18 
 
 
155 aa  200  6e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.458445 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0207  NADH dehydrogenase subunit E  55.35 
 
 
162 aa  180  6e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1956  NADH dehydrogenase subunit E  51.33 
 
 
163 aa  165  2.9999999999999998e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.131976  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1016  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  44.87 
 
 
168 aa  155  2e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.664946  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1124  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 24 kDa subunit  48.34 
 
 
154 aa  147  5e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.251038  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1356  NADH dehydrogenase subunit E  46.98 
 
 
157 aa  147  9e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1117  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  49.26 
 
 
165 aa  145  2.0000000000000003e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0378  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  40.69 
 
 
167 aa  137  7e-32  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.320338  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1397  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  40.67 
 
 
176 aa  134  5e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.231323  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3822  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  40.67 
 
 
154 aa  134  7.000000000000001e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.144781  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29980  NADH dehydrogenase subunit E  41.33 
 
 
166 aa  133  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28470  NADH dehydrogenase subunit E  42 
 
 
164 aa  132  1.9999999999999998e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2567  NADH dehydrogenase subunit E  41.33 
 
 
166 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2769  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  40.97 
 
 
171 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.217796  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02210  NADH dehydrogenase subunit E  40.97 
 
 
166 aa  131  5e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1372  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  40.97 
 
 
166 aa  131  5e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00570397  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2434  NADH dehydrogenase subunit E  40.97 
 
 
166 aa  131  5e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2578  NADH dehydrogenase subunit E  40.97 
 
 
166 aa  131  5e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.520034  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2439  NADH dehydrogenase subunit E  40.97 
 
 
166 aa  131  5e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3424  NADH dehydrogenase subunit E  40.97 
 
 
166 aa  131  5e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.208277  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2661  NADH dehydrogenase subunit E  40.97 
 
 
166 aa  131  5e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0294149  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1367  NADH dehydrogenase subunit E  40.97 
 
 
166 aa  131  5e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.334565  normal  0.707376 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02170  hypothetical protein  40.97 
 
 
166 aa  131  5e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1495  NADH dehydrogenase subunit E  41.67 
 
 
181 aa  130  6.999999999999999e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181853  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2671  NADH dehydrogenase subunit E  43.7 
 
 
166 aa  130  7.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.589813  normal  0.621084 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2464  NADH dehydrogenase subunit E  43.7 
 
 
166 aa  130  7.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.11895  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2553  NADH dehydrogenase subunit E  43.7 
 
 
166 aa  130  7.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.788767  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2509  NADH dehydrogenase subunit E  43.7 
 
 
166 aa  130  7.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.798131  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2564  NADH dehydrogenase subunit E  43.7 
 
 
166 aa  130  7.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.401608  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0715  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 24 kDa subunit  46.32 
 
 
164 aa  129  1.0000000000000001e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2829  NADH dehydrogenase subunit E  41.13 
 
 
166 aa  129  1.0000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0584484  normal  0.465649 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4122  NADH dehydrogenase subunit E  42.86 
 
 
165 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1870  NADH dehydrogenase subunit E  42.86 
 
 
165 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.142581 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3694  NADH dehydrogenase subunit E  42.86 
 
 
165 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0959076  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1563  NADH dehydrogenase subunit E  42.96 
 
 
187 aa  129  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.449918  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3305  NADH dehydrogenase subunit E  44.19 
 
 
183 aa  128  3e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00437107  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1743  NADH dehydrogenase subunit E  42.86 
 
 
165 aa  128  3e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.048618  normal  0.210443 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1696  NADH dehydrogenase subunit E  43.26 
 
 
170 aa  128  4.0000000000000003e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.142144  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2547  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  38.67 
 
 
176 aa  127  4.0000000000000003e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.15313  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3606  NADH dehydrogenase subunit E  42.86 
 
 
165 aa  127  7.000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1018  NADH dehydrogenase subunit E  41.73 
 
 
180 aa  127  8.000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2415  NADH dehydrogenase subunit E  43.57 
 
 
170 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0144111  normal  0.147361 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3368  NADH dehydrogenase I, E subunit  41.13 
 
 
165 aa  124  5e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0576  NADH dehydrogenase subunit E  42.22 
 
 
169 aa  124  5e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3200  NADH dehydrogenase subunit E  41.43 
 
 
165 aa  124  6e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.333269  normal  0.0237431 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0587  NADH dehydrogenase subunit E  41.48 
 
 
169 aa  123  8.000000000000001e-28  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3129  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  42.67 
 
 
171 aa  123  1e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4740  NADH dehydrogenase subunit E  41.35 
 
 
162 aa  113  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.871822  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1329  NADH dehydrogenase subunit E  40.6 
 
 
157 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.116663  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1320  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  38.31 
 
 
174 aa  108  3e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.458118  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2253  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  40.58 
 
 
163 aa  107  6e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000369052 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2626  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  40.58 
 
 
163 aa  107  6e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.85829  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0096  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  37.5 
 
 
162 aa  106  1e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000108902 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3674  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  38.31 
 
 
174 aa  106  1e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0104099 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1350  NADH dehydrogenase subunit E  39.1 
 
 
157 aa  105  2e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1045  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  37.74 
 
 
230 aa  104  5e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3619  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  36.24 
 
 
169 aa  104  5e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0632  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  48.08 
 
 
154 aa  104  5e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1627  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  48.08 
 
 
154 aa  104  5e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3189  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  48.08 
 
 
154 aa  104  5e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2863  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 24 kDa subunit  37.14 
 
 
179 aa  103  7e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.088948  hitchhiker  0.00474747 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1687  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  40 
 
 
153 aa  103  7e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0103  NADH dehydrogenase subunit E  42.11 
 
 
157 aa  103  8e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1739  NADH dehydrogenase subunit E  42.11 
 
 
157 aa  103  8e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4084  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  37.76 
 
 
165 aa  103  9e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.146829 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3631  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  38.93 
 
 
170 aa  103  1e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.574819 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1692  NADH dehydrogenase subunit E  42.11 
 
 
157 aa  102  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.175779  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0029  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 24 kDa subunit  33.33 
 
 
156 aa  100  8e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1312  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  33.55 
 
 
160 aa  100  8e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4355  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  34.9 
 
 
171 aa  100  1e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.223489  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0961  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  38.69 
 
 
163 aa  100  1e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00643352 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4200  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  34.9 
 
 
171 aa  100  1e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1505  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  42.31 
 
 
175 aa  99.8  1e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00485138 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4332  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  34.9 
 
 
171 aa  100  1e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0876  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  38.69 
 
 
163 aa  100  1e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.92008  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2561  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 24 kDa subunit  43.48 
 
 
175 aa  99.4  2e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2809  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  38.69 
 
 
165 aa  99.4  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.26372 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1497  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  39.42 
 
 
162 aa  99  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.358345  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1242  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  36.03 
 
 
176 aa  99  3e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3252  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  38.69 
 
 
166 aa  98.2  4e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4068  NADH dehydrogenase subunit E  40 
 
 
157 aa  97.8  6e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.50582  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5102  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  36.36 
 
 
166 aa  97.1  9e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0722  formate dehydrogenase subunit gamma  34.46 
 
 
156 aa  97.1  9e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0553  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 24 kDa subunit  36.72 
 
 
169 aa  96.7  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.469844  normal  0.235465 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7015  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  37.5 
 
 
161 aa  95.9  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2832  NADH dehydrogenase I chain E  36.64 
 
 
155 aa  96.3  2e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2701  NADH dehydrogenase I chain E  36.64 
 
 
155 aa  96.3  2e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0992  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  35.81 
 
 
161 aa  95.5  2e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0215  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  31.79 
 
 
154 aa  94.7  4e-19  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0697  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  34.97 
 
 
157 aa  95.1  4e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000280605  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_76559  subunit NUHM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase  34.9 
 
 
239 aa  95.1  4e-19  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.261149  normal  0.246661 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0721  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  34.97 
 
 
157 aa  95.1  4e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000000389921  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1428  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  36.5 
 
 
165 aa  95.1  4e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.464968  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4349  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  34.23 
 
 
188 aa  94.7  4e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.254899 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0931  NADH dehydrogenase subunit E  36.81 
 
 
168 aa  94.7  5e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.394875  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3292  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 24 kDa subunit  31.76 
 
 
177 aa  94.4  6e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>