61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3552 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3552  hypothetical protein  100 
 
 		 95 aa  184  3e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.277818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1718  Protein of unknown function DUF1778  59.55 
 
 		 92 aa  108  3e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.258746  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2077  Protein of unknown function DUF1778  43.68 
 
 		 92 aa  74.7  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.441123  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1730  Protein of unknown function DUF1778  41.38 
 
 		 93 aa  67.4  0.00000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000000264172  normal  0.231757 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0786  hypothetical protein  40.45 
 
 		 101 aa  66.2  0.0000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10936  hypothetical protein  41.18 
 
 		 158 aa  63.2  0.000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1418  hypothetical protein  43.04 
 
 		 90 aa  62  0.000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0512849  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1137  Protein of unknown function DUF1778  43.04 
 
 		 90 aa  62  0.000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2145  Protein of unknown function DUF1778  39.53 
 
 		 90 aa  59.3  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3941  hypothetical protein  36.71 
 
 		 88 aa  57.4  0.00000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4779  hypothetical protein  36.71 
 
 		 88 aa  57.4  0.00000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39810  hypothetical protein  36.78 
 
 		 97 aa  55.8  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.443766  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4586  CopG-like DNA-binding  39.19 
 
 		 96 aa  55.1  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1572  hypothetical protein  30.77 
 
 		 94 aa  54.7  0.0000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.271539  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1609  hypothetical protein  39.19 
 
 		 113 aa  54.7  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0599595  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1482  hypothetical protein  39.19 
 
 		 113 aa  53.1  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.431394  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0400  Protein of unknown function DUF1778  32.94 
 
 		 98 aa  52.4  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00028613  normal  0.219232 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3908  Protein of unknown function DUF1778  34.52 
 
 		 93 aa  52.8  0.000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4102  Protein of unknown function DUF1778  37.84 
 
 		 112 aa  52  0.000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00360106  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2043  hypothetical protein  39.13 
 
 		 97 aa  50.1  0.000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0191203  hitchhiker  0.00751766 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1351  Protein of unknown function DUF1778  35.14 
 
 		 112 aa  50.1  0.00001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.513418  hitchhiker  0.0017471 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3847  putative cytoplasmic protein  33.33 
 
 		 88 aa  48.9  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3975  hypothetical protein  33.33 
 
 		 88 aa  48.9  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4035  hypothetical protein  33.33 
 
 		 88 aa  48.9  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.64384  normal  0.367724 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1171  CopG-like DNA-binding  37.21 
 
 		 92 aa  48.9  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.693906  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2853  hypothetical protein  38.75 
 
 		 101 aa  48.9  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.325432 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0946  hypothetical protein  34.18 
 
 		 90 aa  48.9  0.00003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.583397  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3866  hypothetical protein  33.33 
 
 		 88 aa  47.8  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0499  Protein of unknown function DUF1778  36.99 
 
 		 90 aa  47.8  0.00005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.92747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12817  hypothetical protein  39.19 
 
 		 155 aa  47.4  0.00006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0067  hypothetical protein  33.33 
 
 		 94 aa  47  0.00008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0712969  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2855  hypothetical protein  37.18 
 
 		 102 aa  46.2  0.0001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3430  Protein of unknown function DUF1778  35.23 
 
 		 97 aa  45.8  0.0002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.410237  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5176  Protein of unknown function DUF1778  35.29 
 
 		 99 aa  45.8  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3548  Protein of unknown function DUF1778  35.23 
 
 		 97 aa  46.2  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0214549  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3083  Protein of unknown function DUF1778  35.23 
 
 		 97 aa  45.4  0.0003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4726  hypothetical protein  38.1 
 
 		 92 aa  45.1  0.0004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4663  hypothetical protein  35.23 
 
 		 97 aa  44.7  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.316617  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4572  hypothetical protein  35.23 
 
 		 97 aa  44.7  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0336291  normal  0.326254 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4712  hypothetical protein  35.23 
 
 		 97 aa  44.7  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0574447  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3542  Protein of unknown function DUF1778  28.4 
 
 		 90 aa  44.3  0.0006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4243  hypothetical protein  32 
 
 		 88 aa  43.9  0.0007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3703  Protein of unknown function DUF1778  28.4 
 
 		 83 aa  43.9  0.0008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1621  Protein of unknown function DUF1778  30.86 
 
 		 93 aa  43.9  0.0008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4869  hypothetical protein  37.5 
 
 		 100 aa  43.5  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.317582 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1786  hypothetical protein  33.33 
 
 		 89 aa  43.5  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.475504  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0837  hypothetical protein  28.4 
 
 		 88 aa  42.7  0.002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00346325 
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0301  hypothetical protein  25.64 
 
 		 100 aa  42.7  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00707252  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2581  Protein of unknown function DUF1778  32.91 
 
 		 95 aa  42  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.386443  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4009  hypothetical protein  32.86 
 
 		 140 aa  41.2  0.004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2169  hypothetical protein  34.62 
 
 		 135 aa  41.6  0.004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0114  Protein of unknown function DUF1778  36.51 
 
 		 92 aa  41.2  0.005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00378  conserved hypothetical protein  29.11 
 
 		 125 aa  41.2  0.005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00680553  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00382  hypothetical protein  29.11 
 
 		 119 aa  41.2  0.005  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00876967  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2344  hypothetical protein  30.88 
 
 		 93 aa  41.2  0.005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0502  hypothetical protein  29.11 
 
 		 119 aa  41.2  0.005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.145396  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0462  hypothetical protein  29.11 
 
 		 119 aa  41.2  0.005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.129504  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0280  hypothetical protein  37.18 
 
 		 109 aa  40.8  0.006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0467  hypothetical protein  29.11 
 
 		 103 aa  40.8  0.006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.62565  normal  0.624691 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3599  hypothetical protein  37.68 
 
 		 101 aa  40.4  0.008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00284675  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0059  hypothetical protein  25.97 
 
 		 96 aa  40  0.01  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.182008  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>