46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2669 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_2669  xylose isomerase-like TIM barrel  100 
 
 		 315 aa  651    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0145308  normal  0.880216 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1981  xylose isomerase domain-containing protein  29.93 
 
 		 287 aa  130  3e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000324599  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1518  xylose isomerase domain-containing protein  29.38 
 
 		 292 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0485  xylose isomerase domain-containing protein  28.76 
 
 		 284 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0271808  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1925  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.05 
 
 		 288 aa  127  3e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0729922  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1699  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.81 
 
 		 286 aa  126  6e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2015  endonuclease IV  33.33 
 
 		 298 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0951  xylose isomerase domain-containing protein  31.15 
 
 		 273 aa  117  3e-25  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0994  xylose isomerase domain-containing protein  30.58 
 
 		 273 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.148425  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3723  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.1 
 
 		 276 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.761963  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0371  endonuclease IV  30.64 
 
 		 276 aa  109  6e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000053245  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0978  xylose isomerase domain-containing protein  28.93 
 
 		 273 aa  107  2e-22  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.993013  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1729  endonuclease IV  28.87 
 
 		 273 aa  106  5e-22  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.702614  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1039  xylose isomerase domain-containing protein  27.62 
 
 		 276 aa  103  4e-21  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0392  AP endonuclease  29.57 
 
 		 276 aa  102  6e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000214103  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1146  AP endonuclease  29.2 
 
 		 272 aa  102  8e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  unclonable  0.0000000018522  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1335  AP endonuclease  29.2 
 
 		 272 aa  102  1e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000000125681  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2341  endonuclease IV  28.86 
 
 		 279 aa  96.3  6e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.257743  normal  0.0125203 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1641  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.13 
 
 		 273 aa  95.1  1e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0144045  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_334  hypothetical protein  29.56 
 
 		 250 aa  94.7  2e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.00000000000260704  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0997  xylose isomerase domain-containing protein  25.32 
 
 		 279 aa  94.7  2e-18  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.596977  normal  0.586532 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2883  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.51 
 
 		 276 aa  94.7  2e-18  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.384344  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0883  xylose isomerase domain-containing protein  29.66 
 
 		 291 aa  92.4  8e-18  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.32348  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0729  endonuclease IV  28.69 
 
 		 276 aa  91.3  2e-17  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.769664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1781  endonuclease IV  28.63 
 
 		 275 aa  89.4  8e-17  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    decreased coverage  0.0000000369589 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1689  xylose isomerase domain-containing protein  26.56 
 
 		 280 aa  88.6  1e-16  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  decreased coverage  0.000000547831  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1593  xylose isomerase domain-containing protein  26.32 
 
 		 276 aa  86.3  6e-16  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0510  xylose isomerase domain-containing protein  24.9 
 
 		 283 aa  80.5  0.00000000000003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0284468 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0637  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.83 
 
 		 334 aa  73.9  0.000000000004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1834  apurinic endonuclease Apn1  28.08 
 
 		 282 aa  50.4  0.00004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0300993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1326  endonuclease IV  30.33 
 
 		 328 aa  49.7  0.00006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1123  endonuclease IV  31.3 
 
 		 296 aa  48.9  0.0001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.212537  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1017  apurinic endonuclease Apn1  29.7 
 
 		 282 aa  46.2  0.0006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0383  apurinic endonuclease Apn1  29.45 
 
 		 289 aa  46.2  0.0006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.469557  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1735  endonuclease IV  27.4 
 
 		 296 aa  46.2  0.0007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.652839 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1744  apurinic endonuclease Apn1  33.01 
 
 		 282 aa  45.1  0.002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0098767  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1882  endonuclease IV  28.1 
 
 		 284 aa  43.9  0.003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0101436 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1668  endonuclease IV  25.97 
 
 		 297 aa  44.3  0.003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2282  endonuclease IV  28.67 
 
 		 280 aa  43.9  0.004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000448343  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0659  apurinic endonuclease Apn1  24.73 
 
 		 326 aa  43.9  0.004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1649  endonuclease IV  29.32 
 
 		 296 aa  42.7  0.007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.013206  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1615  endonuclease IV  29.32 
 
 		 296 aa  42.7  0.007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.264651  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0556  apurinic endonuclease Apn1  30.39 
 
 		 287 aa  42.7  0.007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00064756  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2406  endonuclease IV  28.78 
 
 		 298 aa  42.7  0.009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.794114  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1331  apurinic endonuclease Apn1  33.33 
 
 		 279 aa  42.4  0.009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00464999 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3293  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.29 
 
 		 262 aa  42.4  0.01  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>