More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0231 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0231  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  100 
 
 
318 aa  620  1e-176  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1633  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  91.19 
 
 
318 aa  571  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3428  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.06 
 
 
332 aa  421  1e-117  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.780713  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0612  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.25 
 
 
314 aa  263  2e-69  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5358  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  40 
 
 
315 aa  246  4e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.1 
 
 
315 aa  245  6.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
306 aa  240  2e-62  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3926  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.9 
 
 
313 aa  239  6.999999999999999e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.18831  normal  0.0133436 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.59 
 
 
313 aa  238  1e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.380096  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2003  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.74 
 
 
315 aa  237  2e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.872908 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.16 
 
 
333 aa  236  3e-61  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000322853  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5121  putative ABC transporter permease protein  42.56 
 
 
298 aa  231  1e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.31259  normal  0.407731 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1092  peptide ABC transporter, permease protein, putative  40 
 
 
314 aa  229  5e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2849  ABC transporter permease protein  38.39 
 
 
313 aa  229  6e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.585703  normal  0.643564 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4233  oligopeptide transport, system permease  39.35 
 
 
306 aa  228  9e-59  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4245  oligopeptide ABC transporter, permease  39.35 
 
 
306 aa  228  9e-59  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4610  oligopeptide ABC transporter, permease protein  39.35 
 
 
306 aa  228  1e-58  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1015  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.03 
 
 
324 aa  227  2e-58  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.781235  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4392  oligopeptide ABC transporter permease  39.35 
 
 
306 aa  226  3e-58  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4732  oligopeptide ABC transporter permease protein  39.35 
 
 
306 aa  226  3e-58  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.33 
 
 
313 aa  226  4e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.932563 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39 
 
 
314 aa  226  4e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5256  putative ABC transporter (permease protein)  39.87 
 
 
313 aa  225  6e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.173409  normal  0.132635 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5082  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.06 
 
 
314 aa  224  1e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0845824 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2404  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.22 
 
 
308 aa  224  1e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311261  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.7 
 
 
313 aa  223  3e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0709141  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1444  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.71 
 
 
314 aa  223  3e-57  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.935308  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.68 
 
 
313 aa  223  4e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0546452  normal  0.293815 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6650  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.42 
 
 
314 aa  222  7e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1184  dipeptide ABC transporter, permease protein  36.06 
 
 
333 aa  222  7e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0134333  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1224  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.67 
 
 
313 aa  222  7e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1197  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
313 aa  221  9e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.97 
 
 
313 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2679  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.33 
 
 
314 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0387434  normal  0.596801 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1931  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.97 
 
 
340 aa  218  7.999999999999999e-56  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.284622  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0980  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.7 
 
 
313 aa  217  2e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0910692  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4380  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
305 aa  217  2e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2789  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.7 
 
 
306 aa  216  4e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2266  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.67 
 
 
305 aa  216  5e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0437136  normal  0.510815 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.06 
 
 
334 aa  216  5e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.87 
 
 
313 aa  215  8e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2848  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.39 
 
 
314 aa  215  9e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.965219  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.41 
 
 
306 aa  214  9.999999999999999e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.579769  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2054  peptide ABC transporter permease  35.69 
 
 
336 aa  214  9.999999999999999e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0359637  normal  0.365039 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.83 
 
 
318 aa  214  9.999999999999999e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.823001  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2575  peptide ABC transporter, permease protein  39.02 
 
 
305 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4050  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.35 
 
 
337 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.208624  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0984  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.67 
 
 
313 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.422815  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.95 
 
 
336 aa  213  2.9999999999999995e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.532586  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3654  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.67 
 
 
304 aa  212  5.999999999999999e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.276261  n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4049  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.81 
 
 
313 aa  212  7e-54  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2209  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.16 
 
 
313 aa  212  7e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.459958  normal  0.0393248 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2625  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.29 
 
 
313 aa  211  1e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.079138  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3891  ABC di/oligopeptide transporter, inner membrane subunit  38.03 
 
 
317 aa  211  1e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0719  hypothetical protein  36.04 
 
 
316 aa  210  2e-53  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.870853 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4148  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.7 
 
 
317 aa  210  3e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.627017 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.85 
 
 
334 aa  209  4e-53  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000955673 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35 
 
 
334 aa  209  5e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.186843  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0959  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.75 
 
 
311 aa  209  7e-53  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0113  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.54 
 
 
320 aa  208  9e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0617346  normal  0.17443 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1505  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.85 
 
 
315 aa  207  2e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0708639  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0146  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.17 
 
 
318 aa  206  3e-52  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.472408  normal  0.510417 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.89 
 
 
313 aa  207  3e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.89 
 
 
313 aa  207  3e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0395  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36 
 
 
334 aa  207  3e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.45 
 
 
309 aa  206  4e-52  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000195869  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0717  putative dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter, permease protein  36.01 
 
 
337 aa  206  5e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.529173  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.05 
 
 
337 aa  206  5e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.298379  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.6 
 
 
313 aa  206  5e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.348462  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0113  nickel-transporting ATPase  35.05 
 
 
336 aa  205  6e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3039  nickel-transporting ATPase  36.25 
 
 
336 aa  205  6e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.408808 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.44 
 
 
335 aa  206  6e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2641  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.77 
 
 
332 aa  205  7e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2357  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.89 
 
 
336 aa  205  7e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0452163  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.79 
 
 
324 aa  205  7e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2798  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.35 
 
 
341 aa  205  7e-52  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0673833  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2913  nickel-transporting ATPase  35.47 
 
 
337 aa  205  9e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.81 
 
 
336 aa  205  9e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2955  alkaline phosphatase  36.5 
 
 
336 aa  204  1e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.81 
 
 
334 aa  204  1e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3786  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.58 
 
 
311 aa  204  2e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.166982  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3232  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  36.25 
 
 
335 aa  204  2e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.624237  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3970  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.25 
 
 
335 aa  204  2e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0224  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.3 
 
 
317 aa  203  3e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.843746  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1498  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.02 
 
 
308 aa  203  3e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.241637  normal  0.263961 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0183  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  34.97 
 
 
336 aa  203  3e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0066  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.36 
 
 
334 aa  203  3e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3862  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.58 
 
 
313 aa  203  3e-51  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00112579 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0163  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.83 
 
 
316 aa  203  3e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.585262  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6391  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, inner membrane subunit  35.89 
 
 
336 aa  203  4e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.314486  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3964  hypothetical protein  34.88 
 
 
335 aa  202  4e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.1929 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3774  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.45 
 
 
320 aa  202  4e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.542684  normal  0.67395 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
304 aa  202  5e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.029766 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3998  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.94 
 
 
321 aa  202  5e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.670185  normal  0.152146 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3753  Alkaline phosphatase  34.66 
 
 
336 aa  202  5e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.634321 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3436  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.77 
 
 
315 aa  202  5e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.24032  normal  0.535319 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0391  Nickel-transporting ATPase  34.69 
 
 
334 aa  202  7e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.941274  normal  0.201292 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0657  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.2 
 
 
313 aa  202  7e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.18227  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0812  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.56 
 
 
336 aa  202  8e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.153061  normal  0.318777 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.08 
 
 
313 aa  202  8e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000789572  normal  0.0157107 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>