More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1633 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_1633  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
318 aa  619  1e-176  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0231  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  91.19 
 
 
318 aa  558  1e-158  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3428  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.02 
 
 
332 aa  433  1e-120  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.780713  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0612  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.55 
 
 
314 aa  265  8.999999999999999e-70  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.72 
 
 
315 aa  242  7e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5358  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  38.96 
 
 
315 aa  238  1e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3926  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.81 
 
 
313 aa  237  2e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.18831  normal  0.0133436 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.06 
 
 
306 aa  237  2e-61  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.26 
 
 
313 aa  236  4e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.380096  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.35 
 
 
333 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000322853  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2003  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.71 
 
 
315 aa  233  3e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.872908 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5082  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
314 aa  230  3e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0845824 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.31 
 
 
313 aa  229  4e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.932563 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5121  putative ABC transporter permease protein  42.21 
 
 
298 aa  229  4e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.31259  normal  0.407731 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1015  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.42 
 
 
324 aa  229  6e-59  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.781235  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1092  peptide ABC transporter, permease protein, putative  39.29 
 
 
314 aa  228  8e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1197  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.98 
 
 
313 aa  227  2e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.69 
 
 
313 aa  227  2e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0709141  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2849  ABC transporter permease protein  37.82 
 
 
313 aa  226  5.0000000000000005e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.585703  normal  0.643564 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.29 
 
 
313 aa  225  9e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1224  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.33 
 
 
313 aa  224  1e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5256  putative ABC transporter (permease protein)  38.36 
 
 
313 aa  224  2e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.173409  normal  0.132635 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1444  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.96 
 
 
314 aa  223  4e-57  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.935308  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
314 aa  221  9.999999999999999e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6650  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.06 
 
 
314 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4233  oligopeptide transport, system permease  38.71 
 
 
306 aa  219  3.9999999999999997e-56  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4245  oligopeptide ABC transporter, permease  38.71 
 
 
306 aa  219  3.9999999999999997e-56  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2679  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.42 
 
 
314 aa  219  5e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0387434  normal  0.596801 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1931  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.61 
 
 
340 aa  218  7.999999999999999e-56  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.284622  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4392  oligopeptide ABC transporter permease  38.71 
 
 
306 aa  218  1e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
313 aa  218  1e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0546452  normal  0.293815 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4732  oligopeptide ABC transporter permease protein  38.71 
 
 
306 aa  218  1e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2848  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.68 
 
 
314 aa  217  2e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.965219  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4610  oligopeptide ABC transporter, permease protein  38.39 
 
 
306 aa  218  2e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0719  hypothetical protein  36.69 
 
 
316 aa  217  2e-55  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.870853 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2209  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.45 
 
 
313 aa  217  2e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.459958  normal  0.0393248 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4050  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.86 
 
 
337 aa  217  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.208624  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.67 
 
 
334 aa  216  2.9999999999999998e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2404  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.98 
 
 
308 aa  216  4e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311261  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2789  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.38 
 
 
306 aa  215  9.999999999999999e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4380  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.34 
 
 
305 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3654  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.35 
 
 
304 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.276261  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.06 
 
 
316 aa  213  3.9999999999999995e-54  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2625  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.9 
 
 
313 aa  212  4.9999999999999996e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.079138  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.56 
 
 
335 aa  212  7.999999999999999e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2266  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.02 
 
 
305 aa  211  1e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0437136  normal  0.510815 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1184  dipeptide ABC transporter, permease protein  35.15 
 
 
333 aa  211  1e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0134333  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2054  peptide ABC transporter permease  36.25 
 
 
336 aa  211  1e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0359637  normal  0.365039 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3774  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.59 
 
 
320 aa  211  1e-53  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.542684  normal  0.67395 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.62 
 
 
306 aa  210  2e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.579769  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0980  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.05 
 
 
313 aa  211  2e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0910692  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.29 
 
 
318 aa  210  2e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.823001  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2575  peptide ABC transporter, permease protein  38.36 
 
 
305 aa  210  3e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3402  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.74 
 
 
322 aa  209  3e-53  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.414511 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0959  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.74 
 
 
311 aa  210  3e-53  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.42 
 
 
334 aa  210  3e-53  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3392  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.74 
 
 
322 aa  209  3e-53  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3728  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.98 
 
 
319 aa  209  3e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3454  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.74 
 
 
322 aa  209  3e-53  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0476049  normal  0.20897 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0984  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.67 
 
 
313 aa  209  5e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.422815  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0224  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.94 
 
 
317 aa  208  8e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.843746  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.86 
 
 
336 aa  208  1e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.532586  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0391  Nickel-transporting ATPase  35.95 
 
 
334 aa  207  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.941274  normal  0.201292 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
334 aa  207  2e-52  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000955673 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0146  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.54 
 
 
318 aa  207  3e-52  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.472408  normal  0.510417 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.95 
 
 
337 aa  206  3e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.298379  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4385  oligopeptide ABC transporter, permease protein  35.81 
 
 
316 aa  206  4e-52  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  1.02052e-22 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1583  alkaline phosphatase  33.84 
 
 
335 aa  206  4e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.354079  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.31 
 
 
313 aa  206  4e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0066  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.24 
 
 
334 aa  206  4e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0717  putative dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter, permease protein  35.52 
 
 
337 aa  206  6e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.529173  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0423  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.65 
 
 
334 aa  206  6e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0103751  normal  0.0395583 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2798  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
341 aa  205  7e-52  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0673833  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.48 
 
 
313 aa  205  7e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.348462  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3891  ABC di/oligopeptide transporter, inner membrane subunit  37.82 
 
 
317 aa  205  8e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0946  oligopeptide ABC transporter, permease protein  35.48 
 
 
316 aa  204  1e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.170303  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2408  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.19 
 
 
316 aa  204  1e-51  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.02 
 
 
324 aa  204  1e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2641  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.69 
 
 
332 aa  204  1e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.1 
 
 
309 aa  204  1e-51  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000195869  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
304 aa  204  1e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.029766 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0350  nickel ABC transporter, permease subunit NikB  37.38 
 
 
310 aa  204  2e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3232  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  35.65 
 
 
335 aa  204  2e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.624237  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4148  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
317 aa  204  2e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.627017 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0113  nickel-transporting ATPase  35.35 
 
 
336 aa  204  2e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0657  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.54 
 
 
313 aa  204  2e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.18227  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3970  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.65 
 
 
335 aa  204  2e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3964  hypothetical protein  34.74 
 
 
335 aa  204  2e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.1929 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.7 
 
 
313 aa  204  2e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3823  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.77 
 
 
305 aa  204  2e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.99301  normal  0.480947 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3862  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.1 
 
 
313 aa  202  6e-51  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00112579 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4049  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.08 
 
 
313 aa  202  7e-51  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0812  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.17 
 
 
336 aa  202  8e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.153061  normal  0.318777 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0131  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.97 
 
 
316 aa  201  9.999999999999999e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0880861  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0113  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.83 
 
 
320 aa  201  9.999999999999999e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0617346  normal  0.17443 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3039  nickel-transporting ATPase  35.95 
 
 
336 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.408808 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6075  nickel transporter permease NikB  37.7 
 
 
319 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1530  dipeptide ABC transporter, permease protein  33.84 
 
 
335 aa  201  1.9999999999999998e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.755182  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3675  oligopeptide ABC transporter, permease  35.39 
 
 
316 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0490538 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1217  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.08 
 
 
317 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0790804 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>