42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3869 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_3869  hypothetical protein  100 
 
 		 266 aa  534  1e-151  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.064259 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1841  cytochrome c family protein  95.11 
 
 		 266 aa  476  1e-133  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.858581  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1419  cytochrome c  89.85 
 
 		 266 aa  456  1e-127  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.768311  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1450  cytochrome c  81.38 
 
 		 266 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.901546 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1738  cytochrome c, class I  64.53 
 
 		 275 aa  363  1e-99  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2593  hypothetical protein  66.02 
 
 		 269 aa  350  8.999999999999999e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.572119  normal  0.592044 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2862  cytochrome c, class I  63.4 
 
 		 268 aa  332  3e-90  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0699705 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42120  hypothetical protein  62.88 
 
 		 273 aa  325  6e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3572  hypothetical protein  62.6 
 
 		 272 aa  322  5e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23840  Cytochrome c, class I  64.41 
 
 		 268 aa  314  8e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4489  cytochrome c class I  47.65 
 
 		 280 aa  237  1e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.519402 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1946  cytochrome c, class I  47.37 
 
 		 277 aa  229  4e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166629  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3154  signal peptide protein  49.4 
 
 		 278 aa  228  7e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.430229 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3509  cytochrome c, class I  45.66 
 
 		 278 aa  227  2e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3992  cytochrome c class I  46.52 
 
 		 278 aa  225  5.0000000000000005e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.08341  normal  0.223364 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3425  cytochrome c class I  46.44 
 
 		 278 aa  224  9e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4268  cytochrome c, class I  46.07 
 
 		 278 aa  222  6e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4098  cytochrome c, class I  46.07 
 
 		 278 aa  222  6e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.982454  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4008  hypothetical protein  44.84 
 
 		 286 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.368265  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3894  hypothetical protein  44.84 
 
 		 286 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.463258 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4362  cytochrome c, class I  45.67 
 
 		 295 aa  199  5e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4636  putative cytochrome c  40.7 
 
 		 290 aa  181  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.305969  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1608  cytochrome c, class I  28.76 
 
 		 295 aa  83.2  0.000000000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0727781  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1587  hypothetical protein  24.14 
 
 		 291 aa  56.6  0.0000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1775  cytochrome c family protein  28.72 
 
 		 272 aa  56.2  0.0000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.579886  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1406  hypothetical protein  24.63 
 
 		 291 aa  54.7  0.000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3336  cytochrome c class I  34.94 
 
 		 117 aa  52.4  0.000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0198059  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3334  cytochrome c family protein, putative  35.19 
 
 		 104 aa  48.9  0.00009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.115462  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0910  cytochrome c class I  33.73 
 
 		 117 aa  48.5  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.58157e-33 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4872  cytochrome c oxidase subunit II  38.46 
 
 		 382 aa  47  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.780427  normal  0.052805 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3795  cytochrome c oxidase subunit II  38.46 
 
 		 382 aa  47  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1295  cytochrome c class I  27.27 
 
 		 276 aa  45.8  0.0007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.669902 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1564  cytochrome C oxidase polypeptide II  40.66 
 
 		 384 aa  45.8  0.0008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5130  cytochrome c oxidase subunit II  33.91 
 
 		 384 aa  45.1  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2730  cytochrome c550, putative  34.07 
 
 		 148 aa  44.7  0.002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0787829  normal  0.668449 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3540  cytochrome c oxidase, subunit II  35.79 
 
 		 311 aa  43.9  0.002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1678  cytochrome c class I  25.95 
 
 		 289 aa  43.9  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.250223 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0773  cytochrome c, class I  26 
 
 		 309 aa  43.5  0.004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.206884  normal  0.196899 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0644  cytochrome c, class I  30.77 
 
 		 474 aa  43.5  0.004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.865539  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1447  cytochrome c class I  27.54 
 
 		 284 aa  43.5  0.004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0356963  normal  0.171198 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3251  cytochrome c class I  27.27 
 
 		 277 aa  42.4  0.008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0775555 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2076  cytochrome c class I  27.97 
 
 		 261 aa  42.4  0.009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>