47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1419 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1419  cytochrome c  100 
 
 		 266 aa  535  1e-151  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.768311  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1841  cytochrome c family protein  91.73 
 
 		 266 aa  465  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.858581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3869  hypothetical protein  89.85 
 
 		 266 aa  456  1e-127  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.064259 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1450  cytochrome c  83.81 
 
 		 266 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.901546 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1738  cytochrome c, class I  65.66 
 
 		 275 aa  377  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2593  hypothetical protein  67.56 
 
 		 269 aa  363  2e-99  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.572119  normal  0.592044 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2862  cytochrome c, class I  64.15 
 
 		 268 aa  342  4e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0699705 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42120  hypothetical protein  65.53 
 
 		 273 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3572  hypothetical protein  65.27 
 
 		 272 aa  332  3e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23840  Cytochrome c, class I  65.13 
 
 		 268 aa  319  3e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3154  signal peptide protein  49 
 
 		 278 aa  230  2e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.430229 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1946  cytochrome c, class I  46.99 
 
 		 277 aa  229  3e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166629  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3425  cytochrome c class I  46.44 
 
 		 278 aa  227  2e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4489  cytochrome c class I  45.85 
 
 		 280 aa  226  3e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.519402 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4098  cytochrome c, class I  46.07 
 
 		 278 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.982454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4268  cytochrome c, class I  46.07 
 
 		 278 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3509  cytochrome c, class I  46.44 
 
 		 278 aa  223  2e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3992  cytochrome c class I  46.64 
 
 		 278 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.08341  normal  0.223364 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4362  cytochrome c, class I  44.09 
 
 		 295 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4008  hypothetical protein  43.87 
 
 		 286 aa  194  1e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.368265  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3894  hypothetical protein  43.87 
 
 		 286 aa  194  1e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.463258 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4636  putative cytochrome c  41.31 
 
 		 290 aa  186  5e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.305969  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1608  cytochrome c, class I  29.09 
 
 		 295 aa  85.5  8e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0727781  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1587  hypothetical protein  24.42 
 
 		 291 aa  68.6  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1406  hypothetical protein  24.81 
 
 		 291 aa  67  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5130  cytochrome c oxidase subunit II  37.39 
 
 		 384 aa  50.8  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3795  cytochrome c oxidase subunit II  37.76 
 
 		 382 aa  48.9  0.00009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4872  cytochrome c oxidase subunit II  37.76 
 
 		 382 aa  48.9  0.00009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.780427  normal  0.052805 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3336  cytochrome c class I  32.53 
 
 		 117 aa  48.9  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0198059  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1775  cytochrome c family protein  26.11 
 
 		 272 aa  48.1  0.0002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.579886  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0644  cytochrome c, class I  33.33 
 
 		 474 aa  45.8  0.0007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.865539  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1564  cytochrome C oxidase polypeptide II  36.84 
 
 		 384 aa  45.8  0.0007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3540  cytochrome c oxidase, subunit II  35.79 
 
 		 311 aa  45.8  0.0007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0773  cytochrome c, class I  26.2 
 
 		 309 aa  45.8  0.0008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.206884  normal  0.196899 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0910  cytochrome c class I  31.33 
 
 		 117 aa  45.1  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.58157e-33 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3334  cytochrome c family protein, putative  37.8 
 
 		 104 aa  44.3  0.002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.115462  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1845  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.89 
 
 		 349 aa  43.9  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1295  cytochrome c class I  26.28 
 
 		 276 aa  43.1  0.004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.669902 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0824  cytochrome c class I  39.66 
 
 		 296 aa  43.1  0.005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000780419  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0726  cytochrome c oxidase, subunit II  34.29 
 
 		 388 aa  43.1  0.005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.631169  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0760  cytochrome c, class I  27.78 
 
 		 101 aa  42.7  0.006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.957716  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10680  cytochrome c, mono- and diheme variants family  32.94 
 
 		 275 aa  42.7  0.007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0523281  normal  0.768267 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1827  cytochrome c class I  29.59 
 
 		 280 aa  42.4  0.008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0656  cytochrome c, class I  32.1 
 
 		 283 aa  42.4  0.009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.93712 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1479  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  23.48 
 
 		 287 aa  42  0.01  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0709  cytochrome c oxidase subunit II  32.63 
 
 		 355 aa  42  0.01  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.669005  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1660  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  23.48 
 
 		 287 aa  42  0.01  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0290388  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>