90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3336 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_3336  cytochrome c class I  100 
 
 		 117 aa  238  2e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0198059  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0910  cytochrome c class I  86.32 
 
 		 117 aa  184  3e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.58157e-33 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3334  cytochrome c family protein, putative  42.35 
 
 		 104 aa  80.5  0.000000000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.115462  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1229  cytochrome c class I  39.24 
 
 		 98 aa  70.9  0.000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2759  cytochrome c class I  39.34 
 
 		 253 aa  60.1  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4760  cytochrome c oxidase subunit II  33.7 
 
 		 327 aa  53.9  0.0000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.723293  normal  0.0836993 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2850  cytochrome c class I  33.7 
 
 		 312 aa  53.9  0.0000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0243  hypothetical protein  32.14 
 
 		 409 aa  53.1  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3869  hypothetical protein  35 
 
 		 266 aa  52  0.000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.064259 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3540  cytochrome c oxidase, subunit II  35.23 
 
 		 311 aa  52  0.000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3425  cytochrome c class I  36.05 
 
 		 278 aa  50.8  0.000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4098  cytochrome c, class I  36.05 
 
 		 278 aa  50.8  0.000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.982454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4268  cytochrome c, class I  36.05 
 
 		 278 aa  50.8  0.000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1946  cytochrome c, class I  36.05 
 
 		 277 aa  50.8  0.000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166629  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3480  cytochrome c, class I  31.63 
 
 		 154 aa  50.4  0.000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.453541  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3992  cytochrome c class I  34.88 
 
 		 278 aa  49.7  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.08341  normal  0.223364 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3509  cytochrome c, class I  34.88 
 
 		 278 aa  49.7  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1841  cytochrome c family protein  33.75 
 
 		 266 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.858581  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2573  hypothetical protein  28.43 
 
 		 593 aa  48.9  0.00002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.122591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1419  cytochrome c  32.5 
 
 		 266 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.768311  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1460  hypothetical protein  36.49 
 
 		 428 aa  48.1  0.00004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1555  hypothetical protein  36.49 
 
 		 428 aa  48.1  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2792  cytochrome c oxidase, subunit II  33.65 
 
 		 330 aa  48.1  0.00004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.625738  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3959  cytochrome c oxidase, subunit II  26.21 
 
 		 349 aa  47.8  0.00005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3687  cytochrome c oxidase, subunit II  26.21 
 
 		 349 aa  47.8  0.00005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3704  cytochrome c oxidase, subunit II  26.21 
 
 		 349 aa  47.8  0.00005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.136015  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3991  cytochrome c oxidase, subunit II  26.21 
 
 		 349 aa  47.8  0.00005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1193  cytochrome c oxidase, subunit II  26.21 
 
 		 349 aa  47.8  0.00005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4046  cytochrome c oxidase, subunit II  26.21 
 
 		 349 aa  47.8  0.00005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4062  cytochrome c oxidase, subunit II  26.21 
 
 		 349 aa  47.8  0.00005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3856  cytochrome c oxidase subunit II  26.21 
 
 		 349 aa  47.8  0.00006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.15254  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2403  hypothetical protein  31.25 
 
 		 428 aa  47.4  0.00006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.102339  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4154  cytochrome c oxidase subunit II  26.21 
 
 		 349 aa  47.8  0.00006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1450  cytochrome c  33.75 
 
 		 266 aa  47.4  0.00007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.901546 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2646  cytochrome c oxidase subunit II  26.21 
 
 		 349 aa  47.4  0.00007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0991495  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2213  cytochrome c, mono- and diheme variant  24.62 
 
 		 435 aa  47  0.00009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4489  cytochrome c class I  34.94 
 
 		 280 aa  47  0.00009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.519402 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2002  electron transport protein SCO1/SenC  41.82 
 
 		 363 aa  47  0.00009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0822  nitric oxide reductase, cytochrome c-containing subunit  24.11 
 
 		 277 aa  46.6  0.0001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.198002  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2122  cytochrome c, class I  30.43 
 
 		 312 aa  46.6  0.0001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.959895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1236  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome c1 subunit  28.57 
 
 		 367 aa  46.6  0.0001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2513  cytochrome c family protein  30.88 
 
 		 146 aa  46.6  0.0001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.42595  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1723  heme-binding protein  43.9 
 
 		 1077 aa  45.4  0.0002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.789867  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1019  hypothetical protein  31.4 
 
 		 296 aa  45.1  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.166316 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1972  heme-binding protein  42.5 
 
 		 1110 aa  45.1  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0433  hypothetical protein  34.25 
 
 		 229 aa  45.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3676  cytochrome c, class I  37.84 
 
 		 123 aa  45.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.848793  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6572  cytochrome c, monohaem  31.4 
 
 		 352 aa  45.1  0.0004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.381109  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0340  cytochrome d1 heme region  30.86 
 
 		 557 aa  44.7  0.0004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000596399  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0697  putative cytochrome C  31.94 
 
 		 97 aa  44.7  0.0004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4298  electron transport protein SCO1/SenC  30.85 
 
 		 356 aa  44.3  0.0006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.576554  normal  0.116198 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6286  cytochrome c oxidase, subunit II  31.4 
 
 		 352 aa  43.9  0.0007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.257472  normal  0.0263748 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5487  membrane-bound dehydrogenase domain protein  42.86 
 
 		 1023 aa  43.9  0.0008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.181879 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1810  cytochrome c class I  31.82 
 
 		 294 aa  43.5  0.0009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.780394  normal  0.101949 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0945  cytochrome oxidase subunit II  32.97 
 
 		 372 aa  43.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.891376  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5926  Cytochrome b subunit of the bc complex-like protein  34.72 
 
 		 244 aa  43.5  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3770  cytochrome c oxidase subunit II  24.27 
 
 		 349 aa  42.7  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1855  cytochrome c oxidase, subunit II  28.42 
 
 		 356 aa  43.1  0.001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3707  membrane-bound dehydrogenase domain protein  43.48 
 
 		 968 aa  43.5  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2730  cytochrome c550, putative  28.57 
 
 		 148 aa  43.5  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0787829  normal  0.668449 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12130  cytochrome c, mono- and diheme variants family  38.16 
 
 		 256 aa  43.5  0.001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.298886  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0783  cytochrome c oxidase, subunit II  32.97 
 
 		 372 aa  43.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3671  monoheme cytochrome SoxX (sulfur oxidation)  28.7 
 
 		 135 aa  43.5  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176373  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3271  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  39.13 
 
 		 249 aa  42.4  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.515672  normal  0.254671 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0628  cytochrome c oxidase, subunit II  27.59 
 
 		 351 aa  42.7  0.002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.197881 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0771  cytochrome c oxidase, subunit II  32.97 
 
 		 381 aa  42.7  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0315373  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6146  cytochrome c oxidase, subunit II  30.34 
 
 		 353 aa  42.4  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.870856  normal  0.304247 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1775  cytochrome c family protein  34.29 
 
 		 272 aa  42.7  0.002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.579886  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2593  hypothetical protein  29.89 
 
 		 269 aa  42  0.003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.572119  normal  0.592044 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2266  cytochrome c, monohaem  28.4 
 
 		 336 aa  42  0.003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.380948  normal  0.0167103 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1767  cytochrome c oxidase, subunit II  34.83 
 
 		 352 aa  42  0.003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.204958  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0709  cytochrome c oxidase subunit II  25 
 
 		 355 aa  42  0.003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.669005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2666  electron transport protein SCO1/SenC  32.47 
 
 		 327 aa  41.6  0.003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.239586  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1903  hypothetical protein  34.23 
 
 		 110 aa  42  0.003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.172183  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1292  cytochrome c oxidase, subunit II  30.34 
 
 		 354 aa  42  0.003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.493898  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3648  hypothetical protein  29.25 
 
 		 285 aa  41.6  0.004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.923752  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0434  hypothetical protein  31.33 
 
 		 227 aa  41.2  0.004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5485  cytochrome c class I  29.89 
 
 		 561 aa  41.6  0.004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.233629 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5231  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  36.96 
 
 		 247 aa  41.2  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.380966  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2112  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  36.96 
 
 		 247 aa  41.2  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2533  electron transport protein SCO1/SenC  33.77 
 
 		 327 aa  41.6  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6539  cytochrome c, monohaem  30.34 
 
 		 434 aa  41.2  0.005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.537411  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1088  cytochrome c, class I  28.89 
 
 		 143 aa  41.2  0.005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000582284  hitchhiker  0.0000137635 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3183  electron transport protein SCO1/SenC  33.77 
 
 		 327 aa  40.8  0.006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.106344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1469  putative nitric-oxide reductase subunit C  26.89 
 
 		 144 aa  40.8  0.006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0490072 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0983  cytochrome c oxidase, subunit II  26.32 
 
 		 356 aa  40.4  0.007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2544  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  33.33 
 
 		 242 aa  40.4  0.008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.775283  normal  0.821949 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3572  hypothetical protein  30.95 
 
 		 272 aa  40.4  0.009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0811  sulfur oxidation protein SoxX  34.25 
 
 		 115 aa  40  0.01  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000641747  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1661  cytochrome C  28.87 
 
 		 115 aa  40  0.01  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>