44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2593 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2593  hypothetical protein  100 
 
 		 269 aa  549  1e-155  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.572119  normal  0.592044 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42120  hypothetical protein  68.48 
 
 		 273 aa  367  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3572  hypothetical protein  65.88 
 
 		 272 aa  359  3e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1419  cytochrome c  69.51 
 
 		 266 aa  356  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.768311  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1450  cytochrome c  69.92 
 
 		 266 aa  353  1e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.901546 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1841  cytochrome c family protein  68.72 
 
 		 266 aa  348  4e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.858581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3869  hypothetical protein  67.9 
 
 		 266 aa  343  2e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.064259 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1738  cytochrome c, class I  63.49 
 
 		 275 aa  343  2e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23840  Cytochrome c, class I  66.52 
 
 		 268 aa  335  5e-91  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2862  cytochrome c, class I  62.98 
 
 		 268 aa  326  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0699705 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1946  cytochrome c, class I  46.97 
 
 		 277 aa  224  1e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166629  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3509  cytochrome c, class I  48.3 
 
 		 278 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3154  signal peptide protein  46.67 
 
 		 278 aa  220  1.9999999999999999e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.430229 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3992  cytochrome c class I  48.67 
 
 		 278 aa  217  1e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.08341  normal  0.223364 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3425  cytochrome c class I  46.42 
 
 		 278 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4268  cytochrome c, class I  46.04 
 
 		 278 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4098  cytochrome c, class I  46.04 
 
 		 278 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.982454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4489  cytochrome c class I  45.32 
 
 		 280 aa  211  1e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.519402 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4362  cytochrome c, class I  44.22 
 
 		 295 aa  193  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4008  hypothetical protein  40.49 
 
 		 286 aa  179  4.999999999999999e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.368265  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3894  hypothetical protein  40.49 
 
 		 286 aa  179  4.999999999999999e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.463258 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4636  putative cytochrome c  39.52 
 
 		 290 aa  168  9e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.305969  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1608  cytochrome c, class I  28.31 
 
 		 295 aa  98.6  1e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0727781  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1587  hypothetical protein  22.01 
 
 		 291 aa  61.2  0.00000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1406  hypothetical protein  22.78 
 
 		 291 aa  60.5  0.00000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1775  cytochrome c family protein  28 
 
 		 272 aa  55.5  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.579886  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0760  cytochrome c, class I  28.92 
 
 		 101 aa  50.1  0.00004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.957716  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1827  cytochrome c class I  29.29 
 
 		 280 aa  47.8  0.0002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0910  cytochrome c class I  33.33 
 
 		 117 aa  45.8  0.0007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.58157e-33 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3107  cytochrome c, class I  27.78 
 
 		 305 aa  45.1  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.510771  normal  0.352992 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3866  cytochrome c class I  29.59 
 
 		 388 aa  45.1  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0957  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.9 
 
 		 723 aa  44.7  0.002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.12457  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0822  nitric oxide reductase, cytochrome c-containing subunit  30.43 
 
 		 277 aa  43.9  0.003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.198002  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0450  cytochrome c class I  27.62 
 
 		 149 aa  43.1  0.005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3795  cytochrome c oxidase subunit II  34.34 
 
 		 382 aa  43.1  0.005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1387  cytochrome c, class I  30.26 
 
 		 133 aa  43.1  0.005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4872  cytochrome c oxidase subunit II  34.34 
 
 		 382 aa  43.1  0.005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.780427  normal  0.052805 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1402  hypothetical protein  33.07 
 
 		 170 aa  43.1  0.005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.781476  normal  0.402158 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5130  cytochrome c oxidase subunit II  31.65 
 
 		 384 aa  42.7  0.006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3334  cytochrome c family protein, putative  34.15 
 
 		 104 aa  42.7  0.006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.115462  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1021  ubiquinol-cytochrome c reductase cytochrome c subunit  28.57 
 
 		 307 aa  42.7  0.007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.121328  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0855  lysyl-tRNA synthetase  38.03 
 
 		 504 aa  42.4  0.008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3336  cytochrome c class I  29.76 
 
 		 117 aa  42  0.01  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0198059  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0773  cytochrome c, class I  24.88 
 
 		 309 aa  42  0.01  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.206884  normal  0.196899 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>