47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3509 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_3509  cytochrome c, class I  100 
 
 		 278 aa  555  1e-157  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3992  cytochrome c class I  97.84 
 
 		 278 aa  540  1e-153  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.08341  normal  0.223364 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3425  cytochrome c class I  90.65 
 
 		 278 aa  509  1e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4098  cytochrome c, class I  89.93 
 
 		 278 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.982454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4268  cytochrome c, class I  89.93 
 
 		 278 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1946  cytochrome c, class I  88.49 
 
 		 277 aa  495  1e-139  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166629  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4489  cytochrome c class I  82.73 
 
 		 280 aa  461  1e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.519402 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3154  signal peptide protein  62.95 
 
 		 278 aa  362  3e-99  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.430229 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1450  cytochrome c  50.6 
 
 		 266 aa  238  1e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.901546 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1841  cytochrome c family protein  48.19 
 
 		 266 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.858581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3869  hypothetical protein  47.79 
 
 		 266 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.064259 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42120  hypothetical protein  47.43 
 
 		 273 aa  223  4e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2593  hypothetical protein  48.3 
 
 		 269 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.572119  normal  0.592044 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1419  cytochrome c  46.99 
 
 		 266 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.768311  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3572  hypothetical protein  46.86 
 
 		 272 aa  219  3e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1738  cytochrome c, class I  44.4 
 
 		 275 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2862  cytochrome c, class I  43.61 
 
 		 268 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0699705 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23840  Cytochrome c, class I  48.55 
 
 		 268 aa  199  3.9999999999999996e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4362  cytochrome c, class I  40.4 
 
 		 295 aa  169  4e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3894  hypothetical protein  37.7 
 
 		 286 aa  167  2e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.463258 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4008  hypothetical protein  37.7 
 
 		 286 aa  167  2e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.368265  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4636  putative cytochrome c  37.05 
 
 		 290 aa  153  4e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.305969  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1608  cytochrome c, class I  31.49 
 
 		 295 aa  72  0.000000000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0727781  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1587  hypothetical protein  25.6 
 
 		 291 aa  65.1  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1406  hypothetical protein  24.64 
 
 		 291 aa  56.2  0.0000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1775  cytochrome c family protein  30.99 
 
 		 272 aa  55.1  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.579886  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3540  cytochrome c oxidase, subunit II  39.36 
 
 		 311 aa  54.3  0.000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3336  cytochrome c class I  34.52 
 
 		 117 aa  49.7  0.00006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0198059  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1045  cytochrome c class I  39.08 
 
 		 98 aa  48.5  0.0001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0011  cytochrome c class I  30.71 
 
 		 132 aa  48.5  0.0001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0553485  normal  0.905582 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0910  cytochrome c class I  34.12 
 
 		 117 aa  48.9  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.58157e-33 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01315  Cytochrome c3  34 
 
 		 427 aa  47.4  0.0002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1455  cytochrome c class I  29.52 
 
 		 278 aa  47  0.0003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000371587  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1903  cytochrome c oxidase, subunit II  36.56 
 
 		 344 aa  46.6  0.0004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1387  cytochrome c, class I  31.07 
 
 		 133 aa  45.8  0.0008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0628  cytochrome c oxidase, subunit II  34.74 
 
 		 351 aa  45.8  0.0008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.197881 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4760  cytochrome c oxidase subunit II  32.76 
 
 		 327 aa  45.4  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.723293  normal  0.0836993 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1808  cytochrome c, class I  29.41 
 
 		 176 aa  45.4  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.115108 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1709  cytochrome c class I  36.17 
 
 		 129 aa  44.3  0.002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0709  cytochrome c oxidase subunit II  31.62 
 
 		 355 aa  44.7  0.002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.669005  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5206  cytochrome c class I  26.83 
 
 		 145 aa  43.9  0.003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3334  cytochrome c family protein, putative  36.05 
 
 		 104 aa  43.5  0.004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.115462  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6090  cytochrome c class I  29.31 
 
 		 446 aa  43.1  0.005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0560  sulfite oxidase cytochrome subunit  23.9 
 
 		 209 aa  42.7  0.006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.876942 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1827  cytochrome c class I  25.64 
 
 		 280 aa  42.7  0.007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1163  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  33.33 
 
 		 448 aa  42.4  0.009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0656  cytochrome c, class I  35.96 
 
 		 283 aa  42.4  0.009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.93712 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>