More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2016 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_2016  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  100 
 
 
411 aa  828    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3747  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  97.81 
 
 
411 aa  793    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.673936  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2217  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  77.23 
 
 
410 aa  642    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000566124  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2304  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  81.68 
 
 
405 aa  680    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.588155  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2157  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  94.16 
 
 
411 aa  786    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.123421 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0201  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  81.93 
 
 
405 aa  673    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.347897 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2200  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  89.54 
 
 
411 aa  754    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.277292  normal  0.555972 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43310  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  79.01 
 
 
405 aa  637    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3333  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  72.2 
 
 
410 aa  624  1e-178  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0308305  hitchhiker  0.000758619 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5641  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  74.57 
 
 
423 aa  625  1e-178  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.636346 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2221  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  73.54 
 
 
413 aa  625  1e-178  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00873367 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02846  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  72.73 
 
 
407 aa  617  1e-175  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.488957  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0719  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  72.73 
 
 
407 aa  617  1e-175  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0723  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  72.73 
 
 
407 aa  617  1e-175  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02796  hypothetical protein  72.73 
 
 
407 aa  617  1e-175  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.419463  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3150  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  72.73 
 
 
407 aa  617  1e-175  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3437  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  72.48 
 
 
407 aa  614  9.999999999999999e-175  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3255  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  72.24 
 
 
407 aa  613  9.999999999999999e-175  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4940  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  73.76 
 
 
406 aa  610  1e-173  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0533756 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6394  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  71.32 
 
 
409 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5493  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  73.02 
 
 
406 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.590714  hitchhiker  0.000600534 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0031  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  73.76 
 
 
406 aa  595  1e-169  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2689  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  64.81 
 
 
419 aa  551  1e-156  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.430249  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70670  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  72.03 
 
 
408 aa  551  1e-156  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6130  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  72.03 
 
 
408 aa  552  1e-156  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0175  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  56.69 
 
 
449 aa  484  1e-135  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2929  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  57.21 
 
 
423 aa  477  1e-133  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2668  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  57.63 
 
 
415 aa  471  1e-132  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.58229  normal  0.314318 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2498  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  56.66 
 
 
414 aa  471  1e-132  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.813169 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2904  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  56.35 
 
 
418 aa  472  1e-132  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2793  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  56.83 
 
 
417 aa  470  1.0000000000000001e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3980  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  58.19 
 
 
408 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2039  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  58.27 
 
 
402 aa  469  1.0000000000000001e-131  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0718  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  57.95 
 
 
408 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1499  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  60.94 
 
 
402 aa  465  9.999999999999999e-131  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0363291  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2516  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  57.11 
 
 
408 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0531711  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3313  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  59.56 
 
 
411 aa  463  1e-129  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00834843 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1887  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  59.95 
 
 
403 aa  464  1e-129  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0156765 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1639  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  59.71 
 
 
413 aa  461  1e-129  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.602692  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1652  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  58.91 
 
 
402 aa  461  9.999999999999999e-129  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0911371 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0125  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  56.59 
 
 
415 aa  460  9.999999999999999e-129  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0581331  normal  0.40576 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0244  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  59.09 
 
 
419 aa  457  1e-127  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1783  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  54.52 
 
 
426 aa  451  1.0000000000000001e-126  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2412  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  57.25 
 
 
408 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3332  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  57.25 
 
 
408 aa  451  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3345  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  57.25 
 
 
408 aa  451  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1190  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  57.25 
 
 
408 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0188  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  56.93 
 
 
410 aa  454  1.0000000000000001e-126  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2599  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  57.25 
 
 
408 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0329  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  57.25 
 
 
408 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3302  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  57.96 
 
 
402 aa  452  1.0000000000000001e-126  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.600114  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3298  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  57 
 
 
408 aa  449  1e-125  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0648  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  57.28 
 
 
408 aa  449  1e-125  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3311  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  57.63 
 
 
412 aa  448  1e-125  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.530471  normal  0.154046 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0841  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  55.97 
 
 
405 aa  449  1e-125  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.936764  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3818  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  57.11 
 
 
408 aa  449  1e-125  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.220496  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0700  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  57.35 
 
 
408 aa  449  1e-125  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.66224  normal  0.217248 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0248  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  57.35 
 
 
408 aa  449  1e-125  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0932552  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0622  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  57.04 
 
 
408 aa  449  1e-125  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0494165  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0732  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  57.35 
 
 
408 aa  449  1e-125  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.368247  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1289  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  56.27 
 
 
408 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0224  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  57.82 
 
 
410 aa  443  1e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2654  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  56.54 
 
 
408 aa  441  1e-123  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0782897 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0186  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  57.04 
 
 
412 aa  439  9.999999999999999e-123  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.183936  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0168  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  56.8 
 
 
412 aa  438  9.999999999999999e-123  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.520354  normal  0.880199 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0044  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  57.84 
 
 
410 aa  431  1e-120  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.756512 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0306  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  56.25 
 
 
416 aa  432  1e-120  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3640  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  54.48 
 
 
413 aa  425  1e-118  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0773057  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3258  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  54.01 
 
 
424 aa  424  1e-117  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.878957 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0481  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  53.41 
 
 
422 aa  424  1e-117  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1172  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  54.76 
 
 
418 aa  419  1e-116  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.416394 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0961  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  54.26 
 
 
411 aa  421  1e-116  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.119051  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1360  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  54.39 
 
 
416 aa  419  1e-116  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1896  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  56.08 
 
 
404 aa  420  1e-116  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.138211 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1663  glycolate oxidase, iron-sulfur subunit  54.39 
 
 
416 aa  417  9.999999999999999e-116  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.44007  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0223  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  54.79 
 
 
401 aa  412  1e-114  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.109155  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7456  hypothetical protein  75.51 
 
 
261 aa  379  1e-104  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0412051  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1500  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  49.74 
 
 
409 aa  381  1e-104  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.899863 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1894  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  48.34 
 
 
421 aa  372  1e-102  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3012  hypothetical protein  44.73 
 
 
435 aa  352  8.999999999999999e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.863272  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0182  glycolate oxidase, iron-sulfur subunit  44.03 
 
 
433 aa  342  5.999999999999999e-93  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2579  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  45.93 
 
 
437 aa  342  7e-93  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.362833 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3202  protein of unknown function DUF224, cysteine-rich region  45.48 
 
 
438 aa  342  7e-93  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0361  protein of unknown function DUF224, cysteine-rich region  43.56 
 
 
443 aa  337  1.9999999999999998e-91  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0497  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  45.41 
 
 
436 aa  336  3.9999999999999995e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.352819 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4650  hypothetical protein  45.21 
 
 
446 aa  335  7e-91  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.131127 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1829  hypothetical protein  43.38 
 
 
437 aa  335  7e-91  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.751801  normal  0.279512 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0396  hypothetical protein  44.39 
 
 
430 aa  334  2e-90  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.165591  normal  0.189703 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5789  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  45.41 
 
 
431 aa  333  3e-90  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1868  hypothetical protein  43.95 
 
 
439 aa  333  5e-90  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.18373  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0452  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  45.79 
 
 
436 aa  332  7.000000000000001e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4135  protein of unknown function DUF224, cysteine-rich region  43.45 
 
 
437 aa  332  9e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.335861 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2540  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  42.86 
 
 
432 aa  331  1e-89  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0680  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  43.16 
 
 
447 aa  331  1e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.692361  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3347  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  42.6 
 
 
465 aa  330  4e-89  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3151  hypothetical protein  42.6 
 
 
465 aa  324  2e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.668833 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3475  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  42.6 
 
 
465 aa  324  2e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.839195  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1323  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  43.68 
 
 
437 aa  323  3e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4734  protein of unknown function DUF224, cysteine-rich region  43.8 
 
 
437 aa  323  5e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.960339  normal  0.585687 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1761  hypothetical protein  43.42 
 
 
447 aa  321  9.999999999999999e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.826688 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>