More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5493 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010552  BamMC406_5493  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  100 
 
 
406 aa  815    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.590714  hitchhiker  0.000600534 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0031  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  93.84 
 
 
406 aa  742    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4940  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  99.01 
 
 
406 aa  806    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0533756 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5641  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  77.51 
 
 
423 aa  629  1e-179  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.636346 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2221  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  75.73 
 
 
413 aa  630  1e-179  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00873367 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6394  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  73.77 
 
 
409 aa  616  1e-175  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2304  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  74.57 
 
 
405 aa  616  1e-175  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.588155  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0201  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  74.26 
 
 
405 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.347897 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2200  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  73.02 
 
 
411 aa  608  1e-173  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.277292  normal  0.555972 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2157  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  72.03 
 
 
411 aa  599  1e-170  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.123421 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02846  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  70.05 
 
 
407 aa  595  1e-169  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.488957  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0719  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  70.05 
 
 
407 aa  595  1e-169  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3150  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  70.05 
 
 
407 aa  595  1e-169  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02796  hypothetical protein  70.05 
 
 
407 aa  595  1e-169  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.419463  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0723  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  70.05 
 
 
407 aa  595  1e-169  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3255  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  69.55 
 
 
407 aa  592  1e-168  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3747  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  72.52 
 
 
411 aa  592  1e-168  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.673936  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3437  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  69.8 
 
 
407 aa  593  1e-168  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2016  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  73.02 
 
 
411 aa  591  1e-167  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2217  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  70.54 
 
 
410 aa  586  1e-166  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000566124  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3333  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  67.57 
 
 
410 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0308305  hitchhiker  0.000758619 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43310  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  72.52 
 
 
405 aa  572  1.0000000000000001e-162  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2689  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  65.85 
 
 
419 aa  548  1e-155  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.430249  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70670  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  70.54 
 
 
408 aa  525  1e-148  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6130  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  69.06 
 
 
408 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1652  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  59.24 
 
 
402 aa  479  1e-134  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0911371 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2793  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  58.17 
 
 
417 aa  479  1e-134  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2904  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  57.79 
 
 
418 aa  479  1e-134  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1887  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  59.24 
 
 
403 aa  479  1e-134  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0156765 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1499  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  60.6 
 
 
402 aa  476  1e-133  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0363291  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2668  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  58.11 
 
 
415 aa  474  1e-132  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.58229  normal  0.314318 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0175  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  55.45 
 
 
449 aa  473  1e-132  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2039  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  60.45 
 
 
402 aa  474  1e-132  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2498  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  57.63 
 
 
414 aa  474  1e-132  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.813169 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2929  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  56.76 
 
 
423 aa  473  1e-132  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3313  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  59.07 
 
 
411 aa  459  9.999999999999999e-129  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00834843 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0841  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  56.22 
 
 
405 aa  459  9.999999999999999e-129  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.936764  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0125  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  55.77 
 
 
415 aa  455  1e-127  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0581331  normal  0.40576 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1190  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  56.72 
 
 
408 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0648  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  55.42 
 
 
408 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0700  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  55.75 
 
 
408 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.66224  normal  0.217248 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2412  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  56.72 
 
 
408 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2599  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  56.72 
 
 
408 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3345  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  56.72 
 
 
408 aa  451  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3818  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  55.26 
 
 
408 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.220496  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0248  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  55.75 
 
 
408 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0932552  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1639  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  58.64 
 
 
413 aa  454  1.0000000000000001e-126  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.602692  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0622  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  55.18 
 
 
408 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0494165  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0732  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  55.75 
 
 
408 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.368247  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0718  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  56.13 
 
 
408 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3332  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  56.72 
 
 
408 aa  451  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3302  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  57.96 
 
 
402 aa  453  1.0000000000000001e-126  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.600114  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0329  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  56.72 
 
 
408 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0188  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  56.93 
 
 
410 aa  450  1e-125  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3980  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  55.64 
 
 
408 aa  450  1e-125  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3298  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  56.48 
 
 
408 aa  449  1e-125  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0244  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  58.65 
 
 
419 aa  449  1e-125  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2516  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  53.9 
 
 
408 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0531711  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1289  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  55.99 
 
 
408 aa  448  1.0000000000000001e-124  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2654  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  54.79 
 
 
408 aa  444  1e-123  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0782897 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0961  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  55.72 
 
 
411 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.119051  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0224  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  56.82 
 
 
410 aa  439  9.999999999999999e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3311  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  57 
 
 
412 aa  433  1e-120  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.530471  normal  0.154046 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0168  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  55.69 
 
 
412 aa  431  1e-120  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.520354  normal  0.880199 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0044  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  57.35 
 
 
410 aa  431  1e-119  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.756512 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3640  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  53.75 
 
 
413 aa  428  1e-119  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0773057  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0186  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  55.93 
 
 
412 aa  431  1e-119  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.183936  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1783  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  52.02 
 
 
426 aa  426  1e-118  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3258  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  53.27 
 
 
424 aa  426  1e-118  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.878957 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1172  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  54.33 
 
 
418 aa  422  1e-117  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.416394 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0306  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  55.4 
 
 
416 aa  423  1e-117  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1896  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  54.93 
 
 
404 aa  422  1e-117  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.138211 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0481  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  52.62 
 
 
422 aa  418  1e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0223  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  54.73 
 
 
401 aa  416  9.999999999999999e-116  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.109155  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1663  glycolate oxidase, iron-sulfur subunit  53.43 
 
 
416 aa  416  9.999999999999999e-116  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.44007  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1360  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  53.19 
 
 
416 aa  416  9.999999999999999e-116  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7456  hypothetical protein  77.01 
 
 
261 aa  394  1e-108  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0412051  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1894  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  49.88 
 
 
421 aa  373  1e-102  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1500  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  48.68 
 
 
409 aa  370  1e-101  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.899863 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3012  hypothetical protein  46.19 
 
 
435 aa  363  2e-99  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.863272  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0182  glycolate oxidase, iron-sulfur subunit  46.06 
 
 
433 aa  353  2.9999999999999997e-96  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0361  protein of unknown function DUF224, cysteine-rich region  45.69 
 
 
443 aa  352  5.9999999999999994e-96  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0680  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  45.99 
 
 
447 aa  352  8.999999999999999e-96  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.692361  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1868  hypothetical protein  45.5 
 
 
439 aa  349  5e-95  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.18373  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4650  hypothetical protein  45.22 
 
 
446 aa  348  9e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.131127 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3347  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  43.64 
 
 
465 aa  346  4e-94  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2579  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  45.31 
 
 
437 aa  346  5e-94  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.362833 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0396  hypothetical protein  45 
 
 
430 aa  345  8e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.165591  normal  0.189703 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1761  hypothetical protein  45.9 
 
 
447 aa  343  2e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.826688 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0452  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  45.37 
 
 
436 aa  340  2e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3202  protein of unknown function DUF224, cysteine-rich region  44.03 
 
 
438 aa  340  2.9999999999999998e-92  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0497  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  45.37 
 
 
436 aa  338  8e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.352819 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5789  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  45.1 
 
 
431 aa  334  1e-90  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1829  hypothetical protein  43.66 
 
 
437 aa  334  2e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.751801  normal  0.279512 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2540  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  43.26 
 
 
432 aa  333  3e-90  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3475  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  43.18 
 
 
465 aa  332  1e-89  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.839195  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3151  hypothetical protein  43.18 
 
 
465 aa  331  2e-89  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.668833 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0693  hypothetical protein  41.75 
 
 
446 aa  330  4e-89  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0962448 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0993  hypothetical protein  46.34 
 
 
431 aa  326  5e-88  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.323587  normal  0.19287 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4135  protein of unknown function DUF224, cysteine-rich region  43.19 
 
 
437 aa  326  6e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.335861 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>