More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0396 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012850  Rleg_0497  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  75.87 
 
 
436 aa  654    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.352819 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0452  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  75 
 
 
436 aa  658    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0182  glycolate oxidase, iron-sulfur subunit  72.62 
 
 
433 aa  650    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0361  protein of unknown function DUF224, cysteine-rich region  73.55 
 
 
443 aa  634    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0396  hypothetical protein  100 
 
 
430 aa  878    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.165591  normal  0.189703 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3012  hypothetical protein  72.39 
 
 
435 aa  654    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.863272  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5789  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  70.89 
 
 
431 aa  627  1e-178  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1868  hypothetical protein  66.51 
 
 
439 aa  588  1e-167  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.18373  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3347  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  65.85 
 
 
465 aa  588  1e-167  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0680  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  66.28 
 
 
447 aa  569  1e-161  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.692361  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3475  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  64.97 
 
 
465 aa  568  1e-161  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.839195  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4650  hypothetical protein  66.89 
 
 
446 aa  566  1e-160  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.131127 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3151  hypothetical protein  64.97 
 
 
465 aa  567  1e-160  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.668833 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1761  hypothetical protein  65.98 
 
 
447 aa  561  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.826688 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1018  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  66.82 
 
 
433 aa  554  1e-157  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2500  protein of unknown function DUF224, cysteine-rich region  63.81 
 
 
439 aa  557  1e-157  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.908613 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2678  hypothetical protein  66.82 
 
 
433 aa  554  1e-156  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.15494 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0210  hypothetical protein  66.12 
 
 
433 aa  551  1e-155  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.4758 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2540  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  66.36 
 
 
432 aa  546  1e-154  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1829  hypothetical protein  60.37 
 
 
437 aa  539  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.751801  normal  0.279512 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0693  hypothetical protein  61.1 
 
 
446 aa  540  9.999999999999999e-153  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0962448 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2579  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  61.75 
 
 
437 aa  536  1e-151  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.362833 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3202  protein of unknown function DUF224, cysteine-rich region  60.92 
 
 
438 aa  535  1e-151  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2894  hypothetical protein  60.97 
 
 
434 aa  532  1e-150  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.184588  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0993  hypothetical protein  63.59 
 
 
431 aa  532  1e-150  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.323587  normal  0.19287 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4135  protein of unknown function DUF224, cysteine-rich region  58.76 
 
 
437 aa  533  1e-150  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.335861 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4397  hypothetical protein  61.52 
 
 
431 aa  523  1e-147  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.113813 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4734  protein of unknown function DUF224, cysteine-rich region  59.45 
 
 
437 aa  523  1e-147  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.960339  normal  0.585687 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1323  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  59.45 
 
 
437 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1901  hypothetical protein  59.95 
 
 
445 aa  506  9.999999999999999e-143  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2548  hypothetical protein  61.52 
 
 
436 aa  501  1e-141  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1664  glycolate oxidase subunit, (Fe-S)protein, GlcF  60.96 
 
 
441 aa  500  1e-140  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.118574  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1266  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  49.66 
 
 
437 aa  400  9.999999999999999e-111  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.791395  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0244  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  45.87 
 
 
419 aa  355  1e-96  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1289  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  44.63 
 
 
408 aa  350  2e-95  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2654  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  44.21 
 
 
408 aa  351  2e-95  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0782897 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1499  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  46.15 
 
 
402 aa  350  3e-95  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0363291  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0700  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  44.92 
 
 
408 aa  350  3e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.66224  normal  0.217248 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0248  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  44.92 
 
 
408 aa  350  3e-95  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0932552  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0732  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  44.92 
 
 
408 aa  350  3e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.368247  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2412  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  44.16 
 
 
408 aa  350  4e-95  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0329  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  44.16 
 
 
408 aa  350  4e-95  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2599  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  44.16 
 
 
408 aa  350  4e-95  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1190  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  44.16 
 
 
408 aa  350  4e-95  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2929  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  45.35 
 
 
423 aa  349  5e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4940  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  46.21 
 
 
406 aa  349  5e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0533756 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3345  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  44.16 
 
 
408 aa  349  7e-95  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3332  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  44.16 
 
 
408 aa  349  7e-95  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0648  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  43.97 
 
 
408 aa  347  2e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3298  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  43.63 
 
 
408 aa  347  2e-94  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3818  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  44.21 
 
 
408 aa  347  2e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.220496  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0481  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  43.25 
 
 
422 aa  347  2e-94  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1894  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  45.65 
 
 
421 aa  347  3e-94  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0622  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  43.97 
 
 
408 aa  347  3e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0494165  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0201  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  45.65 
 
 
405 aa  346  4e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.347897 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2304  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  44.08 
 
 
405 aa  346  4e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.588155  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3389  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  42.66 
 
 
445 aa  346  4e-94  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.67964  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2793  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  43.81 
 
 
417 aa  345  8.999999999999999e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5493  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  45 
 
 
406 aa  345  8.999999999999999e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.590714  hitchhiker  0.000600534 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2516  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  42.59 
 
 
408 aa  343  2e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0531711  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2200  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  44.96 
 
 
411 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.277292  normal  0.555972 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1639  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  45.06 
 
 
413 aa  343  5e-93  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.602692  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3333  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  43.63 
 
 
410 aa  343  5e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0308305  hitchhiker  0.000758619 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1783  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  42.79 
 
 
426 aa  342  5e-93  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5641  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  43.62 
 
 
423 aa  342  5e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.636346 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3311  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  44.08 
 
 
412 aa  342  7e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.530471  normal  0.154046 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2039  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  44.79 
 
 
402 aa  342  1e-92  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0186  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  44.27 
 
 
412 aa  341  1e-92  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.183936  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0168  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  44.8 
 
 
412 aa  341  1e-92  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.520354  normal  0.880199 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2157  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  44.24 
 
 
411 aa  340  4e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.123421 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0718  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  43.03 
 
 
408 aa  338  8e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3980  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  43.03 
 
 
408 aa  338  8e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0125  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  42.56 
 
 
415 aa  338  9e-92  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0581331  normal  0.40576 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2217  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  43.56 
 
 
410 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000566124  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43310  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  43.84 
 
 
405 aa  338  1.9999999999999998e-91  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2831  protein of unknown function DUF224, cysteine-rich region  42.86 
 
 
474 aa  336  3.9999999999999995e-91  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0961  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  44.06 
 
 
411 aa  335  5.999999999999999e-91  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.119051  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2689  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  42.86 
 
 
419 aa  335  7e-91  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.430249  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0175  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  41.98 
 
 
449 aa  335  1e-90  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1360  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  44.18 
 
 
416 aa  335  1e-90  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0188  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  43.85 
 
 
410 aa  334  1e-90  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1172  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  44.29 
 
 
418 aa  335  1e-90  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.416394 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3640  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  42.79 
 
 
413 aa  334  2e-90  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0773057  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0224  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  43.66 
 
 
410 aa  333  2e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0306  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  43.05 
 
 
416 aa  334  2e-90  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3313  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  43.33 
 
 
411 aa  333  3e-90  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00834843 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1663  glycolate oxidase, iron-sulfur subunit  44.18 
 
 
416 aa  333  3e-90  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.44007  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1427  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  46.98 
 
 
420 aa  333  4e-90  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1953  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  40.67 
 
 
447 aa  332  6e-90  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1652  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  41.33 
 
 
402 aa  332  9e-90  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0911371 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1980  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  40.44 
 
 
447 aa  332  9e-90  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.763883  normal  0.0943546 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4801  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  41.78 
 
 
543 aa  331  1e-89  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.18268  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0031  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  45.02 
 
 
406 aa  331  2e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3747  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  43.56 
 
 
411 aa  330  3e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.673936  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1717  glycolate oxidase subunit (Fe-S) protein  42.09 
 
 
433 aa  330  3e-89  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0841  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  42.99 
 
 
405 aa  330  4e-89  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.936764  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3437  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  41.82 
 
 
407 aa  328  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3255  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  41.82 
 
 
407 aa  328  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2221  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  42.33 
 
 
413 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00873367 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2016  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  44.39 
 
 
411 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>