More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_5361 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_5361  histone family protein DNA-binding protein  100 
 
 		 101 aa  200  5e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.322215 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0160  histone family protein DNA-binding protein  93.94 
 
 		 99 aa  186  1e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.982339  normal  0.332624 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5313  histone family protein DNA-binding protein  92.93 
 
 		 99 aa  184  2e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0463079 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5222  histone family protein DNA-binding protein  92.93 
 
 		 99 aa  184  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.60947 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5600  nucleoid protein HU alpha subunit  86.81 
 
 		 91 aa  159  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.375895  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5027  histone-like DNA-binding protein  84.62 
 
 		 91 aa  155  3e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.705107 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5472  DNA-binding protein HU family  84.62 
 
 		 111 aa  154  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70600  HU family DNA-binding protein  84.44 
 
 		 90 aa  154  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4401  nucleoid protein HU alpha subunit  83.33 
 
 		 90 aa  153  9e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.177499 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6125  putative DNA-binding protein  83.33 
 
 		 90 aa  151  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48480  histone-like DNA-binding protein  77.78 
 
 		 90 aa  147  7e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.707299  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3249  histone-like DNA-binding protein  69.66 
 
 		 90 aa  123  8.000000000000001e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3758  histone family protein DNA-binding protein  57.3 
 
 		 90 aa  102  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.639339  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2846  DNA-binding protein HU-alpha  57.78 
 
 		 90 aa  101  4e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00368421  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0860  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  98.6  2e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0124999  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0184  DNA-binding protein HU 1  56.18 
 
 		 90 aa  97.4  5e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2857  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  97.8  5e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.000000000465869  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002182  DNA-binding protein HU-alpha  55.56 
 
 		 90 aa  97.8  5e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.131368  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1514  histone family protein DNA-binding protein  52.81 
 
 		 91 aa  97.1  8e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.0000108882  n/a   
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0183  DNA-binding protein HU 1  56.18 
 
 		 90 aa  96.7  1e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000296943  hitchhiker  2.26878e-36 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1837  histone family protein DNA-binding protein  57.3 
 
 		 90 aa  96.3  1e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00431989  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1726  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  95.5  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.00000000326644  hitchhiker  0.00672024 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3493  DNA-binding protein HU  54.44 
 
 		 90 aa  95.9  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.175993  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00213  DNA-binding protein  54.44 
 
 		 101 aa  95.9  2e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41210  DNA-binding protein HU  54.44 
 
 		 90 aa  95.9  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0758892  normal  0.416187 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2650  DNA-binding protein HU  56.18 
 
 		 90 aa  95.9  2e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1468  DNA-binding protein HU beta subunit  51.11 
 
 		 91 aa  95.1  3e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.961834  normal  0.643607 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5693  histone family protein DNA-binding protein  56.18 
 
 		 90 aa  94.7  4e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0471576  normal  0.0346696 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23600  histone-like DNA-binding protein  53.33 
 
 		 90 aa  94.4  5e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2053  nucleoid protein HU beta subunit  53.33 
 
 		 90 aa  94.4  5e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000457213  normal  0.0670315 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1772  histone-like DNA-binding protein  52.22 
 
 		 90 aa  94  6e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000757515  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2285  histone family protein DNA-binding protein  50 
 
 		 90 aa  93.6  8e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0556838  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0532  DNA-binding protein HU-beta  53.33 
 
 		 90 aa  93.6  9e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00043104  n/a   
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_66  DNA-binding protein HU-alpha  52.75 
 
 		 91 aa  93.2  1e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0113448  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3110  histone family protein DNA-binding protein  52.22 
 
 		 90 aa  93.2  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000105676  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2492  histone-like DNA-binding protein  52.22 
 
 		 90 aa  92.8  1e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00401844  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2505  histone family protein DNA-binding protein  52.22 
 
 		 90 aa  92.8  1e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000791734  normal  0.581146 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1275  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 		 91 aa  92  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000000292942  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0465  histone family protein DNA-binding protein  55.06 
 
 		 90 aa  92.4  2e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0470  histone family protein DNA-binding protein  51.61 
 
 		 94 aa  92.4  2e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0022  DNA-binding protein HU  53.33 
 
 		 90 aa  92.8  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00102315  hitchhiker  0.000567997 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1611  nucleoid protein HU beta subunit  53.33 
 
 		 90 aa  92.4  2e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000132089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0942  histone family protein DNA-binding protein  53.33 
 
 		 90 aa  92  2e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2043  histone-like DNA-binding protein  52.22 
 
 		 90 aa  92  2e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3008  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 		 91 aa  92.4  2e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.341575 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2593  histone family protein DNA-binding protein  52.22 
 
 		 91 aa  92  2e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000173721  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2303  histone family protein DNA-binding protein  52.22 
 
 		 90 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0561689  hitchhiker  0.000233767 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0075  histone family protein DNA-binding protein  53.93 
 
 		 91 aa  91.7  3e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0045  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 90 aa  91.7  3e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00000165888  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2026  histone family protein DNA-binding protein  52.22 
 
 		 106 aa  91.7  3e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000760647  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3466  histone family protein DNA-binding protein  52.22 
 
 		 90 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.360259  hitchhiker  0.000212777 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2014  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 		 90 aa  92  3e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000105311  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1251  histone family protein DNA-binding protein  51.11 
 
 		 91 aa  91.7  3e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0902596  normal  0.20081 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2903  histone family protein DNA-binding protein  51.11 
 
 		 91 aa  91.7  3e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00933352  normal  0.626047 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1717  histone family protein DNA-binding protein  53.33 
 
 		 90 aa  91.3  4e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000293556  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1608  histone-like DNA-binding protein  51.69 
 
 		 96 aa  91.3  4e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  5.49082e-20  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3836  nucleoid protein Hbs  52.81 
 
 		 91 aa  91.3  4e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00753337  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1905  histone family protein DNA-binding protein  52.22 
 
 		 90 aa  91.3  4e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.173408  hitchhiker  0.000216257 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3218  DNA-binding protein HU alpha subunit  52.22 
 
 		 91 aa  90.9  5e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.585838 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02474  DNA-binding protein HU  53.33 
 
 		 90 aa  90.9  5e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0085  nucleoid protein Hbs  53.93 
 
 		 91 aa  91.3  5e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0539634  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1544  histone family protein DNA-binding protein  51.11 
 
 		 90 aa  90.5  6e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000007734  hitchhiker  0.000745392 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0532  histone-like protein  52.81 
 
 		 94 aa  90.5  6e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3864  transcriptional regulator HU subunit alpha  55.06 
 
 		 90 aa  90.9  6e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.78216  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3710  transcriptional regulator HU subunit alpha  55.06 
 
 		 90 aa  90.5  6e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.273113  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3133  histone-like DNA-binding protein  50 
 
 		 90 aa  90.5  7e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000045924  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1743  histone family protein DNA-binding protein  51.11 
 
 		 106 aa  90.5  8e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6397  DNA-binding protein Hu-beta  48.96 
 
 		 144 aa  90.5  8e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1637  DNA-binding protein HU  51.69 
 
 		 90 aa  90.1  9e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00420342  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1420  DNA-binding protein HU  51.69 
 
 		 90 aa  90.1  9e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.190218  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1434  histone family protein DNA-binding protein  51.69 
 
 		 90 aa  90.1  9e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.087278  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1392  DNA-binding protein HU  51.69 
 
 		 90 aa  90.1  9e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.011833  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1392  DNA-binding protein HU  51.69 
 
 		 90 aa  90.1  9e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00000512711  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1233  histone family protein DNA-binding protein  51.69 
 
 		 90 aa  90.1  9e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0133564  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3779  DNA-binding protein HU  51.69 
 
 		 90 aa  90.1  9e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000354145  normal  0.961445 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1531  DNA-binding protein HU  51.69 
 
 		 90 aa  90.1  9e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.259543  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1604  DNA-binding protein HU  51.69 
 
 		 90 aa  90.1  9e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000159132 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1673  DNA-binding protein HU  51.69 
 
 		 90 aa  90.1  9e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000325838  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0920  histone family protein DNA-binding protein  54.65 
 
 		 87 aa  90.1  9e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.417728  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1566  DNA-binding protein HU  51.69 
 
 		 90 aa  90.1  9e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.236067  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1641  DNA-binding protein HU  50 
 
 		 94 aa  89.7  1e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  7.02248e-19  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3994  histone family protein DNA-binding protein  53.93 
 
 		 90 aa  90.1  1e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5469  transcriptional regulator HU subunit alpha  53.93 
 
 		 90 aa  90.1  1e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.129609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4448  transcriptional regulator HU subunit alpha  53.93 
 
 		 90 aa  90.1  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.302586  hitchhiker  0.00101008 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0508  DNA-binding protein HU  50 
 
 		 94 aa  89.7  1e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000000377509  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1797  HU family DNA-binding protein  51.11 
 
 		 90 aa  89.4  1e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1596  histone family protein DNA-binding protein  51.11 
 
 		 90 aa  89.4  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000169185  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1745  histone family protein DNA-binding protein  52.22 
 
 		 90 aa  89.7  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.693876  hitchhiker  0.00044049 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1493  histone family protein DNA-binding protein  51.11 
 
 		 90 aa  89.4  1e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000388309  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0213  transcriptional regulator HU subunit alpha  53.93 
 
 		 90 aa  89.7  1e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00855152  normal  0.0112419 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2403  histone family protein DNA-binding protein  49.44 
 
 		 90 aa  89.7  1e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000237544  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1607  histone family protein DNA-binding protein  51.11 
 
 		 90 aa  89.4  1e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000022491  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1630  histone family protein DNA-binding protein  51.11 
 
 		 90 aa  89.4  1e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000159632  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0648  histone family protein DNA-binding protein  52.81 
 
 		 91 aa  89.7  1e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000417185  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2678  histone family protein DNA-binding protein  51.11 
 
 		 90 aa  89.7  1e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000589622  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4543  transcriptional regulator HU subunit alpha  53.93 
 
 		 90 aa  90.1  1e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.440082  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4407  histone family protein DNA-binding protein  51.69 
 
 		 94 aa  89.7  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000192025  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2492  histone family protein DNA-binding protein  51.11 
 
 		 90 aa  89.4  1e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000348442  normal  0.0842071 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2560  histone family protein DNA-binding protein  51.11 
 
 		 90 aa  89.4  1e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000135506  normal  0.0536414 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2747  histone family protein DNA-binding protein  51.11 
 
 		 90 aa  89.4  1e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000276504  normal  0.581764 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>