More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_2857 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_2857  histone family protein DNA-binding protein  100 
 
 		 90 aa  176  9e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.000000000465869  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1717  histone family protein DNA-binding protein  76.67 
 
 		 90 aa  139  9.999999999999999e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000293556  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1608  histone-like DNA-binding protein  64.44 
 
 		 96 aa  105  2e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  5.49082e-20  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0500  histone family protein DNA-binding protein  60 
 
 		 90 aa  104  3e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000759527 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1909  histone family protein DNA-binding protein  65.91 
 
 		 90 aa  105  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.715849  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1090  histone family protein DNA-binding protein  57.78 
 
 		 90 aa  104  5e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4407  histone family protein DNA-binding protein  63.33 
 
 		 94 aa  103  6e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000192025  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3132  DNA-binding protein HU  63.33 
 
 		 94 aa  102  1e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.246817  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0355  histone-like DNA-binding protein  63.33 
 
 		 94 aa  103  1e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00204011  normal  0.390975 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1364  histone family protein DNA-binding protein  58.89 
 
 		 90 aa  102  2e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1014  histone family protein DNA-binding protein  64.77 
 
 		 90 aa  102  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.385833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2292  nucleoid protein Hbs  64.77 
 
 		 90 aa  102  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.337722  normal  0.315371 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4704  histone-like DNA-binding protein  58.89 
 
 		 93 aa  102  2e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1641  DNA-binding protein HU  56.67 
 
 		 94 aa  100  5e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  7.02248e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0508  DNA-binding protein HU  56.67 
 
 		 94 aa  100  5e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000000377509  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70600  HU family DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  100  6e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1957  histone-like DNA-binding protein  58.89 
 
 		 91 aa  100  9e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000024611  normal  0.388646 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00392  HU, DNA-binding transcriptional regulator, beta subunit  60 
 
 		 90 aa  99.4  1e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0526  transcriptional regulator HU subunit beta  60 
 
 		 90 aa  99.4  1e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00026983  normal  0.698185 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3169  histone family protein DNA-binding protein  60 
 
 		 90 aa  99.4  1e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000005828  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2873  transcriptional regulator HU subunit beta  60 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0188  histone family protein DNA-binding protein  60 
 
 		 94 aa  99.8  1e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0483  transcriptional regulator HU subunit beta  60 
 
 		 90 aa  99.4  1e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000219434  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3065  transcriptional regulator HU subunit beta  58.89 
 
 		 90 aa  99.4  1e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3493  DNA-binding protein HU  60 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.175993  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23600  histone-like DNA-binding protein  58.89 
 
 		 90 aa  99.4  1e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3192  transcriptional regulator HU subunit beta  60 
 
 		 90 aa  99.4  1e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0216859  hitchhiker  0.00242013 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0363  transcriptional regulator HU subunit beta  60 
 
 		 90 aa  99.4  1e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00017145  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3261  transcriptional regulator HU subunit beta  58.89 
 
 		 90 aa  99.4  1e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2492  histone-like DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00401844  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2678  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  99.4  1e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000589622  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0517  transcriptional regulator HU subunit beta  60 
 
 		 90 aa  99.4  1e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000441181  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41210  DNA-binding protein HU  60 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0758892  normal  0.416187 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00396  hypothetical protein  60 
 
 		 90 aa  99.4  1e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1051  transcriptional regulator HU subunit beta  58.89 
 
 		 90 aa  99.4  1e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.593082  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0476  transcriptional regulator HU subunit beta  60 
 
 		 90 aa  99.4  1e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000220916  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0170  histone family protein DNA-binding protein  60 
 
 		 94 aa  99.8  1e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000201093 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3051  transcriptional regulator HU subunit beta  60 
 
 		 90 aa  99.4  2e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00488463  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3231  transcriptional regulator HU subunit beta  60 
 
 		 90 aa  99.4  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1611  nucleoid protein HU beta subunit  55.56 
 
 		 90 aa  98.6  2e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000132089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1544  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  99.4  2e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000007734  hitchhiker  0.000745392 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2505  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  99  2e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000791734  normal  0.581146 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3089  transcriptional regulator HU subunit beta  60 
 
 		 90 aa  99.4  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  1.42002e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2053  nucleoid protein HU beta subunit  58.89 
 
 		 90 aa  98.6  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000457213  normal  0.0670315 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2593  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 91 aa  99  2e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000173721  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5313  histone family protein DNA-binding protein  57.78 
 
 		 99 aa  98.6  3e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0463079 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6125  putative DNA-binding protein  55.56 
 
 		 90 aa  98.2  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1666  histone family protein DNA-binding protein  59.09 
 
 		 90 aa  98.6  3e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5222  histone family protein DNA-binding protein  57.78 
 
 		 99 aa  98.6  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.60947 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5600  nucleoid protein HU alpha subunit  54.44 
 
 		 91 aa  98.2  3e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.375895  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2463  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  98.2  3e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0228112  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0554  transcriptional regulator HU subunit beta  58.89 
 
 		 90 aa  97.8  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00736621  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2879  histone family protein DNA-binding protein  60.23 
 
 		 90 aa  97.8  4e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5361  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 101 aa  97.8  4e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.322215 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0160  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 99 aa  97.8  4e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.982339  normal  0.332624 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0491  transcriptional regulator HU subunit beta  58.89 
 
 		 90 aa  97.8  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0126716  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0510  transcriptional regulator HU subunit beta  58.89 
 
 		 90 aa  97.8  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0507646  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0500  transcriptional regulator HU subunit beta  58.89 
 
 		 90 aa  97.8  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.332585  normal  0.0268714 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3110  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 		 90 aa  97.8  4e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000105676  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0493  transcriptional regulator HU subunit beta  58.89 
 
 		 90 aa  97.8  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.107938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2043  histone-like DNA-binding protein  57.78 
 
 		 90 aa  97.4  5e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48480  histone-like DNA-binding protein  52.22 
 
 		 90 aa  97.4  6e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.707299  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3133  histone-like DNA-binding protein  54.55 
 
 		 90 aa  97.4  6e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000045924  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4401  nucleoid protein HU alpha subunit  54.44 
 
 		 90 aa  97.1  7e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.177499 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0907  transcriptional regulator HU subunit beta  58.89 
 
 		 90 aa  97.1  7e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0908162  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1837  histone family protein DNA-binding protein  57.78 
 
 		 90 aa  97.1  8e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00431989  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3532  histone family protein DNA-binding protein  53.33 
 
 		 90 aa  96.7  9e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2673  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 91 aa  96.3  1e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.156087  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2058  histone-like DNA-binding protein  55.56 
 
 		 90 aa  96.3  1e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.954956  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1227  HU family DNA-binding protein  55.56 
 
 		 90 aa  95.9  1e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000165625  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1630  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 90 aa  95.5  2e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000159632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1187  histone family protein DNA-binding protein  59.09 
 
 		 90 aa  95.9  2e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1797  HU family DNA-binding protein  54.44 
 
 		 90 aa  95.5  2e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2747  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 90 aa  95.5  2e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000276504  normal  0.581764 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1607  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 90 aa  95.5  2e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000022491  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1493  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 90 aa  95.5  2e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000388309  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1596  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 90 aa  95.5  2e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000169185  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2621  histone family protein DNA-binding protein  59.09 
 
 		 90 aa  95.9  2e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.348082  normal  0.0833374 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2492  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 90 aa  95.5  2e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000348442  normal  0.0842071 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2560  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 90 aa  95.5  2e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000135506  normal  0.0536414 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2658  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 90 aa  95.9  2e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000180426  normal  0.730265 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0139  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  95.1  3e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1468  DNA-binding protein HU beta subunit  52.22 
 
 		 91 aa  95.1  3e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.961834  normal  0.643607 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2107  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  95.1  3e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00000844989  hitchhiker  0.00906741 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1098  histone family protein DNA-binding protein  57.78 
 
 		 101 aa  95.1  3e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00970005  hitchhiker  0.00000236625 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2303  histone family protein DNA-binding protein  57.78 
 
 		 90 aa  94.7  4e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0561689  hitchhiker  0.000233767 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0470  histone family protein DNA-binding protein  53.33 
 
 		 94 aa  94.4  4e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3466  histone family protein DNA-binding protein  57.78 
 
 		 90 aa  94.7  4e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.360259  hitchhiker  0.000212777 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0238  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 91 aa  94.4  4e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0016  nucleoid protein HU beta subunit  57.95 
 
 		 90 aa  94.4  5e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1956  nucleoid protein Hbs  59.09 
 
 		 90 aa  94.4  5e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.582961  normal  0.45981 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0324  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 90 aa  94.4  5e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.064189  normal  0.0110025 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1900  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 		 90 aa  94  6e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0802524 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1633  histone family protein DNA-binding protein  59.09 
 
 		 90 aa  94  6e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1905  histone family protein DNA-binding protein  57.78 
 
 		 90 aa  94  6e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.173408  hitchhiker  0.000216257 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2215  histone family protein DNA-binding protein  61.36 
 
 		 95 aa  94  6e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000076232  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3781  HU family DNA-binding protein  55.68 
 
 		 90 aa  93.6  7e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.0095051  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5027  histone-like DNA-binding protein  51.11 
 
 		 91 aa  94  7e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.705107 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1674  histone-like DNA-binding protein  59.09 
 
 		 90 aa  94  7e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.171237 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0658  histone-like DNA-binding protein  53.33 
 
 		 90 aa  93.6  7e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>