More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4401 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4401  nucleoid protein HU alpha subunit  100 
 
 		 90 aa  181  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.177499 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5600  nucleoid protein HU alpha subunit  94.44 
 
 		 91 aa  174  3e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.375895  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48480  histone-like DNA-binding protein  93.33 
 
 		 90 aa  174  4e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.707299  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70600  HU family DNA-binding protein  93.33 
 
 		 90 aa  174  5e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6125  putative DNA-binding protein  92.22 
 
 		 90 aa  171  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5027  histone-like DNA-binding protein  90 
 
 		 91 aa  170  5e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.705107 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5472  DNA-binding protein HU family  88.89 
 
 		 111 aa  169  2e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5361  histone family protein DNA-binding protein  83.33 
 
 		 101 aa  152  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.322215 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5313  histone family protein DNA-binding protein  81.11 
 
 		 99 aa  150  7e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0463079 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0160  histone family protein DNA-binding protein  81.11 
 
 		 99 aa  150  7e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.982339  normal  0.332624 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5222  histone family protein DNA-binding protein  81.11 
 
 		 99 aa  150  7e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.60947 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3249  histone-like DNA-binding protein  68.54 
 
 		 90 aa  130  6e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3493  DNA-binding protein HU  60 
 
 		 90 aa  107  5e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.175993  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41210  DNA-binding protein HU  60 
 
 		 90 aa  107  5e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0758892  normal  0.416187 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23600  histone-like DNA-binding protein  58.89 
 
 		 90 aa  105  1e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2053  nucleoid protein HU beta subunit  58.89 
 
 		 90 aa  105  1e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000457213  normal  0.0670315 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3758  histone family protein DNA-binding protein  57.3 
 
 		 90 aa  105  2e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.639339  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0860  histone family protein DNA-binding protein  57.78 
 
 		 90 aa  103  5e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0124999  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1772  histone-like DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  103  6e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000757515  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1611  nucleoid protein HU beta subunit  57.78 
 
 		 90 aa  103  8e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000132089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2846  DNA-binding protein HU-alpha  57.78 
 
 		 90 aa  102  1e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00368421  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1514  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 91 aa  102  1e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.0000108882  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3836  nucleoid protein Hbs  56.18 
 
 		 91 aa  102  2e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00753337  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1837  histone family protein DNA-binding protein  58.43 
 
 		 90 aa  102  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00431989  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0470  histone family protein DNA-binding protein  57.3 
 
 		 94 aa  101  3e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2303  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  100  5e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0561689  hitchhiker  0.000233767 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02474  DNA-binding protein HU  56.67 
 
 		 90 aa  100  5e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3466  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  100  5e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.360259  hitchhiker  0.000212777 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1905  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  100  7e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.173408  hitchhiker  0.000216257 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0532  histone-like protein  56.18 
 
 		 94 aa  100  8e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1468  DNA-binding protein HU beta subunit  53.33 
 
 		 91 aa  100  8e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.961834  normal  0.643607 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1726  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  100  9e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.00000000326644  hitchhiker  0.00672024 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0942  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 		 90 aa  99.4  1e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2285  histone family protein DNA-binding protein  53.33 
 
 		 90 aa  99.4  2e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0556838  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0532  DNA-binding protein HU-beta  54.44 
 
 		 90 aa  98.6  3e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00043104  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00213  DNA-binding protein  55.56 
 
 		 101 aa  98.6  3e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2043  histone-like DNA-binding protein  53.33 
 
 		 90 aa  97.8  5e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1608  histone-like DNA-binding protein  53.93 
 
 		 96 aa  97.1  7e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  5.49082e-20  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2857  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 90 aa  97.1  7e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.000000000465869  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002182  DNA-binding protein HU-alpha  54.44 
 
 		 90 aa  96.7  9e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.131368  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0600  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 		 90 aa  95.9  1e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0791658  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0920  histone family protein DNA-binding protein  56.98 
 
 		 87 aa  96.7  1e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.417728  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3110  histone family protein DNA-binding protein  53.33 
 
 		 90 aa  96.3  1e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000105676  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2215  histone family protein DNA-binding protein  56.32 
 
 		 95 aa  95.9  2e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000076232  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1745  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 90 aa  95.5  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.693876  hitchhiker  0.00044049 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1275  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 91 aa  95.9  2e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000000292942  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0822  DNA-binding protein HU-beta  51.11 
 
 		 98 aa  95.5  2e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.172487  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2650  DNA-binding protein HU  56.18 
 
 		 90 aa  95.9  2e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1743  histone family protein DNA-binding protein  50 
 
 		 106 aa  95.9  2e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3864  transcriptional regulator HU subunit alpha  56.18 
 
 		 90 aa  95.5  2e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.78216  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3008  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 91 aa  95.9  2e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.341575 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0576  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 90 aa  95.9  2e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0418926 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3710  transcriptional regulator HU subunit alpha  56.18 
 
 		 90 aa  95.1  3e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.273113  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1909  histone family protein DNA-binding protein  52.22 
 
 		 90 aa  95.1  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.715849  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2492  histone-like DNA-binding protein  53.33 
 
 		 90 aa  95.1  3e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00401844  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43920  histone-like DNA-binding protein  52.22 
 
 		 90 aa  94.7  4e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3723  DNA-binding protein HU-beta  55.56 
 
 		 90 aa  94.7  4e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.612497  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1750  histone-like DNA-binding protein  55.56 
 
 		 90 aa  94.7  4e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.519537  normal  0.0235988 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2505  histone family protein DNA-binding protein  52.22 
 
 		 90 aa  94.7  4e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000791734  normal  0.581146 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3694  nucleoid protein HU beta subunit  55.56 
 
 		 90 aa  94.7  4e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.566059  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004041  DNA-binding protein HU-beta  51.11 
 
 		 90 aa  94.7  4e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000015142  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2014  histone family protein DNA-binding protein  53.33 
 
 		 90 aa  94.7  4e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000105311  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03877  HU, DNA-binding transcriptional regulator, alpha subunit  55.06 
 
 		 90 aa  94.4  5e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.380115  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3994  histone family protein DNA-binding protein  55.06 
 
 		 90 aa  94.4  5e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4025  transcriptional regulator HU subunit alpha  55.06 
 
 		 90 aa  94.4  5e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0158227 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5469  transcriptional regulator HU subunit alpha  55.06 
 
 		 90 aa  94.4  5e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.129609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4543  transcriptional regulator HU subunit alpha  55.06 
 
 		 90 aa  94.4  5e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.440082  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03830  hypothetical protein  55.06 
 
 		 90 aa  94.4  5e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.485291  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4491  transcriptional regulator HU subunit alpha  55.06 
 
 		 90 aa  94.4  5e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0852675  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1544  histone family protein DNA-binding protein  52.22 
 
 		 90 aa  94.4  5e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000007734  hitchhiker  0.000745392 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2292  nucleoid protein Hbs  53.33 
 
 		 90 aa  94.4  5e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.337722  normal  0.315371 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1014  histone family protein DNA-binding protein  53.33 
 
 		 90 aa  94.4  5e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.385833  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4448  transcriptional regulator HU subunit alpha  55.06 
 
 		 90 aa  94.4  5e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.302586  hitchhiker  0.00101008 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4234  transcriptional regulator HU subunit alpha  55.06 
 
 		 90 aa  94.4  5e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0222  transcriptional regulator HU subunit alpha  55.06 
 
 		 90 aa  94  6e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.390191  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0226  transcriptional regulator HU subunit alpha  55.06 
 
 		 90 aa  94  6e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0975648  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2593  histone family protein DNA-binding protein  52.22 
 
 		 91 aa  94  6e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000173721  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0290  transcriptional regulator HU subunit alpha  55.06 
 
 		 90 aa  94  7e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0031706  hitchhiker  0.00995537 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0213  transcriptional regulator HU subunit alpha  55.06 
 
 		 90 aa  94  7e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00855152  normal  0.0112419 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1251  histone family protein DNA-binding protein  50 
 
 		 91 aa  94  7e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0902596  normal  0.20081 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2658  histone family protein DNA-binding protein  52.22 
 
 		 90 aa  94  7e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000180426  normal  0.730265 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2903  histone family protein DNA-binding protein  50 
 
 		 91 aa  94  7e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00933352  normal  0.626047 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0465  histone family protein DNA-binding protein  52.81 
 
 		 90 aa  93.6  9e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2154  histone family protein DNA-binding protein  52.81 
 
 		 90 aa  93.6  9e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000552537  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2678  histone family protein DNA-binding protein  52.22 
 
 		 90 aa  93.2  9e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000589622  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0045  histone family protein DNA-binding protein  52.22 
 
 		 90 aa  93.2  9e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00000165888  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4381  transcriptional regulator HU subunit alpha  53.93 
 
 		 90 aa  92.8  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.842423 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0839  histone family protein DNA-binding protein  57.78 
 
 		 90 aa  93.2  1e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0237084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4503  transcriptional regulator HU subunit alpha  53.93 
 
 		 90 aa  92.8  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0164141 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4577  transcriptional regulator HU subunit alpha  53.93 
 
 		 90 aa  92.8  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.511964 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4407  histone family protein DNA-binding protein  51.69 
 
 		 94 aa  93.2  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000192025  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4414  transcriptional regulator HU subunit alpha  53.93 
 
 		 90 aa  92.8  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.18011  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4501  transcriptional regulator HU subunit alpha  53.93 
 
 		 90 aa  92.8  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.358882  normal  0.0495174 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2026  histone family protein DNA-binding protein  48.89 
 
 		 106 aa  93.2  1e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000760647  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3218  DNA-binding protein HU alpha subunit  53.33 
 
 		 91 aa  93.2  1e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.585838 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1493  histone family protein DNA-binding protein  51.11 
 
 		 90 aa  92.4  2e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000388309  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0462  transcriptional regulator HU subunit alpha  55.06 
 
 		 91 aa  92.4  2e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.082883  hitchhiker  0.00197429 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0085  nucleoid protein Hbs  52.81 
 
 		 91 aa  92.4  2e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0539634  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1098  histone family protein DNA-binding protein  52.27 
 
 		 101 aa  92.4  2e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00970005  hitchhiker  0.00000236625 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1607  histone family protein DNA-binding protein  51.11 
 
 		 90 aa  92.4  2e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000022491  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>