137 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_2904 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_2904  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  100 
 
 
320 aa  647    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09390  Orotidine-5'-phosphate decarboxylase  44.22 
 
 
311 aa  253  3e-66  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00166281  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0951  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  41.69 
 
 
314 aa  235  7e-61  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1816  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  40.74 
 
 
307 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00211539  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0614  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  38.34 
 
 
312 aa  224  1e-57  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0531  Orotidine-5'-phosphate decarboxylase  45.33 
 
 
317 aa  222  8e-57  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0882  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  39.14 
 
 
309 aa  215  9.999999999999999e-55  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000000414792  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0925  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  41.01 
 
 
347 aa  207  2e-52  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1377  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  38.68 
 
 
305 aa  198  1.0000000000000001e-49  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0953  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  43.25 
 
 
359 aa  179  4.999999999999999e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0377509  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2203  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  40.88 
 
 
266 aa  178  9e-44  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0197  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  40.81 
 
 
283 aa  177  2e-43  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1384  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  36.03 
 
 
287 aa  176  3e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.675621  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1199  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  36.03 
 
 
287 aa  176  5e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0530325  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0659  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  34.32 
 
 
289 aa  170  2e-41  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.102908  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2071  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  43.5 
 
 
258 aa  170  4e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0923  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  41.79 
 
 
284 aa  169  6e-41  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.318929  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2481  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  38.38 
 
 
275 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0575744  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3478  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  38.38 
 
 
275 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0401  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  38.38 
 
 
275 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.46828  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1261  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  38.38 
 
 
275 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3443  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  38.38 
 
 
275 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3481  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  38.38 
 
 
275 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.959289  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3304  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  38.38 
 
 
275 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2713  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  44.98 
 
 
259 aa  164  2.0000000000000002e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.790129 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4616  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  39.86 
 
 
285 aa  162  7e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2609  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  37.58 
 
 
271 aa  162  7e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.104969 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1444  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  37.14 
 
 
267 aa  161  1e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00000534867  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1801  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  38.38 
 
 
273 aa  161  1e-38  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.293438 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0190  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  38.75 
 
 
272 aa  160  2e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000350723  hitchhiker  0.00632845 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1586  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  40.79 
 
 
276 aa  159  5e-38  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  hitchhiker  0.00897859 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1184  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  38.27 
 
 
275 aa  159  8e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5082  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  40.21 
 
 
274 aa  158  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0143  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  38.55 
 
 
275 aa  158  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0527  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  38.55 
 
 
275 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0626  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  38.55 
 
 
275 aa  158  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.260961  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0594  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  38.18 
 
 
275 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.165873 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0551  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  38.55 
 
 
275 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.771334  normal  0.817763 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2759  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  38.18 
 
 
275 aa  157  3e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.499942 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3069  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  37.37 
 
 
276 aa  156  4e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.201112  hitchhiker  0.00274028 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4058  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  39.71 
 
 
306 aa  156  5.0000000000000005e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.186048  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3403  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  39.71 
 
 
288 aa  155  7e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.57419  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1404  orotidine 5'-phosphate decarboxylase subfamily protein  43.8 
 
 
273 aa  155  1e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0347031  normal  0.651323 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4349  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  37.29 
 
 
272 aa  154  1e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0751763  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3450  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  36.43 
 
 
270 aa  154  2e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.799758  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2851  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  37.29 
 
 
302 aa  154  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3708  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  38.18 
 
 
275 aa  154  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0899629  normal  0.412867 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3404  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  37.82 
 
 
271 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0610032  normal  0.088058 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3843  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  40.43 
 
 
282 aa  152  5e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.181506  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3625  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  39.52 
 
 
278 aa  152  5e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.313315  normal  0.3554 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0552  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  37.82 
 
 
271 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.655653 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3050  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  38.3 
 
 
272 aa  150  2e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0825  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  37.28 
 
 
274 aa  150  3e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3776  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  39.73 
 
 
287 aa  149  6e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2322  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  34.59 
 
 
273 aa  149  6e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0824  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  37.91 
 
 
275 aa  149  7e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2608  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  37.46 
 
 
283 aa  149  9e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.23667  normal  0.693787 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2433  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  38.38 
 
 
273 aa  148  1.0000000000000001e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.716353  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3018  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  37.46 
 
 
271 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.397504 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0219  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  37.28 
 
 
281 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1801  orotidine 5-phosphate decarboxylase protein  43.65 
 
 
299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.291497  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0012  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  37.32 
 
 
270 aa  145  6e-34  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.50788  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0073  orotidine 5'-monophosphate decarboxylase  36.06 
 
 
276 aa  145  7.0000000000000006e-34  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_12  orotidine 5-prime-phosphate decarboxylase  37.58 
 
 
270 aa  145  9e-34  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4696  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  37.55 
 
 
274 aa  145  1e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3000  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  39.63 
 
 
286 aa  145  1e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.137742 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2773  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  37.1 
 
 
288 aa  144  2e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.350308 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1859  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  38.61 
 
 
278 aa  143  3e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3155  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  35.42 
 
 
303 aa  143  4e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.411945  hitchhiker  0.000202795 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1852  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  38.61 
 
 
278 aa  143  4e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.98903  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13603  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  33.92 
 
 
274 aa  143  5e-33  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0783  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  30.34 
 
 
287 aa  142  6e-33  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0013  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  36.73 
 
 
270 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4108  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  37.46 
 
 
284 aa  140  1.9999999999999998e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000980823 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4272  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  39.18 
 
 
279 aa  140  3e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.279827  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2039  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  39.03 
 
 
282 aa  139  7.999999999999999e-32  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.579938  normal  0.0142296 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0240  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  36.24 
 
 
281 aa  139  8.999999999999999e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14780  orotidine 5'-phosphate decarboxylase, subfamily 2  36.13 
 
 
279 aa  138  2e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18010  orotidine 5'-phosphate decarboxylase, subfamily 2  37.5 
 
 
308 aa  138  2e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0200906  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1713  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  39.92 
 
 
286 aa  137  3.0000000000000003e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0351669  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2966  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  34.18 
 
 
274 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12700  orotidine 5'-phosphate decarboxylase, subfamily 2  36.8 
 
 
286 aa  136  5e-31  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0173626  normal  0.0283065 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2261  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  37.09 
 
 
288 aa  134  9.999999999999999e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.691248  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1320  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  35.87 
 
 
296 aa  132  6e-30  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.382709  normal  0.267798 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0435  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  36.65 
 
 
279 aa  132  1.0000000000000001e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.514449  normal  0.571146 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1998  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  37.36 
 
 
290 aa  131  1.0000000000000001e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000649069 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2698  orotidine 5' phosphate decarboxylase  34.7 
 
 
274 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0183887  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1075  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  38.04 
 
 
274 aa  131  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1970  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  35.44 
 
 
272 aa  131  2.0000000000000002e-29  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0476362  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1293  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  36.06 
 
 
264 aa  130  3e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2407  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  37.17 
 
 
281 aa  128  1.0000000000000001e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1975  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  37.13 
 
 
272 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.568621  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0101  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  35.96 
 
 
274 aa  127  3e-28  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3742  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  38.71 
 
 
272 aa  127  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0768721 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1223  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  32.66 
 
 
264 aa  126  4.0000000000000003e-28  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.665288  normal  0.0822909 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2230  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  33.96 
 
 
274 aa  125  8.000000000000001e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.332513 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11414  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  38.15 
 
 
274 aa  123  4e-27  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000186652  normal  0.109947 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_56623  predicted protein  33.33 
 
 
513 aa  123  4e-27  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.329951  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2580  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  37.92 
 
 
270 aa  123  4e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0154092  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2665  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  38.4 
 
 
277 aa  123  5e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.907231  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>