136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5082 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_5082  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  100 
 
 
274 aa  557  1e-158  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3843  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  83.88 
 
 
282 aa  474  1e-133  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.181506  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4616  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  83.52 
 
 
285 aa  473  1e-132  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3776  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  76.41 
 
 
287 aa  443  1e-123  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4696  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  78.39 
 
 
274 aa  430  1e-119  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4058  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  81.67 
 
 
306 aa  422  1e-117  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.186048  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3403  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  81.27 
 
 
288 aa  419  1e-116  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.57419  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3625  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  73.74 
 
 
278 aa  411  1e-114  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.313315  normal  0.3554 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0824  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  77.95 
 
 
275 aa  410  1e-114  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4108  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  73.26 
 
 
284 aa  399  9.999999999999999e-111  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000980823 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1075  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  76.92 
 
 
274 aa  387  1e-107  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3450  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  64.21 
 
 
270 aa  344  1e-93  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.799758  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2609  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  63.1 
 
 
271 aa  338  8e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.104969 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0825  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  60.58 
 
 
274 aa  333  2e-90  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2759  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  64.36 
 
 
275 aa  332  6e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.499942 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2481  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  63.14 
 
 
275 aa  330  2e-89  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0575744  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3478  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  63.14 
 
 
275 aa  330  2e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3050  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  61.62 
 
 
272 aa  330  2e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0401  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  63.14 
 
 
275 aa  330  2e-89  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.46828  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1261  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  63.14 
 
 
275 aa  330  2e-89  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3443  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  63.14 
 
 
275 aa  330  2e-89  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3481  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  63.14 
 
 
275 aa  330  2e-89  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.959289  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3304  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  63.14 
 
 
275 aa  330  2e-89  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0219  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  59.85 
 
 
281 aa  330  2e-89  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3018  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  61.62 
 
 
271 aa  327  1.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.397504 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3708  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  62.91 
 
 
275 aa  326  2.0000000000000001e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0899629  normal  0.412867 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0594  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  62.91 
 
 
275 aa  326  3e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.165873 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0240  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  59.49 
 
 
281 aa  326  3e-88  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3404  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  64.47 
 
 
271 aa  326  3e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0610032  normal  0.088058 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0143  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  62.91 
 
 
275 aa  325  5e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0527  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  62.91 
 
 
275 aa  325  5e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0626  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  62.91 
 
 
275 aa  325  5e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.260961  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0551  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  62.91 
 
 
275 aa  325  5e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.771334  normal  0.817763 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2608  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  60.52 
 
 
283 aa  325  6e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.23667  normal  0.693787 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2773  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  60.89 
 
 
288 aa  322  3e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.350308 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0552  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  63.6 
 
 
271 aa  320  9.999999999999999e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.655653 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2851  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  60.15 
 
 
302 aa  320  1.9999999999999998e-86  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1184  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  62.41 
 
 
275 aa  316  3e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4349  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  54.21 
 
 
272 aa  263  2e-69  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0751763  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0190  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  51.28 
 
 
272 aa  256  2e-67  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000350723  hitchhiker  0.00632845 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1444  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  47.71 
 
 
267 aa  229  4e-59  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00000534867  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_12  orotidine 5-prime-phosphate decarboxylase  42.96 
 
 
270 aa  207  2e-52  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2203  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  45.02 
 
 
266 aa  205  5e-52  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1586  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  47.83 
 
 
276 aa  205  7e-52  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  hitchhiker  0.00897859 
 
 
-
 
NC_002936  DET0013  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  42.22 
 
 
270 aa  204  2e-51  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0923  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  46.88 
 
 
284 aa  197  2.0000000000000003e-49  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.318929  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1801  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  44.24 
 
 
273 aa  197  2.0000000000000003e-49  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.293438 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0197  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  43.82 
 
 
283 aa  197  2.0000000000000003e-49  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0012  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  41.61 
 
 
270 aa  195  8.000000000000001e-49  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.50788  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1293  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  42.34 
 
 
264 aa  192  3e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1975  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  44.64 
 
 
272 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.568621  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2322  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  39.06 
 
 
273 aa  187  1e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0435  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  43.97 
 
 
279 aa  186  3e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.514449  normal  0.571146 
 
 
-
 
NC_002950  PG0073  orotidine 5'-monophosphate decarboxylase  41.44 
 
 
276 aa  185  8e-46  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1970  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  38.91 
 
 
272 aa  181  1e-44  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0476362  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1223  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  43.75 
 
 
264 aa  181  1e-44  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.665288  normal  0.0822909 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3069  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  40.68 
 
 
276 aa  178  7e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.201112  hitchhiker  0.00274028 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2230  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  39.84 
 
 
274 aa  176  4e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.332513 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2966  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  38.02 
 
 
274 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13603  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  37.45 
 
 
274 aa  172  3.9999999999999995e-42  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2698  orotidine 5' phosphate decarboxylase  38 
 
 
274 aa  164  1.0000000000000001e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0183887  normal 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_56623  predicted protein  39.37 
 
 
513 aa  161  1e-38  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.329951  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0088  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  41.88 
 
 
279 aa  160  2e-38  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0082  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  37.4 
 
 
274 aa  159  3e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2677  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  40.08 
 
 
274 aa  158  8e-38  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2904  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  40.21 
 
 
320 aa  157  2e-37  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09390  Orotidine-5'-phosphate decarboxylase  36.22 
 
 
311 aa  155  9e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00166281  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0124  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  37.11 
 
 
274 aa  153  2e-36  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0006  orotidine 5'-phosphate decarboxylase subfamily protein  41 
 
 
280 aa  152  7e-36  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0101  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  34.07 
 
 
274 aa  152  7e-36  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1384  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  36.08 
 
 
287 aa  149  4e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.675621  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1199  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  36.43 
 
 
287 aa  148  9e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0530325  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2110  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  35.07 
 
 
300 aa  143  3e-33  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1671  bifunctional orotidine 5'-phosphate decarboxylase/orotate phosphoribosyltransferase protein  38.14 
 
 
482 aa  142  5e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0783  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  31.03 
 
 
287 aa  133  3e-30  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0659  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  34.02 
 
 
289 aa  133  3e-30  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.102908  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0079  orotidine 5'-phosphate decarboxylase subfamily protein  37.3 
 
 
274 aa  131  1.0000000000000001e-29  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.000192992  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1816  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  33.58 
 
 
307 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00211539  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0953  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  38.71 
 
 
359 aa  129  6e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0377509  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0882  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  33.55 
 
 
309 aa  129  6e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000000414792  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0957  bifunctional orotidine 5'-phosphate decarboxylase/orotate phosphoribosyltransferase protein  34.75 
 
 
477 aa  128  9.000000000000001e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.434428  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0531  Orotidine-5'-phosphate decarboxylase  34.28 
 
 
317 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1801  orotidine 5-phosphate decarboxylase protein  39.38 
 
 
299 aa  122  6e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.291497  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1377  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  28.16 
 
 
305 aa  122  7e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2347  bifunctional orotidine 5'-phosphate decarboxylase/orotate phosphoribosyltransferase protein  35.15 
 
 
479 aa  121  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.159703  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2296  bifunctional orotidine 5'-phosphate decarboxylase/orotate phosphoribosyltransferase protein  35.15 
 
 
479 aa  121  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12700  orotidine 5'-phosphate decarboxylase, subfamily 2  38.75 
 
 
286 aa  120  1.9999999999999998e-26  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0173626  normal  0.0283065 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0925  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  31.9 
 
 
347 aa  120  1.9999999999999998e-26  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1713  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  40.23 
 
 
286 aa  120  3e-26  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0351669  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18010  orotidine 5'-phosphate decarboxylase, subfamily 2  38.49 
 
 
308 aa  116  3.9999999999999997e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0200906  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2713  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  34.24 
 
 
259 aa  115  6e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.790129 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15600  orotidine 5'-phosphate decarboxylase, subfamily 2  37.45 
 
 
283 aa  115  7.999999999999999e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.321475  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2071  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  35.21 
 
 
258 aa  114  1.0000000000000001e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0951  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  29.81 
 
 
314 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0614  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  30.06 
 
 
312 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1998  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  36.13 
 
 
290 aa  113  3e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000649069 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3000  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  36.49 
 
 
286 aa  111  1.0000000000000001e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.137742 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2433  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  35.74 
 
 
273 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.716353  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1320  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  35.17 
 
 
296 aa  110  2.0000000000000002e-23  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.382709  normal  0.267798 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3742  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  37.59 
 
 
272 aa  110  4.0000000000000004e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0768721 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>