139 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3018 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_3018  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  100 
 
 
271 aa  556  1e-157  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.397504 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2608  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  97.79 
 
 
283 aa  547  1e-155  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.23667  normal  0.693787 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2773  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  93.73 
 
 
288 aa  528  1e-149  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.350308 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3050  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  84.5 
 
 
272 aa  481  1e-135  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2851  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  83.03 
 
 
302 aa  478  1e-134  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3450  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  74.07 
 
 
270 aa  417  9.999999999999999e-116  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.799758  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0552  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  73.61 
 
 
271 aa  409  1e-113  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.655653 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3404  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  73.13 
 
 
271 aa  404  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0610032  normal  0.088058 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2481  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  72.86 
 
 
275 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0575744  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3478  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  72.86 
 
 
275 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1184  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  74.35 
 
 
275 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0401  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  72.86 
 
 
275 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.46828  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1261  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  72.86 
 
 
275 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3443  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  72.86 
 
 
275 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3481  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  72.86 
 
 
275 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.959289  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3304  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  72.86 
 
 
275 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2759  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  73.06 
 
 
275 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.499942 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3708  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  71.96 
 
 
275 aa  395  1e-109  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0899629  normal  0.412867 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0143  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  71.96 
 
 
275 aa  395  1e-109  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0527  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  72.32 
 
 
275 aa  396  1e-109  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0626  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  71.96 
 
 
275 aa  395  1e-109  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.260961  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0594  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  72.32 
 
 
275 aa  396  1e-109  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.165873 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0551  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  72.32 
 
 
275 aa  396  1e-109  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.771334  normal  0.817763 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2609  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  68.54 
 
 
271 aa  388  1e-107  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.104969 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0219  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  68.66 
 
 
281 aa  379  1e-104  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0825  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  67.88 
 
 
274 aa  380  1e-104  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0240  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  67.77 
 
 
281 aa  375  1e-103  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4108  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  64.1 
 
 
284 aa  349  3e-95  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000980823 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3625  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  61.87 
 
 
278 aa  339  2.9999999999999998e-92  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.313315  normal  0.3554 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4616  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  60.95 
 
 
285 aa  332  5e-90  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3843  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  61.68 
 
 
282 aa  331  9e-90  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.181506  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3776  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  60.35 
 
 
287 aa  330  1e-89  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5082  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  61.62 
 
 
274 aa  327  1.0000000000000001e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4696  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  62.04 
 
 
274 aa  325  5e-88  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4058  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  63.75 
 
 
306 aa  321  7e-87  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.186048  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3403  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  64 
 
 
288 aa  320  9.999999999999999e-87  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.57419  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0824  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  60.78 
 
 
275 aa  310  2e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1075  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  61.29 
 
 
274 aa  281  1e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0190  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  54.07 
 
 
272 aa  272  5.000000000000001e-72  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000350723  hitchhiker  0.00632845 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4349  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  53.33 
 
 
272 aa  265  7e-70  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0751763  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1444  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  50 
 
 
267 aa  248  1e-64  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00000534867  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_12  orotidine 5-prime-phosphate decarboxylase  44.53 
 
 
270 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2322  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  45.28 
 
 
273 aa  233  3e-60  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0013  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  43.68 
 
 
270 aa  229  3e-59  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2203  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  47.81 
 
 
266 aa  229  3e-59  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0012  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  43.84 
 
 
270 aa  227  2e-58  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.50788  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1586  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  47.35 
 
 
276 aa  223  2e-57  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  hitchhiker  0.00897859 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1293  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  47.08 
 
 
264 aa  220  1.9999999999999999e-56  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1801  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  46.26 
 
 
273 aa  219  3.9999999999999997e-56  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.293438 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0197  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  46.24 
 
 
283 aa  219  5e-56  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0923  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  48.05 
 
 
284 aa  213  3.9999999999999995e-54  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.318929  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13603  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  42.28 
 
 
274 aa  209  4e-53  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0073  orotidine 5'-monophosphate decarboxylase  43.03 
 
 
276 aa  202  6e-51  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1970  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  40.37 
 
 
272 aa  199  6e-50  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0476362  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1975  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  45.79 
 
 
272 aa  195  9e-49  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.568621  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2698  orotidine 5' phosphate decarboxylase  41.77 
 
 
274 aa  187  1e-46  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0183887  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2966  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  39.69 
 
 
274 aa  185  8e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2230  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  39.3 
 
 
274 aa  183  2.0000000000000003e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.332513 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3069  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  39.93 
 
 
276 aa  182  6e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.201112  hitchhiker  0.00274028 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2677  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  40.87 
 
 
274 aa  179  2.9999999999999997e-44  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1199  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  39.07 
 
 
287 aa  179  5.999999999999999e-44  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0530325  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0435  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  40.7 
 
 
279 aa  179  5.999999999999999e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.514449  normal  0.571146 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1384  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  38.03 
 
 
287 aa  176  4e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.675621  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0082  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  40.51 
 
 
274 aa  176  4e-43  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1223  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  41.18 
 
 
264 aa  175  9e-43  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.665288  normal  0.0822909 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0088  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  40.32 
 
 
279 aa  173  2.9999999999999996e-42  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0006  orotidine 5'-phosphate decarboxylase subfamily protein  41.67 
 
 
280 aa  171  1e-41  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0124  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  37.4 
 
 
274 aa  165  8e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0101  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  35.94 
 
 
274 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09390  Orotidine-5'-phosphate decarboxylase  34.64 
 
 
311 aa  161  9e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00166281  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1671  bifunctional orotidine 5'-phosphate decarboxylase/orotate phosphoribosyltransferase protein  33.33 
 
 
482 aa  160  3e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0079  orotidine 5'-phosphate decarboxylase subfamily protein  40.6 
 
 
274 aa  159  5e-38  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.000192992  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2110  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  35.96 
 
 
300 aa  157  2e-37  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0783  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  34.72 
 
 
287 aa  155  7e-37  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2347  bifunctional orotidine 5'-phosphate decarboxylase/orotate phosphoribosyltransferase protein  35 
 
 
479 aa  155  8e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.159703  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2296  bifunctional orotidine 5'-phosphate decarboxylase/orotate phosphoribosyltransferase protein  35 
 
 
479 aa  155  8e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0957  bifunctional orotidine 5'-phosphate decarboxylase/orotate phosphoribosyltransferase protein  31.87 
 
 
477 aa  154  1e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.434428  normal 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_56623  predicted protein  39.5 
 
 
513 aa  154  1e-36  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.329951  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0882  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  33.77 
 
 
309 aa  150  2e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000000414792  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0659  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  36.56 
 
 
289 aa  150  3e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.102908  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2904  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  37.1 
 
 
320 aa  147  2.0000000000000003e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1816  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  32.66 
 
 
307 aa  146  4.0000000000000006e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00211539  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0951  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  32.26 
 
 
314 aa  139  6e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1377  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  29.61 
 
 
305 aa  137  2e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0531  Orotidine-5'-phosphate decarboxylase  34.29 
 
 
317 aa  132  5e-30  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0953  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  41.06 
 
 
359 aa  132  6.999999999999999e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0377509  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0925  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  32.61 
 
 
347 aa  132  9e-30  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0614  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  30.62 
 
 
312 aa  130  3e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2071  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  35.74 
 
 
258 aa  126  3e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2713  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  35.2 
 
 
259 aa  125  6e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.790129 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3000  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  41.18 
 
 
286 aa  125  9e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.137742 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3742  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  37.78 
 
 
272 aa  117  9.999999999999999e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0768721 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1320  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  35.93 
 
 
296 aa  116  3e-25  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.382709  normal  0.267798 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2665  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  38.7 
 
 
277 aa  116  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.907231  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11414  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  40.95 
 
 
274 aa  116  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000186652  normal  0.109947 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5240  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  35.66 
 
 
272 aa  110  3e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2261  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  37.8 
 
 
288 aa  108  8.000000000000001e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.691248  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4272  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  36.06 
 
 
279 aa  108  8.000000000000001e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.279827  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12700  orotidine 5'-phosphate decarboxylase, subfamily 2  38.2 
 
 
286 aa  108  9.000000000000001e-23  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0173626  normal  0.0283065 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2580  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  37.55 
 
 
270 aa  108  9.000000000000001e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0154092  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>