136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_4108 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_4108  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  100 
 
 
284 aa  576  1.0000000000000001e-163  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000980823 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3625  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  78.78 
 
 
278 aa  434  1e-120  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.313315  normal  0.3554 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3843  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  75 
 
 
282 aa  415  9.999999999999999e-116  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.181506  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4616  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  73.74 
 
 
285 aa  411  1e-114  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3776  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  72.89 
 
 
287 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5082  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  73.12 
 
 
274 aa  406  1.0000000000000001e-112  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4696  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  75.54 
 
 
274 aa  401  1e-111  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4058  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  75.36 
 
 
306 aa  390  1e-107  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.186048  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0824  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  72.24 
 
 
275 aa  390  1e-107  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3403  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  75.36 
 
 
288 aa  390  1e-107  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.57419  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3018  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  63.77 
 
 
271 aa  353  2e-96  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.397504 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3450  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  64.49 
 
 
270 aa  352  5e-96  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.799758  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1075  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  73.02 
 
 
274 aa  350  2e-95  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2608  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  62.32 
 
 
283 aa  346  3e-94  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.23667  normal  0.693787 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2851  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  61.96 
 
 
302 aa  343  2.9999999999999997e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2773  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  61.59 
 
 
288 aa  340  2e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.350308 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3050  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  61.96 
 
 
272 aa  338  4e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0825  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  61.01 
 
 
274 aa  338  4e-92  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2481  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  63.18 
 
 
275 aa  335  5.999999999999999e-91  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0575744  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3478  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  63.18 
 
 
275 aa  335  5.999999999999999e-91  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0401  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  63.18 
 
 
275 aa  335  5.999999999999999e-91  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.46828  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1261  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  63.18 
 
 
275 aa  335  5.999999999999999e-91  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3443  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  63.18 
 
 
275 aa  335  5.999999999999999e-91  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3481  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  63.18 
 
 
275 aa  335  5.999999999999999e-91  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.959289  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3304  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  63.18 
 
 
275 aa  335  5.999999999999999e-91  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3404  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  62.32 
 
 
271 aa  331  7.000000000000001e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0610032  normal  0.088058 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2759  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  61.87 
 
 
275 aa  326  2.0000000000000001e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.499942 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2609  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  59.42 
 
 
271 aa  325  5e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.104969 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3708  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  60.79 
 
 
275 aa  323  2e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0899629  normal  0.412867 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0143  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  61.15 
 
 
275 aa  323  2e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0626  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  61.15 
 
 
275 aa  323  2e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.260961  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0594  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  61.15 
 
 
275 aa  323  2e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.165873 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1184  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  62.82 
 
 
275 aa  322  5e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0219  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  58.06 
 
 
281 aa  321  9.000000000000001e-87  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0527  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  60.43 
 
 
275 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0551  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  60.43 
 
 
275 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.771334  normal  0.817763 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0552  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  60.36 
 
 
271 aa  317  1e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.655653 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0240  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  57.19 
 
 
281 aa  315  4e-85  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4349  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  53.57 
 
 
272 aa  249  3e-65  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0751763  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0190  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  50.71 
 
 
272 aa  244  9.999999999999999e-64  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000350723  hitchhiker  0.00632845 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1444  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  47.29 
 
 
267 aa  229  3e-59  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00000534867  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0013  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  40.58 
 
 
270 aa  210  2e-53  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_12  orotidine 5-prime-phosphate decarboxylase  41.52 
 
 
270 aa  206  3e-52  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0012  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  40.5 
 
 
270 aa  196  3e-49  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.50788  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1586  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  45.28 
 
 
276 aa  195  6e-49  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  hitchhiker  0.00897859 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1293  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  42.13 
 
 
264 aa  195  7e-49  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1801  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  44.91 
 
 
273 aa  195  8.000000000000001e-49  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.293438 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2322  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  38.69 
 
 
273 aa  195  9e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2203  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  43.17 
 
 
266 aa  194  2e-48  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0073  orotidine 5'-monophosphate decarboxylase  43.43 
 
 
276 aa  190  2e-47  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0923  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  45.1 
 
 
284 aa  190  2e-47  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.318929  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1970  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  39.08 
 
 
272 aa  187  2e-46  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0476362  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0435  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  44.36 
 
 
279 aa  185  6e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.514449  normal  0.571146 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0197  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  41.39 
 
 
283 aa  184  2.0000000000000003e-45  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2230  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  39.25 
 
 
274 aa  180  2e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.332513 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3069  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  38.87 
 
 
276 aa  177  2e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.201112  hitchhiker  0.00274028 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1223  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  42.14 
 
 
264 aa  175  7e-43  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.665288  normal  0.0822909 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0082  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  41.11 
 
 
274 aa  174  9.999999999999999e-43  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13603  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  36.5 
 
 
274 aa  174  1.9999999999999998e-42  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1975  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  42.5 
 
 
272 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.568621  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2698  orotidine 5' phosphate decarboxylase  39.69 
 
 
274 aa  171  1e-41  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0183887  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2966  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  39.1 
 
 
274 aa  170  2e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2677  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  38.11 
 
 
274 aa  170  3e-41  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0088  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  39.67 
 
 
279 aa  169  4e-41  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0124  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  37.15 
 
 
274 aa  168  7e-41  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0101  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  35.98 
 
 
274 aa  168  1e-40  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0006  orotidine 5'-phosphate decarboxylase subfamily protein  40.16 
 
 
280 aa  161  1e-38  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_56623  predicted protein  41.57 
 
 
513 aa  154  1e-36  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.329951  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1384  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  35.31 
 
 
287 aa  154  2e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.675621  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1199  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  34.97 
 
 
287 aa  153  2.9999999999999998e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0530325  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0079  orotidine 5'-phosphate decarboxylase subfamily protein  38.08 
 
 
274 aa  152  8e-36  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.000192992  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2110  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  35.19 
 
 
300 aa  148  1.0000000000000001e-34  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1671  bifunctional orotidine 5'-phosphate decarboxylase/orotate phosphoribosyltransferase protein  35.8 
 
 
482 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09390  Orotidine-5'-phosphate decarboxylase  33.54 
 
 
311 aa  145  7.0000000000000006e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00166281  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2904  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  37.46 
 
 
320 aa  140  1.9999999999999998e-32  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0783  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  32.67 
 
 
287 aa  140  3e-32  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0957  bifunctional orotidine 5'-phosphate decarboxylase/orotate phosphoribosyltransferase protein  33.05 
 
 
477 aa  133  3.9999999999999996e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.434428  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0659  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  32.63 
 
 
289 aa  132  9e-30  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.102908  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2347  bifunctional orotidine 5'-phosphate decarboxylase/orotate phosphoribosyltransferase protein  32.51 
 
 
479 aa  130  3e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.159703  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2296  bifunctional orotidine 5'-phosphate decarboxylase/orotate phosphoribosyltransferase protein  32.51 
 
 
479 aa  130  3e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1816  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  32.04 
 
 
307 aa  127  3e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00211539  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0882  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  32.81 
 
 
309 aa  126  4.0000000000000003e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000000414792  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1377  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  28.89 
 
 
305 aa  125  1e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0925  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  31.61 
 
 
347 aa  121  9.999999999999999e-27  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0531  Orotidine-5'-phosphate decarboxylase  36.33 
 
 
317 aa  120  3e-26  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2071  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  33.71 
 
 
258 aa  116  5e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0951  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  30.96 
 
 
314 aa  115  6e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2713  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  37.38 
 
 
259 aa  115  7.999999999999999e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.790129 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1801  orotidine 5-phosphate decarboxylase protein  34.46 
 
 
299 aa  112  5e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.291497  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0953  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  36.69 
 
 
359 aa  112  6e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0377509  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0614  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  29.5 
 
 
312 aa  112  8.000000000000001e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3000  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  37.46 
 
 
286 aa  106  4e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.137742 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18010  orotidine 5'-phosphate decarboxylase, subfamily 2  37.36 
 
 
308 aa  105  8e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0200906  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2261  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  38.33 
 
 
288 aa  105  9e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.691248  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5240  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  38.82 
 
 
272 aa  101  1e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2665  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  36.93 
 
 
277 aa  101  1e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.907231  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3742  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  36.81 
 
 
272 aa  101  1e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0768721 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15600  orotidine 5'-phosphate decarboxylase, subfamily 2  38.57 
 
 
283 aa  100  2e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.321475  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1998  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  37.5 
 
 
290 aa  100  2e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000649069 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11414  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  35.6 
 
 
274 aa  100  4e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000186652  normal  0.109947 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>