245 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2799 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_2799  ribosome-binding factor A  100 
 
 		 138 aa  275  1e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.285538  normal  0.747306 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3041  ribosome-binding factor A  73.33 
 
 		 135 aa  199  7e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.603703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0086  ribosome-binding factor A  71.54 
 
 		 131 aa  192  2e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.744834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2924  ribosome-binding factor A  68.15 
 
 		 165 aa  187  4e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.332986  normal  0.135151 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2768  ribosome-binding factor A  68.89 
 
 		 137 aa  187  5e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1106  ribosome-binding factor A  68.89 
 
 		 140 aa  186  8e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.811236  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4036  ribosome-binding factor A  62.96 
 
 		 143 aa  170  6.999999999999999e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3726  ribosome-binding factor A  56.93 
 
 		 142 aa  145  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.879451  normal  0.0692072 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2818  ribosome-binding factor A  55.8 
 
 		 145 aa  142  2e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.259467  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2922  ribosome-binding factor A  55.07 
 
 		 145 aa  139  9.999999999999999e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0301917  normal  0.0601013 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2696  ribosome-binding factor A  55.07 
 
 		 145 aa  139  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.674256 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2610  ribosome-binding factor A  55.04 
 
 		 139 aa  134  4e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4619  ribosome-binding factor A  56.2 
 
 		 135 aa  132  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.302767  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0058  ribosome-binding factor A  49.24 
 
 		 138 aa  124  5e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.649534  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1046  ribosome-binding factor A  49.62 
 
 		 141 aa  122  1e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.12886  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0230  ribosome-binding factor A  46.38 
 
 		 136 aa  120  5e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00202036  normal  0.436051 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0601  ribosome-binding factor A  47.76 
 
 		 135 aa  119  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0481  ribosome-binding factor A  50.41 
 
 		 137 aa  118  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.214856  normal  0.376721 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0292  ribosome-binding factor A  58.18 
 
 		 151 aa  117  6e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.887654  normal  0.0167928 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0032  ribosome-binding factor A  47.41 
 
 		 137 aa  115  1.9999999999999998e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3629  ribosome-binding factor A  49.28 
 
 		 140 aa  115  3e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.445652  normal  0.0497582 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0439  ribosome-binding factor A  46.32 
 
 		 137 aa  113  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0613  ribosome-binding factor A  48.03 
 
 		 136 aa  112  1.0000000000000001e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.440259  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2294  ribosome-binding factor A  45.38 
 
 		 155 aa  112  1.0000000000000001e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.121706 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0025  ribosome-binding factor A  48.03 
 
 		 146 aa  111  3e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.129398 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3046  ribosome-binding factor A  41.98 
 
 		 141 aa  104  4e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3931  ribosome-binding factor A  48.33 
 
 		 133 aa  102  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.627477  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3815  ribosome-binding factor A  46.67 
 
 		 132 aa  102  2e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.104911  normal  0.0213018 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0746  ribosome-binding factor A  42.52 
 
 		 150 aa  98.2  3e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.321784  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2166  ribosome-binding factor A  42.75 
 
 		 150 aa  97.4  5e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2078  ribosome-binding factor A  42.75 
 
 		 197 aa  97.4  6e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0263191  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2488  ribosome-binding factor A  41.86 
 
 		 135 aa  95.9  2e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.266682  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0170  ribosome-binding factor A  41.67 
 
 		 137 aa  95.5  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0610976  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2071  ribosome-binding factor A  45.16 
 
 		 145 aa  95.1  3e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.573719 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4066  ribosome-binding factor A  41.94 
 
 		 134 aa  94.4  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0038  ribosome-binding factor A  39.19 
 
 		 164 aa  94.4  5e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.623045  normal  0.446494 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3442  ribosome-binding factor A  41.94 
 
 		 134 aa  94  7e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.728771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3782  ribosome-binding factor A  43.65 
 
 		 164 aa  92  2e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0911878  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4386  ribosome-binding factor A  41.94 
 
 		 134 aa  89.7  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.4784 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0226  ribosome-binding factor A  41.04 
 
 		 140 aa  84  6e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.435446  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1255  ribosome-binding factor A  39.84 
 
 		 148 aa  77  0.00000000000008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1599  ribosome-binding factor A  43 
 
 		 119 aa  76.3  0.0000000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00660683  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0564  ribosome-binding factor A  43 
 
 		 119 aa  76.3  0.0000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3725  ribosome-binding factor A  37.1 
 
 		 123 aa  74.7  0.0000000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2815  ribosome-binding factor A  37.01 
 
 		 122 aa  67.4  0.00000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.473664  hitchhiker  0.00211169 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2119  ribosome-binding factor A  41.67 
 
 		 127 aa  67.4  0.00000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328304  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1947  ribosome-binding factor A  39.68 
 
 		 130 aa  67.4  0.00000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0382472 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1143  ribosome-binding factor A  41.59 
 
 		 122 aa  64.3  0.0000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.115087 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1232  ribosome-binding factor A  38.52 
 
 		 139 aa  63.9  0.0000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0340167  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1164  ribosome-binding factor A  39.85 
 
 		 138 aa  64.3  0.0000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.338865  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3223  ribosome-binding factor A  41.67 
 
 		 121 aa  63.9  0.0000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.275033 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1104  ribosome-binding factor A  39.85 
 
 		 138 aa  63.2  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0588249  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0990  ribosome-binding factor A  29.27 
 
 		 123 aa  62.4  0.000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.645083  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0319  ribosome-binding factor A  30.25 
 
 		 122 aa  61.6  0.000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1744  ribosome-binding factor A  41.12 
 
 		 157 aa  61.6  0.000000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.388944  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0370  ribosome-binding factor A  33.03 
 
 		 133 aa  60.5  0.000000008  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1230  ribosome-binding factor A  36.61 
 
 		 117 aa  60.5  0.000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.644207  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0982  ribosome-binding factor A  37.62 
 
 		 118 aa  58.5  0.00000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.385895  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0158  ribosome-binding factor A  32.84 
 
 		 140 aa  58.2  0.00000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_854  ribosome-binding factor A  37.62 
 
 		 118 aa  57.8  0.00000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000358033  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0726  ribosome-binding factor A  40.4 
 
 		 147 aa  57.4  0.00000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.237747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1956  ribosome-binding factor A  33.66 
 
 		 120 aa  55.8  0.0000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1210  ribosome-binding factor A  31.82 
 
 		 127 aa  55.8  0.0000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00755575  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2707  ribosome-binding factor A  33.68 
 
 		 128 aa  55.5  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.150572 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0873  ribosome-binding factor A  36.63 
 
 		 118 aa  54.7  0.0000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000231797  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1748  ribosome-binding factor A  37.6 
 
 		 126 aa  54.7  0.0000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0187668  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3849  ribosome-binding factor A  31.91 
 
 		 118 aa  54.3  0.0000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2463  ribosome-binding factor A  31.96 
 
 		 118 aa  54.3  0.0000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0350107  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1021  ribosome-binding factor A  30.97 
 
 		 132 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1477  ribosome-binding factor A  30.97 
 
 		 132 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1501  ribosome-binding factor A  30.97 
 
 		 132 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.236636  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  32.74 
 
 		 127 aa  53.9  0.0000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0909  ribosome-binding factor A  36.94 
 
 		 121 aa  54.3  0.0000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07850  ribosome-binding factor A  31.31 
 
 		 122 aa  54.3  0.0000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1304  ribosome-binding factor A  29.09 
 
 		 119 aa  54.3  0.0000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0293197  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0610  ribosome-binding factor A  31 
 
 		 128 aa  53.9  0.0000006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0012936  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3822  ribosome-binding factor A  31.96 
 
 		 118 aa  53.9  0.0000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.3299500000000005e-63 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3552  ribosome-binding factor A  31.91 
 
 		 118 aa  53.9  0.0000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3570  ribosome-binding factor A  31.91 
 
 		 118 aa  53.9  0.0000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2980  ribosome-binding factor A  29.09 
 
 		 119 aa  53.9  0.0000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.06185e-26 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1329  ribosome-binding factor A  35.64 
 
 		 156 aa  53.5  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00402989 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1069  ribosome-binding factor A  27.88 
 
 		 130 aa  53.5  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3662  ribosome-binding factor A  31.91 
 
 		 118 aa  53.1  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118279  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0070  ribosome-binding factor A  30.66 
 
 		 134 aa  53.1  0.000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.196892  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0696  ribosome-binding factor A  34.68 
 
 		 124 aa  53.1  0.000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146266  normal  0.222032 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3948  ribosome-binding factor A  31.91 
 
 		 118 aa  53.1  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1633  ribosome-binding factor A  31.9 
 
 		 121 aa  52.8  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.100642  hitchhiker  0.000771704 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0998  ribosome-binding factor A  32.03 
 
 		 126 aa  53.1  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00108919  normal  0.25507 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0818  ribosome-binding factor A  30 
 
 		 133 aa  53.5  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0100863 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1644  ribosome-binding factor A  26.53 
 
 		 119 aa  52.8  0.000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3858  ribosome-binding factor A  30.93 
 
 		 118 aa  52.8  0.000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000036841  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2451  ribosome-binding factor A  35.35 
 
 		 123 aa  52  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0315755  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1587  ribosome-binding factor A  30.91 
 
 		 118 aa  52.4  0.000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00540002  normal  0.129345 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0068  ribosome-binding factor A  37.14 
 
 		 125 aa  52.8  0.000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00108757  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3073  ribosome-binding factor A  36.73 
 
 		 131 aa  52.8  0.000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.729556  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0075  ribosome-binding factor A  29.93 
 
 		 134 aa  52.4  0.000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.122288  normal  0.845154 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2773  ribosome-binding factor A  29.73 
 
 		 136 aa  52.4  0.000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1413  ribosome-binding factor A  39.08 
 
 		 122 aa  52.8  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1383  ribosome-binding factor A  30.09 
 
 		 132 aa  52.4  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1423  ribosome-binding factor A  30.09 
 
 		 132 aa  52.4  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.02264 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>