174 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_1106 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_1106  ribosome-binding factor A  100 
 
 		 140 aa  282  1.0000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.811236  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2768  ribosome-binding factor A  97.81 
 
 		 137 aa  271  2.0000000000000002e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2924  ribosome-binding factor A  93.57 
 
 		 165 aa  266  5e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.332986  normal  0.135151 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2799  ribosome-binding factor A  68.89 
 
 		 138 aa  186  8e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.285538  normal  0.747306 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0086  ribosome-binding factor A  64.29 
 
 		 131 aa  171  3.9999999999999995e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.744834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3041  ribosome-binding factor A  64 
 
 		 135 aa  167  3e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.603703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4036  ribosome-binding factor A  57.48 
 
 		 143 aa  146  9e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3726  ribosome-binding factor A  54.62 
 
 		 142 aa  136  1e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.879451  normal  0.0692072 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2818  ribosome-binding factor A  49.64 
 
 		 145 aa  133  8e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.259467  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2922  ribosome-binding factor A  49.64 
 
 		 145 aa  132  9.999999999999999e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0301917  normal  0.0601013 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2696  ribosome-binding factor A  49.64 
 
 		 145 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.674256 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2610  ribosome-binding factor A  52.34 
 
 		 139 aa  131  3e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4619  ribosome-binding factor A  51.94 
 
 		 135 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.302767  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0058  ribosome-binding factor A  46.56 
 
 		 138 aa  125  3e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.649534  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0601  ribosome-binding factor A  49.61 
 
 		 135 aa  124  5e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1046  ribosome-binding factor A  50.41 
 
 		 141 aa  121  3e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.12886  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0481  ribosome-binding factor A  46.15 
 
 		 137 aa  120  5e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.214856  normal  0.376721 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0032  ribosome-binding factor A  47.29 
 
 		 137 aa  120  5e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0230  ribosome-binding factor A  45.86 
 
 		 136 aa  120  7e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00202036  normal  0.436051 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0292  ribosome-binding factor A  56.36 
 
 		 151 aa  120  9e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.887654  normal  0.0167928 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3629  ribosome-binding factor A  48.44 
 
 		 140 aa  118  1.9999999999999998e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.445652  normal  0.0497582 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0025  ribosome-binding factor A  46.51 
 
 		 146 aa  118  3e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.129398 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2294  ribosome-binding factor A  45.53 
 
 		 155 aa  114  3.9999999999999997e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.121706 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0439  ribosome-binding factor A  44.36 
 
 		 137 aa  113  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2166  ribosome-binding factor A  43.75 
 
 		 150 aa  106  9.000000000000001e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2078  ribosome-binding factor A  43.75 
 
 		 197 aa  106  1e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0263191  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0613  ribosome-binding factor A  41.18 
 
 		 136 aa  103  7e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.440259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3046  ribosome-binding factor A  42.14 
 
 		 141 aa  102  2e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3442  ribosome-binding factor A  45.24 
 
 		 134 aa  100  5e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.728771  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4066  ribosome-binding factor A  40.62 
 
 		 134 aa  100  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0170  ribosome-binding factor A  40.91 
 
 		 137 aa  99  2e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0610976  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3782  ribosome-binding factor A  43.7 
 
 		 164 aa  98.2  3e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0911878  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0746  ribosome-binding factor A  43.33 
 
 		 150 aa  98.6  3e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.321784  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2071  ribosome-binding factor A  44.72 
 
 		 145 aa  97.8  4e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.573719 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3815  ribosome-binding factor A  43.2 
 
 		 132 aa  95.5  2e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.104911  normal  0.0213018 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3931  ribosome-binding factor A  44.26 
 
 		 133 aa  94.4  5e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.627477  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4386  ribosome-binding factor A  39.84 
 
 		 134 aa  94  6e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.4784 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0226  ribosome-binding factor A  43.8 
 
 		 140 aa  92.8  1e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.435446  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0038  ribosome-binding factor A  37.58 
 
 		 164 aa  89.7  1e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.623045  normal  0.446494 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2488  ribosome-binding factor A  36.43 
 
 		 135 aa  84.7  4e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.266682  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1255  ribosome-binding factor A  42.98 
 
 		 148 aa  82.4  0.000000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3725  ribosome-binding factor A  39.42 
 
 		 123 aa  69.3  0.00000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1599  ribosome-binding factor A  40 
 
 		 119 aa  68.2  0.00000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00660683  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0564  ribosome-binding factor A  40 
 
 		 119 aa  68.2  0.00000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2119  ribosome-binding factor A  36.89 
 
 		 127 aa  63.2  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328304  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0319  ribosome-binding factor A  30.95 
 
 		 122 aa  62.8  0.000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1947  ribosome-binding factor A  39.66 
 
 		 130 aa  62.4  0.000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0382472 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2815  ribosome-binding factor A  37.63 
 
 		 122 aa  60.1  0.000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.473664  hitchhiker  0.00211169 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0990  ribosome-binding factor A  34.65 
 
 		 123 aa  59.3  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.645083  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3849  ribosome-binding factor A  34.02 
 
 		 118 aa  57.8  0.00000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1748  ribosome-binding factor A  41 
 
 		 126 aa  57.8  0.00000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0187668  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2463  ribosome-binding factor A  34.02 
 
 		 118 aa  57.8  0.00000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0350107  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3552  ribosome-binding factor A  34.02 
 
 		 118 aa  57.4  0.00000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3570  ribosome-binding factor A  34.02 
 
 		 118 aa  57.4  0.00000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3822  ribosome-binding factor A  34.02 
 
 		 118 aa  57.4  0.00000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.3299500000000005e-63 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3662  ribosome-binding factor A  34.02 
 
 		 118 aa  56.6  0.0000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118279  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3948  ribosome-binding factor A  34.02 
 
 		 118 aa  56.6  0.0000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0818  ribosome-binding factor A  33.61 
 
 		 119 aa  56.6  0.0000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3858  ribosome-binding factor A  32.99 
 
 		 118 aa  56.2  0.0000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000036841  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1230  ribosome-binding factor A  33.93 
 
 		 117 aa  55.8  0.0000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.644207  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1335  ribosome-binding factor A  32.99 
 
 		 118 aa  55.1  0.0000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0231832  hitchhiker  0.00144693 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3633  ribosome-binding factor A  32.99 
 
 		 118 aa  55.1  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0539851  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3073  ribosome-binding factor A  35.71 
 
 		 131 aa  55.5  0.0000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.729556  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3909  ribosome-binding factor A  32.99 
 
 		 118 aa  55.1  0.0000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  33.67 
 
 		 127 aa  55.1  0.0000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1744  ribosome-binding factor A  37.38 
 
 		 157 aa  54.3  0.0000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.388944  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1413  ribosome-binding factor A  40 
 
 		 122 aa  54.3  0.0000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1356  ribosome-binding factor A  29.46 
 
 		 116 aa  54.3  0.0000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.348543  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1164  ribosome-binding factor A  34.96 
 
 		 138 aa  54.3  0.0000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.338865  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1232  ribosome-binding factor A  34.96 
 
 		 139 aa  54.3  0.0000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0340167  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1330  ribosome-binding factor A  29.46 
 
 		 130 aa  53.9  0.0000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.285304  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0909  ribosome-binding factor A  35.42 
 
 		 121 aa  53.9  0.0000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0998  ribosome-binding factor A  32.43 
 
 		 126 aa  53.1  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00108919  normal  0.25507 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07850  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 122 aa  53.5  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0780  ribosome-binding factor A  32.67 
 
 		 133 aa  52  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000489115  normal  0.0558247 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1104  ribosome-binding factor A  36.11 
 
 		 138 aa  52  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0588249  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1436  ribosome-binding factor A  35.42 
 
 		 118 aa  52.4  0.000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.349731  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0070  ribosome-binding factor A  34.26 
 
 		 134 aa  52  0.000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.196892  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4166  ribosome-binding factor A  28.91 
 
 		 127 aa  52  0.000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.00000106795  hitchhiker  0.00000000804111 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1143  ribosome-binding factor A  36.04 
 
 		 122 aa  51.6  0.000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.115087 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0075  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 134 aa  51.6  0.000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.122288  normal  0.845154 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3033  ribosome-binding factor A  34.02 
 
 		 129 aa  51.6  0.000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000370905  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3223  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 121 aa  51.6  0.000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.275033 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0837  ribosome-binding factor A  29.36 
 
 		 116 aa  50.8  0.000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1157  ribosome-binding factor A  30.61 
 
 		 126 aa  51.2  0.000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000826248  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5461  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 128 aa  50.8  0.000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.74875  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0982  ribosome-binding factor A  31.68 
 
 		 118 aa  50.8  0.000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.385895  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11490  ribosome-binding factor A  36.26 
 
 		 143 aa  50.8  0.000006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0871158  normal  0.911894 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1069  ribosome-binding factor A  25.71 
 
 		 130 aa  50.8  0.000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1304  ribosome-binding factor A  29.29 
 
 		 119 aa  50.4  0.000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0293197  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0158  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 140 aa  50.8  0.000007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0477  ribosome-binding factor A  30 
 
 		 126 aa  50.4  0.000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00670849  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2980  ribosome-binding factor A  29.29 
 
 		 119 aa  50.1  0.000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.06185e-26 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0901  hypothetical protein  30.61 
 
 		 122 aa  50.4  0.000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1028  ribosome-binding factor A  30.77 
 
 		 129 aa  50.1  0.000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0189385  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4489  ribosome-binding factor A  32.67 
 
 		 138 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0856583  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1661  ribosome-binding factor A  32.29 
 
 		 121 aa  49.7  0.00001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.661527  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1051  ribosome-binding factor A  27.78 
 
 		 122 aa  49.7  0.00001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000570949  hitchhiker  0.000000154001 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0068  ribosome-binding factor A  36.46 
 
 		 125 aa  50.1  0.00001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00108757  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0964  ribosome-binding factor A  27.55 
 
 		 122 aa  48.9  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.404033  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>