221 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_0613 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_0613  ribosome-binding factor A  100 
 
 		 136 aa  273  8e-73  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.440259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3815  ribosome-binding factor A  78.12 
 
 		 132 aa  202  1e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.104911  normal  0.0213018 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2488  ribosome-binding factor A  71.43 
 
 		 135 aa  186  1e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.266682  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2610  ribosome-binding factor A  52.21 
 
 		 139 aa  139  9e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2818  ribosome-binding factor A  51.49 
 
 		 145 aa  135  2e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.259467  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3726  ribosome-binding factor A  51.85 
 
 		 142 aa  134  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.879451  normal  0.0692072 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4619  ribosome-binding factor A  50.74 
 
 		 135 aa  134  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.302767  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2922  ribosome-binding factor A  49.64 
 
 		 145 aa  132  9.999999999999999e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0301917  normal  0.0601013 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0439  ribosome-binding factor A  50.38 
 
 		 137 aa  132  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0601  ribosome-binding factor A  52.71 
 
 		 135 aa  131  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2696  ribosome-binding factor A  49.64 
 
 		 145 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.674256 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0481  ribosome-binding factor A  51.59 
 
 		 137 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.214856  normal  0.376721 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0230  ribosome-binding factor A  52.71 
 
 		 136 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00202036  normal  0.436051 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0292  ribosome-binding factor A  54.7 
 
 		 151 aa  126  8.000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.887654  normal  0.0167928 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0746  ribosome-binding factor A  50.77 
 
 		 150 aa  125  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.321784  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0058  ribosome-binding factor A  48.41 
 
 		 138 aa  125  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.649534  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0032  ribosome-binding factor A  49.19 
 
 		 137 aa  120  6e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1046  ribosome-binding factor A  47.24 
 
 		 141 aa  120  7e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.12886  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2166  ribosome-binding factor A  49.59 
 
 		 150 aa  118  1.9999999999999998e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2078  ribosome-binding factor A  50 
 
 		 197 aa  118  1.9999999999999998e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0263191  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0025  ribosome-binding factor A  49.61 
 
 		 146 aa  117  3.9999999999999996e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.129398 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4066  ribosome-binding factor A  44.88 
 
 		 134 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3782  ribosome-binding factor A  48.39 
 
 		 164 aa  113  1.0000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0911878  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2799  ribosome-binding factor A  48.03 
 
 		 138 aa  112  1.0000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.285538  normal  0.747306 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2294  ribosome-binding factor A  44.44 
 
 		 155 aa  110  9e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.121706 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0170  ribosome-binding factor A  44.36 
 
 		 137 aa  109  1.0000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0610976  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4386  ribosome-binding factor A  42.52 
 
 		 134 aa  108  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.4784 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3931  ribosome-binding factor A  49.17 
 
 		 133 aa  108  3e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.627477  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3442  ribosome-binding factor A  43.65 
 
 		 134 aa  107  5e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.728771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3629  ribosome-binding factor A  46.03 
 
 		 140 aa  105  2e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.445652  normal  0.0497582 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0086  ribosome-binding factor A  45.83 
 
 		 131 aa  104  3e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.744834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0226  ribosome-binding factor A  46.03 
 
 		 140 aa  104  4e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.435446  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3046  ribosome-binding factor A  45.19 
 
 		 141 aa  103  6e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1106  ribosome-binding factor A  41.18 
 
 		 140 aa  103  7e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.811236  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2924  ribosome-binding factor A  40.44 
 
 		 165 aa  102  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.332986  normal  0.135151 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2768  ribosome-binding factor A  40.44 
 
 		 137 aa  102  3e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1255  ribosome-binding factor A  45.8 
 
 		 148 aa  99  2e-20  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3041  ribosome-binding factor A  42.74 
 
 		 135 aa  97.1  7e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.603703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2071  ribosome-binding factor A  40.98 
 
 		 145 aa  94.4  5e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.573719 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4036  ribosome-binding factor A  41.09 
 
 		 143 aa  93.6  9e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0038  ribosome-binding factor A  38.41 
 
 		 164 aa  93.2  1e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.623045  normal  0.446494 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3223  ribosome-binding factor A  45.38 
 
 		 121 aa  75.9  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.275033 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1939  ribosome-binding factor A  37.61 
 
 		 116 aa  70.9  0.000000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1657  ribosome-binding factor A  37.61 
 
 		 116 aa  70.9  0.000000000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1232  ribosome-binding factor A  38.6 
 
 		 139 aa  67.8  0.00000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0340167  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1052  ribosome-binding factor A  32.46 
 
 		 132 aa  67.8  0.00000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000164371  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1164  ribosome-binding factor A  38.6 
 
 		 138 aa  67.8  0.00000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.338865  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0458  ribosome-binding factor A  31.25 
 
 		 117 aa  66.6  0.0000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1104  ribosome-binding factor A  37.72 
 
 		 138 aa  66.6  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0588249  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1143  ribosome-binding factor A  35.14 
 
 		 122 aa  66.6  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.115087 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4927  ribosome-binding factor A  32.26 
 
 		 132 aa  66.2  0.0000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.128531  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3725  ribosome-binding factor A  32.41 
 
 		 123 aa  65.1  0.0000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 127 aa  63.2  0.000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0909  ribosome-binding factor A  38.39 
 
 		 121 aa  63.5  0.000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1445  ribosome-binding factor A  31.93 
 
 		 131 aa  63.2  0.000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000145103  normal  0.2265 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1304  ribosome-binding factor A  31.3 
 
 		 119 aa  62.8  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0293197  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0990  ribosome-binding factor A  27.27 
 
 		 123 aa  62  0.000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.645083  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2980  ribosome-binding factor A  30.43 
 
 		 119 aa  61.2  0.000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.06185e-26 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0838  ribosome-binding factor A  32.71 
 
 		 134 aa  61.2  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.102995 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1217  ribosome-binding factor A  32.74 
 
 		 128 aa  61.6  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1247  ribosome-binding factor A  32.74 
 
 		 128 aa  61.6  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0254008 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0927  ribosome-binding factor A  34.78 
 
 		 119 aa  60.8  0.000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.100451  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2665  ribosome-binding factor A  30.51 
 
 		 133 aa  60.1  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0640591  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2895  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 137 aa  60.1  0.00000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.437558  normal  0.0229957 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1157  ribosome-binding factor A  31.53 
 
 		 126 aa  59.3  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000826248  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1599  ribosome-binding factor A  35.19 
 
 		 119 aa  59.3  0.00000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00660683  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1587  ribosome-binding factor A  28.97 
 
 		 118 aa  58.9  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00540002  normal  0.129345 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07020  ribosome-binding factor A  37.17 
 
 		 148 aa  58.9  0.00000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0564  ribosome-binding factor A  35.19 
 
 		 119 aa  59.3  0.00000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1947  ribosome-binding factor A  35.19 
 
 		 130 aa  58.9  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0382472 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2815  ribosome-binding factor A  37.27 
 
 		 122 aa  58.9  0.00000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.473664  hitchhiker  0.00211169 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3849  ribosome-binding factor A  33.94 
 
 		 118 aa  57.8  0.00000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1693  ribosome-binding factor A  33.64 
 
 		 141 aa  57.4  0.00000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0101873  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07850  ribosome-binding factor A  32.14 
 
 		 122 aa  57.4  0.00000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2463  ribosome-binding factor A  33.94 
 
 		 118 aa  57.4  0.00000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0350107  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3552  ribosome-binding factor A  33.94 
 
 		 118 aa  57  0.00000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3570  ribosome-binding factor A  33.94 
 
 		 118 aa  57  0.00000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3822  ribosome-binding factor A  33.94 
 
 		 118 aa  57  0.00000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.3299500000000005e-63 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3662  ribosome-binding factor A  33.94 
 
 		 118 aa  56.2  0.0000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118279  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4876  ribosome-binding factor A  31.58 
 
 		 127 aa  56.6  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.26776 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3948  ribosome-binding factor A  33.94 
 
 		 118 aa  56.2  0.0000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0610  ribosome-binding factor A  29.27 
 
 		 128 aa  56.6  0.0000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0012936  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1413  ribosome-binding factor A  36.36 
 
 		 122 aa  56.6  0.0000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3858  ribosome-binding factor A  33.03 
 
 		 118 aa  56.6  0.0000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000036841  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1051  ribosome-binding factor A  34.23 
 
 		 122 aa  55.5  0.0000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000570949  hitchhiker  0.000000154001 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1748  ribosome-binding factor A  37.96 
 
 		 126 aa  55.5  0.0000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0187668  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01271  ribosome-binding factor A  29.63 
 
 		 130 aa  55.1  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3909  ribosome-binding factor A  33.03 
 
 		 118 aa  55.1  0.0000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1335  ribosome-binding factor A  33.03 
 
 		 118 aa  55.1  0.0000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0231832  hitchhiker  0.00144693 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3633  ribosome-binding factor A  33.03 
 
 		 118 aa  55.1  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0539851  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1869  ribosome-binding factor A  29.82 
 
 		 131 aa  55.5  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1589  ribosome-binding factor A  28.97 
 
 		 118 aa  54.7  0.0000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00426148  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3629  ribosome-binding factor A  36.36 
 
 		 133 aa  54.7  0.0000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0341  ribosome-binding factor A  29.63 
 
 		 134 aa  53.9  0.0000008  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1330  ribosome-binding factor A  28.69 
 
 		 130 aa  53.5  0.0000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.285304  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2350  ribosome-binding factor A  30.56 
 
 		 140 aa  53.1  0.000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.840269  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0837  ribosome-binding factor A  27.68 
 
 		 116 aa  52.4  0.000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1644  ribosome-binding factor A  29.11 
 
 		 119 aa  52.4  0.000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1557  ribosome-binding factor A  31.13 
 
 		 119 aa  52.4  0.000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000452845  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0726  ribosome-binding factor A  29.01 
 
 		 147 aa  52  0.000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.237747  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>