183 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3442 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3442  ribosome-binding factor A  100 
 
 		 134 aa  272  1.0000000000000001e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.728771  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4066  ribosome-binding factor A  82.84 
 
 		 134 aa  234  4e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4386  ribosome-binding factor A  81.34 
 
 		 134 aa  231  3e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.4784 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0170  ribosome-binding factor A  79.85 
 
 		 137 aa  221  2e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0610976  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2078  ribosome-binding factor A  72.13 
 
 		 197 aa  182  1.0000000000000001e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0263191  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0746  ribosome-binding factor A  68.22 
 
 		 150 aa  182  1.0000000000000001e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.321784  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2166  ribosome-binding factor A  72.13 
 
 		 150 aa  182  2.0000000000000003e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3931  ribosome-binding factor A  66.67 
 
 		 133 aa  167  4e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.627477  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1255  ribosome-binding factor A  56.25 
 
 		 148 aa  147  7e-35  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2818  ribosome-binding factor A  52.99 
 
 		 145 aa  135  1e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.259467  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2922  ribosome-binding factor A  51.49 
 
 		 145 aa  134  4e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0301917  normal  0.0601013 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2696  ribosome-binding factor A  51.49 
 
 		 145 aa  134  5e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.674256 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0439  ribosome-binding factor A  48.48 
 
 		 137 aa  130  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0292  ribosome-binding factor A  52.89 
 
 		 151 aa  131  3.9999999999999996e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.887654  normal  0.0167928 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1046  ribosome-binding factor A  52.03 
 
 		 141 aa  130  5e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.12886  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0230  ribosome-binding factor A  48.48 
 
 		 136 aa  130  5e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00202036  normal  0.436051 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0058  ribosome-binding factor A  49.23 
 
 		 138 aa  130  6.999999999999999e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.649534  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3726  ribosome-binding factor A  52.38 
 
 		 142 aa  130  7.999999999999999e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.879451  normal  0.0692072 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4619  ribosome-binding factor A  53.68 
 
 		 135 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.302767  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0032  ribosome-binding factor A  50.38 
 
 		 137 aa  128  3e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0601  ribosome-binding factor A  46.92 
 
 		 135 aa  126  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2610  ribosome-binding factor A  50.75 
 
 		 139 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2294  ribosome-binding factor A  50.83 
 
 		 155 aa  124  3e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.121706 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0481  ribosome-binding factor A  48.85 
 
 		 137 aa  124  5e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.214856  normal  0.376721 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0025  ribosome-binding factor A  50 
 
 		 146 aa  122  2e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.129398 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3046  ribosome-binding factor A  47.58 
 
 		 141 aa  120  7e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3629  ribosome-binding factor A  47.24 
 
 		 140 aa  109  1.0000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.445652  normal  0.0497582 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2071  ribosome-binding factor A  42.97 
 
 		 145 aa  107  4.0000000000000004e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.573719 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0613  ribosome-binding factor A  43.65 
 
 		 136 aa  107  5e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.440259  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3782  ribosome-binding factor A  40.94 
 
 		 164 aa  107  6e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0911878  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3815  ribosome-binding factor A  43.75 
 
 		 132 aa  107  6e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.104911  normal  0.0213018 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2924  ribosome-binding factor A  44.44 
 
 		 165 aa  101  4e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.332986  normal  0.135151 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0226  ribosome-binding factor A  40.46 
 
 		 140 aa  101  4e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.435446  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1106  ribosome-binding factor A  45.24 
 
 		 140 aa  100  5e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.811236  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2768  ribosome-binding factor A  44.44 
 
 		 137 aa  99.4  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4036  ribosome-binding factor A  40.44 
 
 		 143 aa  98.6  3e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3041  ribosome-binding factor A  40.91 
 
 		 135 aa  96.3  1e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.603703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0086  ribosome-binding factor A  40.46 
 
 		 131 aa  96.3  1e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.744834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2799  ribosome-binding factor A  41.94 
 
 		 138 aa  94  7e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.285538  normal  0.747306 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2488  ribosome-binding factor A  39.26 
 
 		 135 aa  92.4  2e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.266682  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0038  ribosome-binding factor A  35.33 
 
 		 164 aa  90.5  8e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.623045  normal  0.446494 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3725  ribosome-binding factor A  33.93 
 
 		 123 aa  72.8  0.000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1304  ribosome-binding factor A  36.28 
 
 		 119 aa  67  0.00000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0293197  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2980  ribosome-binding factor A  35.04 
 
 		 119 aa  65.5  0.0000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.06185e-26 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1902  ribosome-binding factor A  34.15 
 
 		 122 aa  65.1  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0066847  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0458  ribosome-binding factor A  36.36 
 
 		 117 aa  64.7  0.0000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1670  ribosome-binding factor A  37.82 
 
 		 123 aa  63.2  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.014786  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0990  ribosome-binding factor A  33.03 
 
 		 123 aa  63.2  0.000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.645083  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1124  ribosome-binding factor A  36.04 
 
 		 121 aa  62  0.000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.559774  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1947  ribosome-binding factor A  33.94 
 
 		 130 aa  60.8  0.000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0382472 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2665  ribosome-binding factor A  31.15 
 
 		 133 aa  60.8  0.000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0640591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1557  ribosome-binding factor A  35.85 
 
 		 119 aa  59.3  0.00000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000452845  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3033  ribosome-binding factor A  35.4 
 
 		 129 aa  59.3  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000370905  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1445  ribosome-binding factor A  29.03 
 
 		 131 aa  58.9  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000145103  normal  0.2265 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3849  ribosome-binding factor A  29.17 
 
 		 118 aa  58.5  0.00000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3858  ribosome-binding factor A  29.17 
 
 		 118 aa  58.5  0.00000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000036841  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2463  ribosome-binding factor A  29.17 
 
 		 118 aa  58.2  0.00000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0350107  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3552  ribosome-binding factor A  29.17 
 
 		 118 aa  58.2  0.00000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3570  ribosome-binding factor A  29.17 
 
 		 118 aa  58.2  0.00000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1051  ribosome-binding factor A  32.46 
 
 		 122 aa  58.2  0.00000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000570949  hitchhiker  0.000000154001 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3822  ribosome-binding factor A  29.17 
 
 		 118 aa  57.8  0.00000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.3299500000000005e-63 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3909  ribosome-binding factor A  30 
 
 		 118 aa  57.8  0.00000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0610  ribosome-binding factor A  31.82 
 
 		 128 aa  57.8  0.00000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0012936  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1335  ribosome-binding factor A  30 
 
 		 118 aa  57.8  0.00000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0231832  hitchhiker  0.00144693 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3633  ribosome-binding factor A  30 
 
 		 118 aa  57.8  0.00000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0539851  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26151  ribosome-binding factor A  31.67 
 
 		 142 aa  57.4  0.00000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.549053 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4876  ribosome-binding factor A  28.18 
 
 		 127 aa  57  0.00000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.26776 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3662  ribosome-binding factor A  29.17 
 
 		 118 aa  57  0.00000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118279  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3948  ribosome-binding factor A  29.17 
 
 		 118 aa  57  0.00000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3675  ribosome-binding factor A  30.65 
 
 		 125 aa  56.6  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0466  ribosome-binding factor A  32.73 
 
 		 115 aa  56.6  0.0000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1157  ribosome-binding factor A  30.28 
 
 		 126 aa  56.6  0.0000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000826248  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2350  ribosome-binding factor A  31.93 
 
 		 140 aa  56.2  0.0000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.840269  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0838  ribosome-binding factor A  30.71 
 
 		 134 aa  56.2  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.102995 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2119  ribosome-binding factor A  31.97 
 
 		 127 aa  55.5  0.0000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328304  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07850  ribosome-binding factor A  32.43 
 
 		 122 aa  55.8  0.0000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1748  ribosome-binding factor A  38.53 
 
 		 126 aa  55.8  0.0000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0187668  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1436  ribosome-binding factor A  34.55 
 
 		 118 aa  56.2  0.0000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.349731  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0341  ribosome-binding factor A  31.09 
 
 		 134 aa  55.5  0.0000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  30.28 
 
 		 127 aa  55.1  0.0000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0998  ribosome-binding factor A  27.78 
 
 		 126 aa  55.5  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00108919  normal  0.25507 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1939  ribosome-binding factor A  28.3 
 
 		 116 aa  55.1  0.0000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1657  ribosome-binding factor A  28.3 
 
 		 116 aa  55.1  0.0000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3851  ribosome-binding factor A  31.97 
 
 		 150 aa  55.5  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.258524  normal  0.192536 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0696  ribosome-binding factor A  29.27 
 
 		 124 aa  55.1  0.0000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146266  normal  0.222032 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4927  ribosome-binding factor A  28.69 
 
 		 132 aa  55.1  0.0000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.128531  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0964  ribosome-binding factor A  32.8 
 
 		 122 aa  54.3  0.0000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.404033  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1330  ribosome-binding factor A  29.66 
 
 		 130 aa  53.9  0.0000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.285304  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01261  ribosome-binding factor A  29.59 
 
 		 132 aa  53.9  0.0000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0310075  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0564  ribosome-binding factor A  29.57 
 
 		 114 aa  53.1  0.000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.203601  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0384  ribosome-binding factor A  32.48 
 
 		 117 aa  53.1  0.000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3347  ribosome-binding factor A  29.92 
 
 		 143 aa  53.1  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.319643  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3604  ribosome-binding factor A  33.64 
 
 		 133 aa  52.8  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0265365 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3474  ribosome-binding factor A  33.64 
 
 		 133 aa  53.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1210  ribosome-binding factor A  34.55 
 
 		 127 aa  52.4  0.000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00755575  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1247  ribosome-binding factor A  31.25 
 
 		 128 aa  52.4  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0254008 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0070  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 134 aa  52  0.000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.196892  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1217  ribosome-binding factor A  31.25 
 
 		 128 aa  52.4  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3580  ribosome-binding factor A  33.64 
 
 		 133 aa  52.4  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3543  ribosome-binding factor A  33.64 
 
 		 133 aa  52.4  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>