291 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_2696 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_2696  ribosome-binding factor A  100 
 
 		 145 aa  288  2e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.674256 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2922  ribosome-binding factor A  99.31 
 
 		 145 aa  285  1e-76  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0301917  normal  0.0601013 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2818  ribosome-binding factor A  95.86 
 
 		 145 aa  280  5.000000000000001e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.259467  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3726  ribosome-binding factor A  87.68 
 
 		 142 aa  238  2e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.879451  normal  0.0692072 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2610  ribosome-binding factor A  81.34 
 
 		 139 aa  219  9e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4619  ribosome-binding factor A  82.68 
 
 		 135 aa  214  4e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.302767  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0439  ribosome-binding factor A  67.42 
 
 		 137 aa  175  2e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0601  ribosome-binding factor A  66.4 
 
 		 135 aa  174  4e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0230  ribosome-binding factor A  64.62 
 
 		 136 aa  171  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00202036  normal  0.436051 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0058  ribosome-binding factor A  66.94 
 
 		 138 aa  171  3.9999999999999995e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.649534  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0032  ribosome-binding factor A  63.16 
 
 		 137 aa  168  2e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0025  ribosome-binding factor A  63.91 
 
 		 146 aa  164  4e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.129398 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0292  ribosome-binding factor A  64.46 
 
 		 151 aa  164  5e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.887654  normal  0.0167928 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1046  ribosome-binding factor A  59.09 
 
 		 141 aa  163  5.9999999999999996e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.12886  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0481  ribosome-binding factor A  63.49 
 
 		 137 aa  161  3e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.214856  normal  0.376721 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2294  ribosome-binding factor A  63.03 
 
 		 155 aa  159  1e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.121706 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2799  ribosome-binding factor A  55.07 
 
 		 138 aa  139  1.9999999999999998e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.285538  normal  0.747306 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2924  ribosome-binding factor A  51.82 
 
 		 165 aa  137  6e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.332986  normal  0.135151 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3442  ribosome-binding factor A  51.49 
 
 		 134 aa  134  5e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.728771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2768  ribosome-binding factor A  50.36 
 
 		 137 aa  133  6.0000000000000005e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3815  ribosome-binding factor A  52.34 
 
 		 132 aa  134  6.0000000000000005e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.104911  normal  0.0213018 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1106  ribosome-binding factor A  49.64 
 
 		 140 aa  132  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.811236  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0613  ribosome-binding factor A  49.64 
 
 		 136 aa  132  1.9999999999999998e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.440259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0086  ribosome-binding factor A  54.17 
 
 		 131 aa  128  2.0000000000000002e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.744834  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4066  ribosome-binding factor A  48.41 
 
 		 134 aa  126  9.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0746  ribosome-binding factor A  46.31 
 
 		 150 aa  125  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.321784  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3041  ribosome-binding factor A  51.94 
 
 		 135 aa  125  2.0000000000000002e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.603703  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2166  ribosome-binding factor A  51.64 
 
 		 150 aa  123  9e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2078  ribosome-binding factor A  48.57 
 
 		 197 aa  123  9e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0263191  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0170  ribosome-binding factor A  49.24 
 
 		 137 aa  122  1e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0610976  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4386  ribosome-binding factor A  47.58 
 
 		 134 aa  122  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.4784 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4036  ribosome-binding factor A  48.18 
 
 		 143 aa  119  9.999999999999999e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3782  ribosome-binding factor A  50 
 
 		 164 aa  116  9.999999999999999e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0911878  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3046  ribosome-binding factor A  43.31 
 
 		 141 aa  114  3.9999999999999997e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3931  ribosome-binding factor A  49.58 
 
 		 133 aa  113  7.999999999999999e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.627477  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0038  ribosome-binding factor A  40.76 
 
 		 164 aa  112  2.0000000000000002e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.623045  normal  0.446494 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2488  ribosome-binding factor A  46.88 
 
 		 135 aa  112  2.0000000000000002e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.266682  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3629  ribosome-binding factor A  50 
 
 		 140 aa  112  2.0000000000000002e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.445652  normal  0.0497582 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0226  ribosome-binding factor A  49.58 
 
 		 140 aa  108  2.0000000000000002e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.435446  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1255  ribosome-binding factor A  46.09 
 
 		 148 aa  107  4.0000000000000004e-23  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2071  ribosome-binding factor A  43.8 
 
 		 145 aa  92  2e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.573719 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3725  ribosome-binding factor A  42.48 
 
 		 123 aa  89  2e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1052  ribosome-binding factor A  34.86 
 
 		 132 aa  73.6  0.0000000000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000164371  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3329  ribosome-binding factor A  40.19 
 
 		 156 aa  70.5  0.000000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.414674  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1164  ribosome-binding factor A  40 
 
 		 138 aa  70.5  0.000000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.338865  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  32.82 
 
 		 127 aa  70.1  0.00000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1232  ribosome-binding factor A  38.52 
 
 		 139 aa  70.1  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0340167  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1587  ribosome-binding factor A  36.36 
 
 		 118 aa  69.7  0.00000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00540002  normal  0.129345 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1104  ribosome-binding factor A  40 
 
 		 138 aa  69.3  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0588249  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1693  ribosome-binding factor A  32.84 
 
 		 141 aa  68.9  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0101873  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1589  ribosome-binding factor A  35.45 
 
 		 118 aa  68.6  0.00000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00426148  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1748  ribosome-binding factor A  43.52 
 
 		 126 aa  68.2  0.00000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0187668  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2463  ribosome-binding factor A  34.58 
 
 		 118 aa  67.8  0.00000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0350107  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1436  ribosome-binding factor A  36.94 
 
 		 118 aa  67.8  0.00000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.349731  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3858  ribosome-binding factor A  34.58 
 
 		 118 aa  67.4  0.00000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000036841  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3849  ribosome-binding factor A  34.58 
 
 		 118 aa  67.4  0.00000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1599  ribosome-binding factor A  35.66 
 
 		 119 aa  67.4  0.00000000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00660683  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0564  ribosome-binding factor A  35.66 
 
 		 119 aa  67.4  0.00000000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0909  ribosome-binding factor A  40.37 
 
 		 121 aa  67.4  0.00000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3552  ribosome-binding factor A  34.58 
 
 		 118 aa  67  0.00000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3570  ribosome-binding factor A  34.58 
 
 		 118 aa  67  0.00000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1124  ribosome-binding factor A  37.27 
 
 		 121 aa  67  0.00000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.559774  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3822  ribosome-binding factor A  34.58 
 
 		 118 aa  67  0.00000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.3299500000000005e-63 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002610  ribosome-binding factor A  35.07 
 
 		 131 aa  66.2  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3662  ribosome-binding factor A  34.58 
 
 		 118 aa  66.2  0.0000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118279  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3948  ribosome-binding factor A  34.58 
 
 		 118 aa  66.2  0.0000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0990  ribosome-binding factor A  28.95 
 
 		 123 aa  66.2  0.0000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.645083  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0998  ribosome-binding factor A  33.08 
 
 		 126 aa  65.9  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00108919  normal  0.25507 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1947  ribosome-binding factor A  36.36 
 
 		 130 aa  65.5  0.0000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0382472 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3675  ribosome-binding factor A  34.11 
 
 		 125 aa  65.9  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1143  ribosome-binding factor A  41.44 
 
 		 122 aa  65.5  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.115087 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03395  ribosome-binding factor A  34.31 
 
 		 137 aa  65.1  0.0000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1157  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 126 aa  65.1  0.0000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000826248  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4876  ribosome-binding factor A  34.62 
 
 		 127 aa  65.1  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.26776 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3189  ribosome-binding factor A  36.24 
 
 		 162 aa  65.5  0.0000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0454193  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3633  ribosome-binding factor A  33.64 
 
 		 118 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0539851  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3909  ribosome-binding factor A  33.64 
 
 		 118 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1335  ribosome-binding factor A  33.64 
 
 		 118 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0231832  hitchhiker  0.00144693 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2488  ribosome-binding factor A  38.89 
 
 		 159 aa  64.3  0.0000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.180348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1028  ribosome-binding factor A  33.83 
 
 		 129 aa  63.9  0.0000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0189385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1902  ribosome-binding factor A  26.98 
 
 		 122 aa  63.5  0.0000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0066847  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4927  ribosome-binding factor A  32.58 
 
 		 132 aa  63.5  0.0000000009  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.128531  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1956  ribosome-binding factor A  32.11 
 
 		 120 aa  63.5  0.0000000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07020  ribosome-binding factor A  40.5 
 
 		 148 aa  63.2  0.000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2665  ribosome-binding factor A  31.06 
 
 		 133 aa  63.5  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0640591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3073  ribosome-binding factor A  36.36 
 
 		 131 aa  63.5  0.000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.729556  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1304  ribosome-binding factor A  30.28 
 
 		 119 aa  63.2  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0293197  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2980  ribosome-binding factor A  30.28 
 
 		 119 aa  63.2  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.06185e-26 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1210  ribosome-binding factor A  33.65 
 
 		 127 aa  63.5  0.000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00755575  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1445  ribosome-binding factor A  29.91 
 
 		 131 aa  62.4  0.000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000145103  normal  0.2265 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07850  ribosome-binding factor A  29.46 
 
 		 122 aa  62.8  0.000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0599  ribosome-binding factor A  34.09 
 
 		 135 aa  62.4  0.000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.369509  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0175  ribosome-binding factor A  33.08 
 
 		 136 aa  62  0.000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.146816  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2119  ribosome-binding factor A  32.58 
 
 		 127 aa  61.6  0.000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328304  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3223  ribosome-binding factor A  36.45 
 
 		 121 aa  61.6  0.000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.275033 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3543  ribosome-binding factor A  36.43 
 
 		 133 aa  61.2  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3580  ribosome-binding factor A  36.43 
 
 		 133 aa  61.2  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3604  ribosome-binding factor A  36.43 
 
 		 133 aa  61.2  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0265365 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0610  ribosome-binding factor A  29.91 
 
 		 128 aa  61.2  0.000000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0012936  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0927  ribosome-binding factor A  32.41 
 
 		 119 aa  60.5  0.000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.100451  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>