142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caul_0038 on replicon NC_010338
Organism: Caulobacter sp. K31



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010338  Caul_0038  ribosome-binding factor A  100 
 
 
164 aa  332  2e-90  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.623045  normal  0.446494 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3046  ribosome-binding factor A  44.6 
 
 
141 aa  117  4.9999999999999996e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2922  ribosome-binding factor A  40.76 
 
 
145 aa  112  3e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0301917  normal  0.0601013 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2696  ribosome-binding factor A  40.76 
 
 
145 aa  112  3e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.674256 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3726  ribosome-binding factor A  42.31 
 
 
142 aa  112  3e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.879451  normal  0.0692072 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2818  ribosome-binding factor A  40.69 
 
 
145 aa  111  5e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.259467  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3629  ribosome-binding factor A  41.06 
 
 
140 aa  107  8.000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.445652  normal  0.0497582 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0032  ribosome-binding factor A  39.47 
 
 
137 aa  107  1e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2610  ribosome-binding factor A  40 
 
 
139 aa  103  9e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0025  ribosome-binding factor A  39.07 
 
 
146 aa  102  3e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.129398 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4619  ribosome-binding factor A  39.31 
 
 
135 aa  102  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.302767  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0058  ribosome-binding factor A  39.22 
 
 
138 aa  100  6e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.649534  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0439  ribosome-binding factor A  39.47 
 
 
137 aa  100  1e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3931  ribosome-binding factor A  38.24 
 
 
133 aa  97.8  5e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.627477  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2294  ribosome-binding factor A  37.68 
 
 
155 aa  98.2  5e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.121706 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0292  ribosome-binding factor A  38.97 
 
 
151 aa  97.4  8e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.887654  normal  0.0167928 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0226  ribosome-binding factor A  36 
 
 
140 aa  96.3  1e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.435446  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2166  ribosome-binding factor A  35.95 
 
 
150 aa  95.9  2e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2924  ribosome-binding factor A  38.51 
 
 
165 aa  95.5  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.332986  normal  0.135151 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2078  ribosome-binding factor A  35.95 
 
 
197 aa  95.5  3e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0263191  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3815  ribosome-binding factor A  36 
 
 
132 aa  95.5  3e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.104911  normal  0.0213018 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2799  ribosome-binding factor A  39.19 
 
 
138 aa  94.4  6e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.285538  normal  0.747306 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3782  ribosome-binding factor A  37.68 
 
 
164 aa  94  9e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0911878  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0481  ribosome-binding factor A  36.08 
 
 
137 aa  93.6  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.214856  normal  0.376721 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0613  ribosome-binding factor A  38.41 
 
 
136 aa  93.2  1e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.440259  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0746  ribosome-binding factor A  35.95 
 
 
150 aa  93.6  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.321784  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1046  ribosome-binding factor A  37.41 
 
 
141 aa  92.4  2e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.12886  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0230  ribosome-binding factor A  35.85 
 
 
136 aa  92  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00202036  normal  0.436051 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0601  ribosome-binding factor A  36.3 
 
 
135 aa  91.7  4e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2768  ribosome-binding factor A  38.26 
 
 
137 aa  91.3  6e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1106  ribosome-binding factor A  37.58 
 
 
140 aa  89.7  1e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.811236  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3442  ribosome-binding factor A  35.33 
 
 
134 aa  90.5  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.728771  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3041  ribosome-binding factor A  38.85 
 
 
135 aa  88.6  4e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.603703  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0086  ribosome-binding factor A  37.16 
 
 
131 aa  87  9e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.744834  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4036  ribosome-binding factor A  36.13 
 
 
143 aa  85.5  3e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1255  ribosome-binding factor A  36.96 
 
 
148 aa  85.5  3e-16  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0170  ribosome-binding factor A  34 
 
 
137 aa  85.5  3e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0610976  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4386  ribosome-binding factor A  34.29 
 
 
134 aa  83.6  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.4784 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4066  ribosome-binding factor A  32.86 
 
 
134 aa  83.6  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2071  ribosome-binding factor A  34.53 
 
 
145 aa  80.5  0.000000000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.573719 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2488  ribosome-binding factor A  31.08 
 
 
135 aa  79.3  0.00000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.266682  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1947  ribosome-binding factor A  34.06 
 
 
130 aa  58.9  0.00000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0382472 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3223  ribosome-binding factor A  29.6 
 
 
121 aa  54.7  0.0000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.275033 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1748  ribosome-binding factor A  32.81 
 
 
126 aa  53.5  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0187668  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1436  ribosome-binding factor A  32 
 
 
118 aa  52.8  0.000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.349731  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1445  ribosome-binding factor A  27.61 
 
 
131 aa  52.8  0.000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000145103  normal  0.2265 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0158  ribosome-binding factor A  29.84 
 
 
140 aa  52.4  0.000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1143  ribosome-binding factor A  29.01 
 
 
122 aa  52  0.000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.115087 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0927  ribosome-binding factor A  30.4 
 
 
119 aa  52  0.000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.100451  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07850  ribosome-binding factor A  28.91 
 
 
122 aa  51.2  0.000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2814  ribosome-binding factor A  29.59 
 
 
127 aa  51.2  0.000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0990  ribosome-binding factor A  25.37 
 
 
123 aa  51.2  0.000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.645083  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0564  ribosome-binding factor A  29.46 
 
 
119 aa  50.8  0.000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1599  ribosome-binding factor A  29.46 
 
 
119 aa  50.8  0.000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00660683  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0180  ribosome-binding factor A  32.65 
 
 
125 aa  50.4  0.000009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.708366  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1232  ribosome-binding factor A  28.57 
 
 
139 aa  49.7  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0340167  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2451  ribosome-binding factor A  29.63 
 
 
123 aa  49.7  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0315755  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1164  ribosome-binding factor A  27.82 
 
 
138 aa  49.7  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.338865  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0068  ribosome-binding factor A  28.12 
 
 
125 aa  49.3  0.00003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00108757  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1104  ribosome-binding factor A  27.07 
 
 
138 aa  48.5  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0588249  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3725  ribosome-binding factor A  28.57 
 
 
123 aa  48.5  0.00004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0204  ribosome-binding factor A  31.63 
 
 
125 aa  48.1  0.00005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1466  ribosome-binding factor A  31.13 
 
 
139 aa  47.8  0.00006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2819  ribosome-binding factor A  27.91 
 
 
123 aa  47.8  0.00007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2688  ribosome-binding factor A  27.91 
 
 
123 aa  47.8  0.00007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0838  ribosome-binding factor A  26.39 
 
 
134 aa  47.4  0.00008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.102995 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1587  ribosome-binding factor A  26.27 
 
 
118 aa  47  0.0001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00540002  normal  0.129345 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1028  ribosome-binding factor A  27.27 
 
 
129 aa  47  0.0001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0189385  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2119  ribosome-binding factor A  28.57 
 
 
127 aa  46.2  0.0002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328304  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3187  ribosome-binding factor A  29.46 
 
 
119 aa  46.6  0.0002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.11601  normal  0.332882 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4038  ribosome-binding factor A  27.78 
 
 
168 aa  46.2  0.0002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.173989  normal  0.432163 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03395  ribosome-binding factor A  30.67 
 
 
137 aa  46.6  0.0002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0070  ribosome-binding factor A  27.7 
 
 
134 aa  45.4  0.0003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.196892  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4927  ribosome-binding factor A  26.49 
 
 
132 aa  45.8  0.0003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.128531  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1230  ribosome-binding factor A  26.36 
 
 
117 aa  45.4  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.644207  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2315  ribosome-binding factor A  28.1 
 
 
163 aa  45.8  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0767134 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26151  ribosome-binding factor A  26.62 
 
 
142 aa  45.8  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.549053 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1124  ribosome-binding factor A  24.8 
 
 
121 aa  45.1  0.0004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.559774  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0075  ribosome-binding factor A  27.7 
 
 
134 aa  45.1  0.0004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.122288  normal  0.845154 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1052  ribosome-binding factor A  26.5 
 
 
132 aa  45.1  0.0004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000164371  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2773  ribosome-binding factor A  26.96 
 
 
136 aa  45.1  0.0005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0341  ribosome-binding factor A  29.21 
 
 
134 aa  44.7  0.0006  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4179  ribosome-binding factor A  28.35 
 
 
138 aa  44.3  0.0007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.308306  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0726  ribosome-binding factor A  25.78 
 
 
147 aa  44.3  0.0007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.237747  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01271  ribosome-binding factor A  29.23 
 
 
130 aa  44.3  0.0007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0610  ribosome-binding factor A  25 
 
 
128 aa  44.3  0.0007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0012936  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1051  ribosome-binding factor A  23.44 
 
 
122 aa  44.3  0.0008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000570949  hitchhiker  0.000000154001 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1210  ribosome-binding factor A  26.92 
 
 
127 aa  44.3  0.0008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00755575  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0982  ribosome-binding factor A  24.44 
 
 
118 aa  43.1  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.385895  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3849  ribosome-binding factor A  25.78 
 
 
118 aa  43.5  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4489  ribosome-binding factor A  26.77 
 
 
138 aa  43.5  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0856583  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1693  ribosome-binding factor A  27.97 
 
 
141 aa  43.9  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0101873  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3851  ribosome-binding factor A  29.71 
 
 
150 aa  43.9  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.258524  normal  0.192536 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2350  ribosome-binding factor A  31.13 
 
 
140 aa  43.5  0.001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.840269  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1217  ribosome-binding factor A  25.76 
 
 
128 aa  43.9  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  26.19 
 
 
127 aa  43.9  0.001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3347  ribosome-binding factor A  27.78 
 
 
143 aa  43.9  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.319643  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3680  ribosome-binding factor A  27.2 
 
 
127 aa  43.5  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00259102  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1247  ribosome-binding factor A  25.76 
 
 
128 aa  43.9  0.001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0254008 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1157  ribosome-binding factor A  25.4 
 
 
126 aa  43.9  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000826248  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>