183 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0086 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0086  ribosome-binding factor A  100 
 
 		 131 aa  262  8.999999999999999e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.744834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3041  ribosome-binding factor A  73.08 
 
 		 135 aa  197  5e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.603703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2799  ribosome-binding factor A  71.54 
 
 		 138 aa  192  2e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.285538  normal  0.747306 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2768  ribosome-binding factor A  64.29 
 
 		 137 aa  172  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4036  ribosome-binding factor A  63.85 
 
 		 143 aa  171  1.9999999999999998e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1106  ribosome-binding factor A  64.29 
 
 		 140 aa  171  3.9999999999999995e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.811236  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2924  ribosome-binding factor A  62.7 
 
 		 165 aa  170  6.999999999999999e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.332986  normal  0.135151 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4619  ribosome-binding factor A  52.8 
 
 		 135 aa  134  4e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.302767  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2610  ribosome-binding factor A  54.62 
 
 		 139 aa  132  9.999999999999999e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0481  ribosome-binding factor A  51.64 
 
 		 137 aa  130  9e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.214856  normal  0.376721 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2696  ribosome-binding factor A  54.17 
 
 		 145 aa  128  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.674256 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2922  ribosome-binding factor A  54.17 
 
 		 145 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0301917  normal  0.0601013 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2818  ribosome-binding factor A  52.5 
 
 		 145 aa  127  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.259467  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3726  ribosome-binding factor A  53.33 
 
 		 142 aa  125  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.879451  normal  0.0692072 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1046  ribosome-binding factor A  48.46 
 
 		 141 aa  122  2e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.12886  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0601  ribosome-binding factor A  46.51 
 
 		 135 aa  121  4e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0058  ribosome-binding factor A  51.26 
 
 		 138 aa  121  4e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.649534  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0025  ribosome-binding factor A  49.17 
 
 		 146 aa  120  6e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.129398 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0439  ribosome-binding factor A  49.59 
 
 		 137 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0032  ribosome-binding factor A  48.41 
 
 		 137 aa  119  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0230  ribosome-binding factor A  43.85 
 
 		 136 aa  117  7e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00202036  normal  0.436051 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2294  ribosome-binding factor A  45.38 
 
 		 155 aa  113  7.999999999999999e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.121706 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0292  ribosome-binding factor A  55.05 
 
 		 151 aa  111  3e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.887654  normal  0.0167928 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3046  ribosome-binding factor A  42.31 
 
 		 141 aa  105  2e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0613  ribosome-binding factor A  45.83 
 
 		 136 aa  104  3e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.440259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3629  ribosome-binding factor A  46.22 
 
 		 140 aa  102  1e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.445652  normal  0.0497582 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3782  ribosome-binding factor A  44.54 
 
 		 164 aa  100  7e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0911878  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3442  ribosome-binding factor A  40.46 
 
 		 134 aa  96.3  1e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.728771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0746  ribosome-binding factor A  43.33 
 
 		 150 aa  94.7  3e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.321784  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2166  ribosome-binding factor A  42.98 
 
 		 150 aa  94.7  4e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2078  ribosome-binding factor A  42.98 
 
 		 197 aa  94.7  4e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0263191  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4066  ribosome-binding factor A  41.32 
 
 		 134 aa  94  6e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2071  ribosome-binding factor A  44.35 
 
 		 145 aa  92  2e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.573719 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0226  ribosome-binding factor A  46.22 
 
 		 140 aa  92.4  2e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.435446  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0170  ribosome-binding factor A  40.83 
 
 		 137 aa  90.5  8e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0610976  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4386  ribosome-binding factor A  40.5 
 
 		 134 aa  89  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.4784 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3931  ribosome-binding factor A  42.37 
 
 		 133 aa  89.4  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.627477  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3815  ribosome-binding factor A  39.17 
 
 		 132 aa  87.8  4e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.104911  normal  0.0213018 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0038  ribosome-binding factor A  37.16 
 
 		 164 aa  87  7e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.623045  normal  0.446494 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2488  ribosome-binding factor A  39.5 
 
 		 135 aa  85.5  2e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.266682  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1255  ribosome-binding factor A  37.7 
 
 		 148 aa  75.5  0.0000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3725  ribosome-binding factor A  36.45 
 
 		 123 aa  67.8  0.00000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1744  ribosome-binding factor A  38.46 
 
 		 157 aa  64.7  0.0000000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.388944  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3552  ribosome-binding factor A  35.59 
 
 		 118 aa  63.2  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3570  ribosome-binding factor A  35.59 
 
 		 118 aa  63.2  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1947  ribosome-binding factor A  38.18 
 
 		 130 aa  63.2  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0382472 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2463  ribosome-binding factor A  34.75 
 
 		 118 aa  62  0.000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0350107  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3822  ribosome-binding factor A  34.75 
 
 		 118 aa  61.2  0.000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.3299500000000005e-63 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0990  ribosome-binding factor A  28.95 
 
 		 123 aa  60.8  0.000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.645083  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3858  ribosome-binding factor A  34.75 
 
 		 118 aa  61.2  0.000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000036841  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3849  ribosome-binding factor A  34.75 
 
 		 118 aa  60.8  0.000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3662  ribosome-binding factor A  34.75 
 
 		 118 aa  60.8  0.000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118279  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3948  ribosome-binding factor A  34.75 
 
 		 118 aa  60.8  0.000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1335  ribosome-binding factor A  34.75 
 
 		 118 aa  60.5  0.000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0231832  hitchhiker  0.00144693 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3633  ribosome-binding factor A  34.75 
 
 		 118 aa  60.5  0.000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0539851  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3909  ribosome-binding factor A  34.75 
 
 		 118 aa  60.5  0.000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1124  ribosome-binding factor A  39.18 
 
 		 121 aa  59.7  0.00000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.559774  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  34.86 
 
 		 127 aa  58.9  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0998  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 126 aa  57.8  0.00000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00108919  normal  0.25507 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0610  ribosome-binding factor A  33 
 
 		 128 aa  57  0.00000009  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0012936  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1143  ribosome-binding factor A  37.27 
 
 		 122 aa  56.6  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.115087 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1052  ribosome-binding factor A  31.25 
 
 		 132 aa  55.8  0.0000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000164371  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1157  ribosome-binding factor A  33.03 
 
 		 126 aa  56.2  0.0000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000826248  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2815  ribosome-binding factor A  34.69 
 
 		 122 aa  55.1  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.473664  hitchhiker  0.00211169 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1164  ribosome-binding factor A  37.61 
 
 		 138 aa  54.7  0.0000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.338865  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1232  ribosome-binding factor A  37.61 
 
 		 139 aa  54.7  0.0000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0340167  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1748  ribosome-binding factor A  40 
 
 		 126 aa  54.7  0.0000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0187668  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11490  ribosome-binding factor A  34.71 
 
 		 143 aa  54.3  0.0000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0871158  normal  0.911894 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0477  ribosome-binding factor A  35.77 
 
 		 126 aa  54.3  0.0000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00670849  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0319  ribosome-binding factor A  32.65 
 
 		 122 aa  54.3  0.0000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1051  ribosome-binding factor A  29.36 
 
 		 122 aa  53.9  0.0000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000570949  hitchhiker  0.000000154001 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1104  ribosome-binding factor A  37.61 
 
 		 138 aa  53.9  0.0000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0588249  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0923  ribosome-binding factor A  28.57 
 
 		 111 aa  53.5  0.000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.816784 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0286  ribosome-binding factor A  34.62 
 
 		 184 aa  53.1  0.000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1445  ribosome-binding factor A  30.51 
 
 		 131 aa  52.4  0.000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000145103  normal  0.2265 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1230  ribosome-binding factor A  30.56 
 
 		 117 aa  52  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.644207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_8062  predicted protein  35.82 
 
 		 171 aa  52.4  0.000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00519858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3223  ribosome-binding factor A  34.38 
 
 		 121 aa  51.6  0.000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.275033 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2451  ribosome-binding factor A  31.19 
 
 		 123 aa  51.2  0.000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0315755  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0726  ribosome-binding factor A  36.94 
 
 		 147 aa  51.6  0.000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.237747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1956  ribosome-binding factor A  30.69 
 
 		 120 aa  51.6  0.000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0175  ribosome-binding factor A  30.19 
 
 		 136 aa  51.6  0.000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.146816  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0982  ribosome-binding factor A  32.67 
 
 		 118 aa  50.8  0.000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.385895  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1210  ribosome-binding factor A  30.39 
 
 		 127 aa  51.2  0.000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00755575  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0458  ribosome-binding factor A  23.73 
 
 		 117 aa  51.2  0.000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2980  ribosome-binding factor A  32.32 
 
 		 119 aa  50.8  0.000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.06185e-26 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1304  ribosome-binding factor A  32.32 
 
 		 119 aa  50.8  0.000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0293197  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1314  ribosome-binding factor A  30.51 
 
 		 119 aa  50.1  0.000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1247  ribosome-binding factor A  31.53 
 
 		 128 aa  50.4  0.000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0254008 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1217  ribosome-binding factor A  31.53 
 
 		 128 aa  50.4  0.000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2119  ribosome-binding factor A  36 
 
 		 127 aa  50.1  0.00001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328304  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4876  ribosome-binding factor A  31.53 
 
 		 127 aa  50.1  0.00001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.26776 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0564  ribosome-binding factor A  29.81 
 
 		 114 aa  50.1  0.00001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.203601  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07850  ribosome-binding factor A  27.27 
 
 		 122 aa  49.7  0.00001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0158  ribosome-binding factor A  31.36 
 
 		 140 aa  50.1  0.00001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1004  ribosome-binding factor A  34.65 
 
 		 129 aa  48.9  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.439697  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1413  ribosome-binding factor A  35.23 
 
 		 122 aa  49.3  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3964  ribosome-binding factor A  35.56 
 
 		 171 aa  49.3  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_854  ribosome-binding factor A  31.68 
 
 		 118 aa  49.7  0.00002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000358033  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3033  ribosome-binding factor A  32.99 
 
 		 129 aa  48.9  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000370905  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>