More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2308 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_2308  ribokinase  100 
 
 		 289 aa  570  1.0000000000000001e-162  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.204246  normal  0.0234698 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2878  PfkB  53.98 
 
 		 290 aa  228  1e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.662908 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1216  carbohydrate kinase ribokinase family protein  55.09 
 
 		 284 aa  227  2e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2877  ribokinase-like domain-containing protein  55.79 
 
 		 284 aa  224  2e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1534  ribokinase-like domain-containing protein  44.26 
 
 		 297 aa  217  2e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.260714 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1841  PfkB  44.44 
 
 		 297 aa  193  2e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0519375  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03203  Sugar kinase, ribokinase family protein  38.85 
 
 		 327 aa  181  2e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00908389  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1622  PfkB domain protein  35.02 
 
 		 297 aa  177  2e-43  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3505  PfkB  37.16 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3196  ribokinase  40.13 
 
 		 316 aa  151  1e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.20247  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1789  ribokinase  35.23 
 
 		 297 aa  149  5e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000225274  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0344  ribokinase  36.33 
 
 		 308 aa  149  5e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0518  ribokinase  36.96 
 
 		 307 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0225  ribokinase  37.62 
 
 		 317 aa  145  7.0000000000000006e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4160  ribokinase  38.61 
 
 		 310 aa  144  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.233177 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4749  ribokinase  41.5 
 
 		 309 aa  144  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1368  ribokinase  38.03 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.176905  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0576  putative ribokinase  38.94 
 
 		 312 aa  143  3e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.588326 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2689  ribokinase  34.03 
 
 		 345 aa  143  3e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4124  ribokinase  37.66 
 
 		 403 aa  142  4e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1587  ribokinase  40.13 
 
 		 311 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.338475  normal  0.646425 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1507  ribokinase  41.14 
 
 		 308 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000338  ribokinase  36.36 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1526  ribokinase  41.14 
 
 		 308 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.395922  normal  0.909431 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0007  ribokinase  37.7 
 
 		 306 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.328015  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3342  ribokinase  40.79 
 
 		 308 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.133779  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06142  ribokinase  36.04 
 
 		 305 aa  139  4.999999999999999e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1130  ribokinase  39.8 
 
 		 311 aa  139  7e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1610  ribokinase  39.8 
 
 		 311 aa  139  7e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.231434  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl642  ribokinase  30.55 
 
 		 308 aa  136  4e-31  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39280  ribokinase  38.8 
 
 		 308 aa  136  4e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145597  normal  0.325767 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3974  ribokinase  36.42 
 
 		 308 aa  135  8e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00187599  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0556  ribokinase family sugar kinase  30.69 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.987541  hitchhiker  0.0000000000000234776 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3631  ribokinase  33.12 
 
 		 304 aa  134  3e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3539  PfkB  39.3 
 
 		 285 aa  133  3e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.460191  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3612  ribokinase-like domain-containing protein  39.3 
 
 		 285 aa  133  3e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.388195  normal  0.822465 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2526  ribokinase  35.81 
 
 		 301 aa  133  3.9999999999999996e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3544  ribokinase-like domain-containing protein  39.3 
 
 		 285 aa  133  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.336922  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2100  ribokinase  33.66 
 
 		 307 aa  132  5e-30  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0200  ribokinase  37.19 
 
 		 313 aa  132  5e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.933367 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4897  ribokinase  36.75 
 
 		 318 aa  132  5e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00647815  hitchhiker  0.000000886041 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2471  ribokinase  41.16 
 
 		 297 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2909  ribokinase  40.46 
 
 		 302 aa  132  7.999999999999999e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0179509 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4209  ribokinase  36.75 
 
 		 308 aa  130  3e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.847437  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3332  ribokinase  39.52 
 
 		 297 aa  129  4.0000000000000003e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0008  ribokinase  36.75 
 
 		 308 aa  129  4.0000000000000003e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0252287  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0008  ribokinase  36.75 
 
 		 308 aa  129  4.0000000000000003e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000914124  normal  0.985734 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1858  ribokinase  40.07 
 
 		 324 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3232  ribokinase  37.25 
 
 		 302 aa  129  6e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.493529  normal  0.585828 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0404  ribokinase  34.33 
 
 		 307 aa  129  6e-29  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000422627  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3407  ribokinase  35.62 
 
 		 424 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1363  ribokinase-like domain-containing protein  38.56 
 
 		 303 aa  129  7.000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0865  ribokinase  33.99 
 
 		 305 aa  129  8.000000000000001e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.657252 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0794  ribokinase family sugar kinase  32.79 
 
 		 313 aa  128  9.000000000000001e-29  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0266657  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0162  ribokinase  34.43 
 
 		 309 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1011  ribokinase-like domain-containing protein  33.22 
 
 		 398 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3749  ribokinase  32.66 
 
 		 404 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2155  carbohydrate kinase, PfkB  36.69 
 
 		 306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00604172  normal  0.881399 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3918  ribokinase  32.66 
 
 		 404 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3816  ribokinase  32.66 
 
 		 404 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3738  ribokinase  32.66 
 
 		 404 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0671  PfkB domain protein  29.28 
 
 		 307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1124  ribokinase  33.56 
 
 		 403 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3859  ribokinase  32.66 
 
 		 404 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4171  ribokinase  34.94 
 
 		 310 aa  127  3e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000241058  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0220  ribokinase  39.54 
 
 		 305 aa  126  4.0000000000000003e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.328501  normal  0.180212 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4097  ribokinase  36.63 
 
 		 309 aa  126  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4112  ribokinase  35.97 
 
 		 309 aa  126  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4277  ribokinase  35.97 
 
 		 309 aa  126  5e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.136431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4168  ribokinase  35.97 
 
 		 309 aa  126  5e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4218  ribokinase  35.97 
 
 		 309 aa  126  5e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.980767 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1343  ribokinase  38.8 
 
 		 309 aa  126  5e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1871  ribokinase  39.74 
 
 		 324 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.215166  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2120  PfkB domain protein  33.1 
 
 		 290 aa  125  9e-28  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3167  ribokinase  37.67 
 
 		 295 aa  125  9e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0354  ribokinase  36.54 
 
 		 308 aa  124  1e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4640  ribokinase  37.25 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.162899  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3570  PfkB  39.14 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.498935  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0691  ribokinase family sugar kinase  33.22 
 
 		 303 aa  124  2e-27  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00280887  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3132  ribokinase-like domain-containing protein  38.06 
 
 		 308 aa  123  3e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00509823 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3488  ribokinase  36.27 
 
 		 302 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232463  normal  0.188896 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2458  ribokinase  36.61 
 
 		 302 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4524  ribokinase  36.09 
 
 		 308 aa  123  4e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00216955  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1627  ribokinase  39.25 
 
 		 310 aa  123  4e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3869  ribokinase  36.07 
 
 		 299 aa  122  6e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.559054 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1013  putative ribokinase protein  34.32 
 
 		 315 aa  122  8e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.340196  normal  0.195927 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0575  ribokinase  34.93 
 
 		 298 aa  122  9e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1960  ribokinase  36.91 
 
 		 302 aa  122  9e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0122509  normal  0.0586965 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4234  ribokinase  35.31 
 
 		 308 aa  122  9.999999999999999e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000102528  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0632  ribokinase  34.93 
 
 		 298 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0665  ribokinase  34.93 
 
 		 298 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1117  ribokinase-like domain-containing protein  33.44 
 
 		 305 aa  121  9.999999999999999e-27  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.145837 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3765  ribokinase  37.62 
 
 		 304 aa  120  1.9999999999999998e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0637373 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0924  ribokinase-like domain-containing protein  29.9 
 
 		 305 aa  120  1.9999999999999998e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.108155  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0722  ribokinase  34.59 
 
 		 298 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.83177e-24 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4641  ribokinase  35.07 
 
 		 298 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.184783  unclonable  5.38833e-26 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1475  ribokinase-like domain-containing protein  35.12 
 
 		 305 aa  121  1.9999999999999998e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006687  CNE02480  ATP binding protein, putative  33.01 
 
 		 315 aa  120  3e-26  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1383  ribokinase  37.92 
 
 		 309 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03583  hypothetical protein  36.79 
 
 		 309 aa  120  3e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00147711  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>