More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3505 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3505  PfkB  100 
 
 		 298 aa  615  1e-175  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03203  Sugar kinase, ribokinase family protein  74.32 
 
 		 327 aa  456  1e-127  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00908389  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1534  ribokinase-like domain-containing protein  53.54 
 
 		 297 aa  326  3e-88  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.260714 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1841  PfkB  42.81 
 
 		 297 aa  247  2e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0519375  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1622  PfkB domain protein  39.59 
 
 		 297 aa  221  9.999999999999999e-57  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000338  ribokinase  40.2 
 
 		 305 aa  182  7e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0007  ribokinase  39.8 
 
 		 306 aa  179  4.999999999999999e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.328015  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1368  ribokinase  40 
 
 		 305 aa  179  5.999999999999999e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.176905  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06142  ribokinase  38.56 
 
 		 305 aa  172  6.999999999999999e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2878  PfkB  39.32 
 
 		 290 aa  169  5e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.662908 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0344  ribokinase  37.21 
 
 		 308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1216  carbohydrate kinase ribokinase family protein  38.7 
 
 		 284 aa  163  3e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0225  ribokinase  39.3 
 
 		 317 aa  161  1e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0794  ribokinase family sugar kinase  34.44 
 
 		 313 aa  159  4e-38  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0266657  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0518  ribokinase  36.54 
 
 		 307 aa  158  1e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2877  ribokinase-like domain-containing protein  40.07 
 
 		 284 aa  156  3e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2100  ribokinase  36.33 
 
 		 307 aa  154  2e-36  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2308  ribokinase  36.82 
 
 		 289 aa  149  4e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.204246  normal  0.0234698 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0253  ribokinase  35.86 
 
 		 304 aa  149  6e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0259  ribokinase  35.86 
 
 		 304 aa  149  6e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3631  ribokinase  34.77 
 
 		 304 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0220  ribokinase  36.72 
 
 		 305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.328501  normal  0.180212 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0556  ribokinase family sugar kinase  35.22 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.987541  hitchhiker  0.0000000000000234776 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0008  ribokinase  35.86 
 
 		 308 aa  146  5e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0252287  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0008  ribokinase  35.86 
 
 		 308 aa  146  5e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000914124  normal  0.985734 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4209  ribokinase  35.86 
 
 		 308 aa  145  5e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.847437  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0404  ribokinase  36.04 
 
 		 307 aa  146  5e-34  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000422627  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1612  ribokinase family sugar kinase  33.77 
 
 		 340 aa  145  1e-33  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0874983  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1285  ribokinase  36.82 
 
 		 307 aa  145  1e-33  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000150833  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4112  ribokinase  37.21 
 
 		 309 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4160  ribokinase  34.87 
 
 		 310 aa  144  3e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.233177 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0576  putative ribokinase  35.86 
 
 		 312 aa  143  3e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.588326 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0691  ribokinase family sugar kinase  33.99 
 
 		 303 aa  143  4e-33  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00280887  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2276  PfkB domain protein  36.42 
 
 		 307 aa  142  5e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.303585  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4218  ribokinase  36.88 
 
 		 309 aa  143  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.980767 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4168  ribokinase  36.88 
 
 		 309 aa  143  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4097  ribokinase  36.88 
 
 		 309 aa  142  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4277  ribokinase  36.88 
 
 		 309 aa  143  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.136431  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3974  ribokinase  36.6 
 
 		 308 aa  142  5e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00187599  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2155  carbohydrate kinase, PfkB  36.89 
 
 		 306 aa  142  9e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00604172  normal  0.881399 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0465  ribokinase  31.42 
 
 		 299 aa  141  9.999999999999999e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1603  ribokinase  34.59 
 
 		 310 aa  140  3e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000677641  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1884  ribokinase  34.24 
 
 		 310 aa  139  3.9999999999999997e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0118065  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4897  ribokinase  35.41 
 
 		 318 aa  138  8.999999999999999e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00647815  hitchhiker  0.000000886041 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0354  ribokinase  34.74 
 
 		 308 aa  138  1e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0053  PfkB domain protein  31.76 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0373513 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39280  ribokinase  33.99 
 
 		 308 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145597  normal  0.325767 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4749  ribokinase  35.93 
 
 		 309 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1526  ribokinase  35.81 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.395922  normal  0.909431 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1507  ribokinase  35.81 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3342  ribokinase  33.99 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.133779  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03638  ribokinase  35.6 
 
 		 309 aa  137  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00223583  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4120  ribokinase  35.6 
 
 		 314 aa  137  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.444588  normal  0.199768 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5188  ribokinase  35.6 
 
 		 314 aa  137  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.034479  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03583  hypothetical protein  35.6 
 
 		 309 aa  137  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00147711  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4268  ribokinase  35.6 
 
 		 309 aa  136  4e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00050994  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3968  ribokinase  35.6 
 
 		 309 aa  136  4e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.112559  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1960  ribokinase  35.49 
 
 		 302 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0122509  normal  0.0586965 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4242  ribokinase  35.6 
 
 		 309 aa  136  4e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459204  hitchhiker  0.00710658 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4167  ribokinase  35.6 
 
 		 309 aa  136  5e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.895072  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04400  sugar kinase, ribokinase  36.21 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.736771 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1789  ribokinase  34.9 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000225274  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2689  ribokinase  32.74 
 
 		 345 aa  134  1.9999999999999998e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4215  ribokinase  35.28 
 
 		 309 aa  134  3e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0052  ribokinase-like domain-containing protein  32.87 
 
 		 306 aa  133  3.9999999999999996e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000666375 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4171  ribokinase  35.53 
 
 		 310 aa  132  5e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000241058  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0069  PfkB domain protein  30.14 
 
 		 299 aa  132  5e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2371  ribokinase  36.16 
 
 		 306 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0559074  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl642  ribokinase  29.51 
 
 		 308 aa  132  1.0000000000000001e-29  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0865  ribokinase  32.36 
 
 		 305 aa  131  1.0000000000000001e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.657252 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4234  ribokinase  35.88 
 
 		 308 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000102528  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1130  ribokinase  33.77 
 
 		 311 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3232  ribokinase  33.11 
 
 		 302 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.493529  normal  0.585828 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1610  ribokinase  33.77 
 
 		 311 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.231434  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3648  ribokinase  34.55 
 
 		 303 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.16351  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3580  ribokinase  34.55 
 
 		 303 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0924  ribokinase-like domain-containing protein  32.7 
 
 		 305 aa  129  5.0000000000000004e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.108155  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1011  ribokinase-like domain-containing protein  35.45 
 
 		 398 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1587  ribokinase  33.77 
 
 		 311 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.338475  normal  0.646425 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0696  ribokinase  35.71 
 
 		 304 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1363  ribokinase-like domain-containing protein  32.25 
 
 		 303 aa  128  9.000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2526  ribokinase  32.23 
 
 		 301 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3280  ribokinase  33.66 
 
 		 305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1124  ribokinase  34.93 
 
 		 403 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1013  putative ribokinase protein  31.06 
 
 		 315 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.340196  normal  0.195927 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1923  ribokinase  35.53 
 
 		 305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.254632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3488  ribokinase  32.3 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232463  normal  0.188896 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4524  ribokinase  35.55 
 
 		 308 aa  127  3e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00216955  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3771  ribokinase  34.22 
 
 		 303 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1193  PfkB domain protein  35.62 
 
 		 306 aa  127  3e-28  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.8184  normal  0.176819 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0659  ribokinase  34.22 
 
 		 303 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2471  ribokinase  34.46 
 
 		 297 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1980  ribokinase  35.28 
 
 		 302 aa  126  5e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4112  ribokinase  34.98 
 
 		 314 aa  125  6e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.137764  normal  0.0163752 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0200  ribokinase  31.09 
 
 		 313 aa  125  6e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.933367 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3167  ribokinase  34.56 
 
 		 295 aa  125  8.000000000000001e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2458  ribokinase  32.76 
 
 		 302 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3869  ribokinase  33.67 
 
 		 299 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.559054 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3765  ribokinase  34.55 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0637373 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3477  ribokinase  32.56 
 
 		 303 aa  124  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>