More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_5424 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_5424  sigma-54 dependent transcriptional regulator  100 
 
 
505 aa  1021    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3609  putative transcriptional regulator  69.64 
 
 
503 aa  696    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.480135  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5583  Fis family transcriptional regulator  83.27 
 
 
508 aa  854    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.468143  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42970  putative transcriptional regulator  71.23 
 
 
503 aa  713    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.076623  normal  0.105875 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0098  Fis family transcriptional regulator  64.67 
 
 
510 aa  627  1e-178  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2549  sigma-54 dependent transcriptional regulator  56.74 
 
 
509 aa  557  1e-157  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0908365  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05873  nitric oxide reductase regulator  36.52 
 
 
542 aa  294  3e-78  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6059  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.24 
 
 
458 aa  293  6e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0839917 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000451  transcriptional regulator  37.22 
 
 
543 aa  291  2e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.219758  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5108  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  48.24 
 
 
684 aa  288  1e-76  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47100  sigma54-dependent activator protein  42.43 
 
 
517 aa  286  4e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.536607  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3076  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.96 
 
 
454 aa  281  1e-74  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0508  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.6 
 
 
495 aa  281  2e-74  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1430  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  44.79 
 
 
461 aa  279  8e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.324678  hitchhiker  0.00137179 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1028  response regulator receiver protein  49.35 
 
 
439 aa  278  1e-73  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.163891  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0812  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.6 
 
 
453 aa  278  1e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0257022  hitchhiker  0.00000328811 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33440  sigma54-dependent activator protein  43.25 
 
 
493 aa  278  1e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2369  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  44.79 
 
 
461 aa  278  2e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0790211  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2057  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.42 
 
 
448 aa  278  2e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3740  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.02 
 
 
454 aa  278  2e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0840186  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02147  fused response regulator of ato operon, in two-component system with AtoS: response regulator/sigma54 interaction protein  44.79 
 
 
461 aa  277  3e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1438  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.79 
 
 
461 aa  277  3e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.445705  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02106  hypothetical protein  44.79 
 
 
461 aa  277  3e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2361  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  44.79 
 
 
461 aa  277  3e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.18992  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3475  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.54 
 
 
453 aa  276  6e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0804749 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0674  two-component response regulator CbrB  47.3 
 
 
453 aa  276  8e-73  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0916838  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1129  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  46.6 
 
 
453 aa  275  1.0000000000000001e-72  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1527  Fis family transcriptional regulator  45.4 
 
 
537 aa  275  1.0000000000000001e-72  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03965  two-component system regulatory protein  48.23 
 
 
448 aa  274  2.0000000000000002e-72  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1807  two component Fis family transcriptional regulator  43.95 
 
 
440 aa  274  3e-72  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  50 
 
 
463 aa  274  3e-72  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4497  transcriptional regulatory protein ZraR  46.08 
 
 
441 aa  274  3e-72  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000279415  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1635  Fis family transcriptional regulator  45.71 
 
 
576 aa  274  3e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.980236  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03881  fused DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with ZraS: response regulator/sigma54 interaction protein  46.08 
 
 
441 aa  273  4.0000000000000004e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0124745  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3413  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.03 
 
 
453 aa  273  4.0000000000000004e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4238  transcriptional regulatory protein ZraR  46.08 
 
 
441 aa  274  4.0000000000000004e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.020936  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4021  transcriptional regulatory protein ZraR  46.08 
 
 
441 aa  273  4.0000000000000004e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0128092  normal  0.0227655 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03834  hypothetical protein  46.08 
 
 
441 aa  273  4.0000000000000004e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0118236  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3424  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.52 
 
 
466 aa  273  5.000000000000001e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.25481 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0961  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.23 
 
 
454 aa  273  6e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0789  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.56 
 
 
448 aa  273  6e-72  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.34 
 
 
544 aa  273  7e-72  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0512  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  45.74 
 
 
524 aa  273  7e-72  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3589  two-component response regulator CbrB  46.89 
 
 
477 aa  273  7e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0662  helix-turn-helix, Fis-type  47.73 
 
 
451 aa  273  8.000000000000001e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4549  transcriptional regulatory protein ZraR  45.78 
 
 
441 aa  272  9e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000369022  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3989  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.78 
 
 
441 aa  272  1e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.716922  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5443  two-component response regulator CbrB  45.29 
 
 
477 aa  272  1e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62540  two-component response regulator CbrB  45.65 
 
 
478 aa  271  1e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.349279  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1635  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.41 
 
 
457 aa  272  1e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2158  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.4 
 
 
453 aa  271  2e-71  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4454  transcriptional regulatory protein ZraR  45.48 
 
 
441 aa  271  2e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.209341  hitchhiker  0.000519331 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4507  transcriptional regulatory protein ZraR  45.59 
 
 
441 aa  271  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0570238 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  44.84 
 
 
549 aa  271  2e-71  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3375  two-component response regulator CbrB  45.76 
 
 
472 aa  271  2e-71  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0307811  normal  0.146362 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5475  transcriptional regulatory protein ZraR  47.25 
 
 
441 aa  270  2.9999999999999997e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3555  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.4 
 
 
489 aa  271  2.9999999999999997e-71  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.369206  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4418  transcriptional regulatory protein ZraR  45.29 
 
 
441 aa  270  2.9999999999999997e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.298897  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3623  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.4 
 
 
489 aa  271  2.9999999999999997e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.568637  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1312  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.71 
 
 
455 aa  270  4e-71  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.502008  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1010  NifA subfamily transcriptional regulator  47.57 
 
 
510 aa  270  4e-71  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.502201  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3471  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.4 
 
 
489 aa  270  5e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4581  transcriptional regulatory protein ZraR  45.29 
 
 
441 aa  270  5e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  40.77 
 
 
539 aa  270  5e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.4 
 
 
470 aa  270  5e-71  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4505  transcriptional regulatory protein ZraR  44.98 
 
 
441 aa  270  5e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.11324 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4389  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.88 
 
 
495 aa  269  7e-71  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.205713  normal  0.107293 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4385  transcriptional regulatory protein ZraR  45.29 
 
 
441 aa  269  7e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.712665 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2114  Fis family transcriptional regulator  46.18 
 
 
573 aa  269  8e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3404  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.9 
 
 
455 aa  268  1e-70  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.235439  normal  0.675632 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2591  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.19 
 
 
457 aa  268  1e-70  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.313706  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0916  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.45 
 
 
480 aa  269  1e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2678  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.17 
 
 
457 aa  268  1e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1287  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.02 
 
 
452 aa  268  2e-70  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.541874  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2041  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  47.63 
 
 
455 aa  268  2e-70  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2453  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.54 
 
 
461 aa  267  2.9999999999999995e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000196128  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02780  vanadium nitrogenase sigma54-dependent transcriptional activator, VnfA  46.95 
 
 
522 aa  267  2.9999999999999995e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.274487  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1624  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.91 
 
 
561 aa  267  4e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.714408  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.99 
 
 
473 aa  266  5e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.99 
 
 
473 aa  266  5e-70  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1510  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.74 
 
 
448 aa  266  5.999999999999999e-70  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0670  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.86 
 
 
464 aa  266  5.999999999999999e-70  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1785  NifA subfamily transcriptional regulator  47.56 
 
 
507 aa  266  7e-70  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1555  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.1 
 
 
467 aa  266  7e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.21045  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2398  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.75 
 
 
469 aa  266  8e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.313034  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1032  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.08 
 
 
461 aa  266  8.999999999999999e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.454426 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42680  sigma54-dependent response regulator, CbrB  46.39 
 
 
466 aa  266  1e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2310  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.45 
 
 
469 aa  265  1e-69  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.294968  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1388  NifA subfamily transcriptional regulator  46.6 
 
 
533 aa  265  1e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1919  Fis family transcriptional regulator  43.12 
 
 
545 aa  265  1e-69  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0689  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.02 
 
 
544 aa  264  2e-69  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.430174  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0723  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.55 
 
 
444 aa  265  2e-69  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00153946  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1719  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.55 
 
 
582 aa  265  2e-69  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.99 
 
 
473 aa  265  2e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1110  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.91 
 
 
480 aa  265  2e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0589584  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0594  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  47.35 
 
 
529 aa  265  2e-69  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00846378  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2914  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.59 
 
 
459 aa  265  2e-69  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2855  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.24 
 
 
582 aa  264  2e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.6 
 
 
454 aa  264  3e-69  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2258  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.78 
 
 
468 aa  264  3e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.428008  normal  0.0222917 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>