More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1134 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1134  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  100 
 
 		 273 aa  558  1e-158  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.14207  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0974  extracellular solute-binding protein  97.44 
 
 		 273 aa  544  1e-154  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0265185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5122  extracellular solute-binding protein  82.05 
 
 		 273 aa  455  1e-127  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.123771  normal  0.372207 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0657  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  83.66 
 
 		 275 aa  449  1e-125  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.125696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0691  extracellular solute-binding protein  83.27 
 
 		 273 aa  448  1e-125  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0235172 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2802  extracellular solute-binding protein  71.79 
 
 		 273 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.602775  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2998  extracellular solute-binding protein family 3  50.2 
 
 		 273 aa  271  1e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5509  extracellular solute-binding protein family 3  43.87 
 
 		 277 aa  217  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0011689 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2850  extracellular solute-binding protein  42.75 
 
 		 275 aa  214  9.999999999999999e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.610403 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3265  extracellular solute-binding protein  40.67 
 
 		 275 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2580  extracellular solute-binding protein  36.23 
 
 		 279 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.862888  normal  0.479184 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  34.53 
 
 		 266 aa  146  4.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  34.53 
 
 		 266 aa  146  4.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  34.53 
 
 		 266 aa  146  4.0000000000000006e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2936  cystine transporter subunit  35.51 
 
 		 265 aa  145  5e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  34.52 
 
 		 266 aa  142  4e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  34.67 
 
 		 268 aa  143  4e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  33.81 
 
 		 266 aa  143  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1289  cystine transporter subunit  33.81 
 
 		 266 aa  142  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000238805 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2116  cystine transporter subunit  33.81 
 
 		 266 aa  142  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000583389 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2169  cystine transporter subunit  33.81 
 
 		 266 aa  142  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000488454 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  32.85 
 
 		 265 aa  141  9e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2110  cystine transporter subunit  33.45 
 
 		 266 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.587115  normal  0.0126347 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0244  cystine transporter subunit  35.91 
 
 		 266 aa  140  3e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.136857  normal  0.712908 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  33.08 
 
 		 265 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  33.1 
 
 		 266 aa  139  6e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  33.1 
 
 		 285 aa  139  6e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4985  cystine transporter subunit  34.56 
 
 		 264 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.916643 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  33.1 
 
 		 285 aa  139  7e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  33.1 
 
 		 266 aa  138  7.999999999999999e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1262  cystine transporter subunit  32.74 
 
 		 266 aa  138  1e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0848905  normal  0.0261829 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  32.74 
 
 		 266 aa  137  1e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0242  cystine transporter subunit  35.14 
 
 		 264 aa  137  1e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.310723 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0227  cystine transporter subunit  35.14 
 
 		 264 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00670463 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0251  cystine transporter subunit  34.75 
 
 		 264 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  32.38 
 
 		 266 aa  135  9e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1377  extracellular solute-binding protein  30.12 
 
 		 277 aa  130  3e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000115158  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1942  extracellular solute-binding protein family 3  30.68 
 
 		 266 aa  129  5.0000000000000004e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000237139  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2588  extracellular solute-binding protein  34.06 
 
 		 270 aa  122  6e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0339  amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  33.48 
 
 		 264 aa  120  3e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.140169  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3131  extracellular solute-binding protein  31.41 
 
 		 266 aa  119  3.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0344  extracellular solute-binding protein  32.61 
 
 		 264 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  30.22 
 
 		 266 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0468  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  33.48 
 
 		 264 aa  119  6e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.829999  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0416  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  33.48 
 
 		 264 aa  119  7.999999999999999e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0353  amino acid ABC transporter solute binding protein  33.04 
 
 		 264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0336  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  33.04 
 
 		 264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.137288  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3742  extracellular solute-binding protein  32.93 
 
 		 261 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0367  putative amino acid ABC transporter substrate-binding protein  33.04 
 
 		 264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0402  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  33.04 
 
 		 264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0467  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  33.04 
 
 		 264 aa  117  3e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0743  extracellular solute-binding protein  29.5 
 
 		 260 aa  116  3e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  30.38 
 
 		 266 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0348  extracellular solute-binding protein  32.5 
 
 		 264 aa  116  5e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4902  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  33.04 
 
 		 264 aa  115  6e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0983  extracellular solute-binding protein family 3  29.28 
 
 		 264 aa  114  1.0000000000000001e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0154796  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4772  extracellular solute-binding protein  30.68 
 
 		 266 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2908  cystine transporter subunit  30.65 
 
 		 265 aa  114  2.0000000000000002e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.647057  normal  0.0539473 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2350  His/Glu/Gln/Arg/opine amino acid ABC transporter amino acid-binding protein/permease  31.73 
 
 		 502 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.140877  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2062  glutamine-binding periplasmic protein of glutamine ABC transporter  31.73 
 
 		 502 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1679  extracellular solute-binding protein  30.8 
 
 		 264 aa  114  3e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0815907 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4695  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  30.8 
 
 		 264 aa  113  3e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344661  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3950  extracellular solute-binding protein  30.27 
 
 		 258 aa  113  3e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.358906 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1475  extracellular solute-binding protein  30.8 
 
 		 264 aa  112  5e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0885  extracellular solute-binding protein family 3  31.66 
 
 		 284 aa  112  6e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000379801  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3277  extracellular solute-binding protein family 3  28.9 
 
 		 264 aa  112  8.000000000000001e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1531  extracellular solute-binding protein  31.18 
 
 		 260 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0450484  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2512  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.07 
 
 		 264 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.226859  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1454  extracellular solute-binding protein  30.4 
 
 		 264 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  29.8 
 
 		 257 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1073  extracellular solute-binding protein  30.4 
 
 		 264 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1529  extracellular solute-binding protein  30.4 
 
 		 264 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1553  extracellular solute-binding protein  30.4 
 
 		 264 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3585  extracellular solute-binding protein  32.16 
 
 		 266 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.435512  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2603  extracellular solute-binding protein  29.32 
 
 		 262 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.426319  hitchhiker  0.00328337 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1737  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30 
 
 		 264 aa  109  5e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.084035  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0395  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30 
 
 		 264 aa  109  5e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.364587  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1254  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30 
 
 		 264 aa  109  5e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1977  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30 
 
 		 284 aa  109  5e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1808  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30 
 
 		 264 aa  109  5e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.655664  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0767  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30 
 
 		 264 aa  109  5e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0133342  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1824  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30 
 
 		 264 aa  109  5e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0726824  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2508  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.8 
 
 		 264 aa  108  6e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.897054  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0382  extracellular solute-binding protein  31.08 
 
 		 266 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0366  extracellular solute-binding protein  31.08 
 
 		 266 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0588118  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0351  extracellular solute-binding protein  31.08 
 
 		 266 aa  108  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2848  extracellular solute-binding protein  28.8 
 
 		 261 aa  108  1e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0787958  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1294  extracellular solute-binding protein family 3  29.17 
 
 		 263 aa  108  1e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0278324  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3835  extracellular solute-binding protein family 3  32.77 
 
 		 257 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5481  extracellular solute-binding protein  29.01 
 
 		 270 aa  107  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6491  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  30.82 
 
 		 260 aa  107  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.353302  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2649  extracellular solute-binding protein  31.08 
 
 		 266 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1729  extracellular solute-binding protein family 3  29.89 
 
 		 264 aa  107  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0458  extracellular solute-binding protein  31.08 
 
 		 266 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357598  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3548  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  31.08 
 
 		 266 aa  107  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.233102 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1295  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.22 
 
 		 267 aa  107  3e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.397869 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1986  extracellular solute-binding protein  29.55 
 
 		 253 aa  106  4e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.647291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0433  extracellular solute-binding protein  30.68 
 
 		 266 aa  106  5e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0980273  hitchhiker  0.00000000179971 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3808  extracellular solute-binding protein  29.59 
 
 		 257 aa  106  5e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.902335  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0212  amino acid ABC transporter, substrate-binding  32.13 
 
 		 260 aa  105  6e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>