More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2580 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2580  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 279 aa  568  1e-161  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.862888  normal  0.479184 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5509  extracellular solute-binding protein family 3  55.51 
 
 		 277 aa  300  2e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0011689 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2850  extracellular solute-binding protein  51.85 
 
 		 275 aa  293  1e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.610403 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3265  extracellular solute-binding protein  50.18 
 
 		 275 aa  276  2e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2802  extracellular solute-binding protein  39.16 
 
 		 273 aa  198  7e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.602775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5122  extracellular solute-binding protein  38.1 
 
 		 273 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.123771  normal  0.372207 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0974  extracellular solute-binding protein  36.6 
 
 		 273 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0265185  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2998  extracellular solute-binding protein family 3  39.54 
 
 		 273 aa  181  1e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1134  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  36.23 
 
 		 273 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.14207  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0657  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  36.05 
 
 		 275 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.125696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0691  extracellular solute-binding protein  36.05 
 
 		 273 aa  178  8e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0235172 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3742  extracellular solute-binding protein  33.6 
 
 		 261 aa  118  9e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  30.96 
 
 		 265 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0382  extracellular solute-binding protein  32.22 
 
 		 266 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0366  extracellular solute-binding protein  32.22 
 
 		 266 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0588118  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  31.6 
 
 		 266 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2588  extracellular solute-binding protein  31.39 
 
 		 270 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  28.94 
 
 		 266 aa  111  1.0000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0351  extracellular solute-binding protein  32.22 
 
 		 266 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0433  extracellular solute-binding protein  32.22 
 
 		 266 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0980273  hitchhiker  0.00000000179971 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2649  extracellular solute-binding protein  32.22 
 
 		 266 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0458  extracellular solute-binding protein  32.22 
 
 		 266 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357598  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1942  extracellular solute-binding protein family 3  28.4 
 
 		 266 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000237139  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  29.64 
 
 		 266 aa  110  3e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3548  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  31.85 
 
 		 266 aa  109  5e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.233102 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2110  cystine transporter subunit  30 
 
 		 266 aa  109  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.587115  normal  0.0126347 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0244  cystine transporter subunit  32.43 
 
 		 266 aa  109  6e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.136857  normal  0.712908 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  30 
 
 		 266 aa  109  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  29.58 
 
 		 268 aa  108  7.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1549  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.32 
 
 		 266 aa  108  1e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.356902  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0468  extracellular solute-binding protein  29.93 
 
 		 260 aa  107  2e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000361301  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  27.94 
 
 		 266 aa  107  3e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1262  cystine transporter subunit  28.4 
 
 		 266 aa  107  3e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0848905  normal  0.0261829 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0251  cystine transporter subunit  32.05 
 
 		 264 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  28.4 
 
 		 266 aa  107  3e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  28.4 
 
 		 285 aa  107  3e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  28.4 
 
 		 266 aa  107  3e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4985  cystine transporter subunit  31.43 
 
 		 264 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.916643 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1588  extracellular solute-binding protein  31.36 
 
 		 260 aa  106  5e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  28.57 
 
 		 266 aa  105  6e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2603  extracellular solute-binding protein  28.31 
 
 		 262 aa  105  6e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.426319  hitchhiker  0.00328337 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  28.57 
 
 		 266 aa  105  6e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  28.57 
 
 		 266 aa  105  6e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1289  cystine transporter subunit  28.8 
 
 		 266 aa  105  9e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000238805 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2116  cystine transporter subunit  28.8 
 
 		 266 aa  105  9e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000583389 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2169  cystine transporter subunit  28.8 
 
 		 266 aa  105  9e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000488454 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  28.8 
 
 		 285 aa  104  1e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0227  cystine transporter subunit  31.66 
 
 		 264 aa  104  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00670463 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0242  cystine transporter subunit  31.66 
 
 		 264 aa  104  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.310723 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  28.8 
 
 		 266 aa  105  1e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4772  extracellular solute-binding protein  29.18 
 
 		 266 aa  103  3e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5481  extracellular solute-binding protein  28.93 
 
 		 270 aa  103  3e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3131  extracellular solute-binding protein  28.73 
 
 		 266 aa  103  4e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1377  extracellular solute-binding protein  28.92 
 
 		 277 aa  103  4e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000115158  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2512  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.8 
 
 		 264 aa  102  5e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.226859  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2787  extracellular solute-binding protein family 3  32.23 
 
 		 275 aa  100  2e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3091  ABC transporter, substrate binding component  31.05 
 
 		 266 aa  101  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3056  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  31.05 
 
 		 320 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.114315  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3496  extracellular solute-binding protein  30.94 
 
 		 258 aa  100  3e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3003  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  31.05 
 
 		 315 aa  100  3e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2936  cystine transporter subunit  27.47 
 
 		 265 aa  100  4e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  29.6 
 
 		 257 aa  99.4  6e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1808  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.08 
 
 		 264 aa  98.2  1e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.655664  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0395  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.08 
 
 		 264 aa  98.2  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.364587  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2848  extracellular solute-binding protein  30.31 
 
 		 261 aa  98.6  1e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0787958  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1254  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.08 
 
 		 264 aa  98.2  1e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1824  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.08 
 
 		 264 aa  98.2  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0726824  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1977  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.08 
 
 		 284 aa  98.2  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1737  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.08 
 
 		 264 aa  98.2  1e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.084035  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0767  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.08 
 
 		 264 aa  98.2  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0133342  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3928  extracellular solute-binding protein family 3  32.48 
 
 		 265 aa  97.4  2e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.259325  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1295  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.35 
 
 		 267 aa  97.4  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.397869 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1679  extracellular solute-binding protein  30.28 
 
 		 264 aa  97.4  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0815907 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1525  extracellular solute-binding protein  29.25 
 
 		 255 aa  97.1  3e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.490796  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1562  extracellular solute-binding protein  28.34 
 
 		 261 aa  97.1  3e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.470134  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0344  extracellular solute-binding protein  25.37 
 
 		 264 aa  97.1  3e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2969  extracellular solute-binding protein  30.71 
 
 		 262 aa  96.3  5e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.87246  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  28.36 
 
 		 265 aa  96.3  6e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0743  extracellular solute-binding protein  28.62 
 
 		 260 aa  96.3  6e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1529  extracellular solute-binding protein  29.88 
 
 		 264 aa  94.7  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3014  extracellular solute-binding protein  27.72 
 
 		 265 aa  94.7  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.569959  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1073  extracellular solute-binding protein  29.88 
 
 		 264 aa  94.7  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1553  extracellular solute-binding protein  29.88 
 
 		 264 aa  94.7  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1294  extracellular solute-binding protein family 3  28.06 
 
 		 263 aa  94.4  2e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0278324  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1454  extracellular solute-binding protein  29.88 
 
 		 264 aa  94.4  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0743  extracellular solute-binding protein  29.88 
 
 		 295 aa  94.4  2e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0655438  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1475  extracellular solute-binding protein  29.88 
 
 		 264 aa  94.7  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4410  extracellular solute-binding protein family 3  28.47 
 
 		 251 aa  94  3e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3585  extracellular solute-binding protein  29.45 
 
 		 266 aa  94  3e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.435512  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2050  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.04 
 
 		 251 aa  93.2  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0241787  normal  0.446872 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2380  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  29.18 
 
 		 249 aa  93.6  4e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.730778  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2066  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  27.7 
 
 		 258 aa  92.8  5e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0711  extracellular solute-binding protein family 3  29.46 
 
 		 266 aa  92.8  5e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4695  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  29.48 
 
 		 264 aa  93.2  5e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344661  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2134  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.65 
 
 		 264 aa  92.4  6e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1729  extracellular solute-binding protein family 3  29.51 
 
 		 264 aa  92.8  6e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0336  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  24.72 
 
 		 264 aa  92  9e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.137288  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2003  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  30.65 
 
 		 313 aa  92  9e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.385413  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0367  putative amino acid ABC transporter substrate-binding protein  24.72 
 
 		 264 aa  92  9e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4620  arginine-binding periplasmic protein 2  26.67 
 
 		 246 aa  92  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.370137  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>