More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_4121 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_4121  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 560 aa  1121    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1553  AMP-dependent synthetase and ligase  43.26 
 
 		 546 aa  414  1e-114  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1300  DitJ-like CoA ligase  40.49 
 
 		 547 aa  364  3e-99  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3794  AMP-dependent synthetase and ligase  34.56 
 
 		 552 aa  327  2.0000000000000001e-88  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  38.74 
 
 		 535 aa  295  1e-78  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.114603  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2453  AMP-dependent synthetase and ligase  35.55 
 
 		 544 aa  276  1.0000000000000001e-72  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7121  AMP-dependent synthetase and ligase  36.35 
 
 		 542 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2066  AMP-dependent synthetase and ligase  37.62 
 
 		 527 aa  266  5e-70  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0592  putative AMP-dependent synthetase and ligase  33.81 
 
 		 543 aa  266  1e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.29458  normal  0.172075 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2688  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.09 
 
 		 534 aa  261  3e-68  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.204709  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2709  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  31.16 
 
 		 534 aa  260  5.0000000000000005e-68  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.710965  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1907  AMP-dependent synthetase and ligase  32.11 
 
 		 543 aa  254  4.0000000000000004e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.549821  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1761  AMP-dependent synthetase and ligase  37.85 
 
 		 550 aa  252  1e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3882  AMP-dependent synthetase and ligase  36.53 
 
 		 549 aa  252  1e-65  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0832  AMP-dependent synthetase and ligase  34.97 
 
 		 551 aa  249  1e-64  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3258  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  35 
 
 		 545 aa  248  2e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.15308  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2757  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  33.02 
 
 		 538 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.679806  normal  0.462941 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0898  AMP-dependent synthetase and ligase  32.44 
 
 		 537 aa  241  2.9999999999999997e-62  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4608  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  33.79 
 
 		 550 aa  227  5.0000000000000005e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1508  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  36.4 
 
 		 535 aa  218  2e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.84 
 
 		 512 aa  203  6e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3436  AMP-dependent synthetase and ligase  29.8 
 
 		 586 aa  195  2e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0569509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  30.98 
 
 		 525 aa  194  5e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3408  malonyl-CoA synthase  31.36 
 
 		 504 aa  190  5.999999999999999e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.787784 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3639  AMP-dependent synthetase and ligase  30.31 
 
 		 512 aa  189  1e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.917263  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  28.07 
 
 		 662 aa  188  2e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.84 
 
 		 514 aa  187  3e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  29.74 
 
 		 517 aa  184  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.672086  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0078  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  29.71 
 
 		 517 aa  184  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  29.53 
 
 		 517 aa  182  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0079  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  29.53 
 
 		 517 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.187597  normal  0.982419 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0077  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  29.53 
 
 		 517 aa  181  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1062  AMP-dependent synthetase and ligase  29.65 
 
 		 490 aa  180  4.999999999999999e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0978563  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  32.29 
 
 		 506 aa  180  8e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2884  AMP-dependent synthetase and ligase  31.89 
 
 		 807 aa  178  2e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.17736  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2999  malonyl-CoA synthase  31.3 
 
 		 506 aa  178  2e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003081  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.43 
 
 		 513 aa  177  4e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1423  AMP-dependent synthetase and ligase  31.82 
 
 		 510 aa  177  6e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  28.65 
 
 		 520 aa  176  8e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3993  AMP-dependent synthetase and ligase  31.98 
 
 		 524 aa  176  9e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.968795  normal  0.880097 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4035  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.03 
 
 		 517 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.948769  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  29.13 
 
 		 521 aa  176  9.999999999999999e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3226  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.66 
 
 		 517 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3859  AMP-dependent synthetase and ligase  31.81 
 
 		 504 aa  174  2.9999999999999996e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.447607  hitchhiker  0.00632845 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0574  malonyl-CoA synthase  30.08 
 
 		 504 aa  174  3.9999999999999995e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  30.13 
 
 		 539 aa  174  5e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0839  AMP-dependent synthetase and ligase  30.04 
 
 		 577 aa  172  1e-41  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.43 
 
 		 517 aa  171  2e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0038  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.63 
 
 		 517 aa  172  2e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.565789  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3618  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  29.16 
 
 		 505 aa  171  3e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.221467 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.43 
 
 		 522 aa  171  4e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.54 
 
 		 510 aa  171  4e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.54 
 
 		 510 aa  170  5e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3237  ATP-dependent AMP-binding family protein  31.21 
 
 		 538 aa  171  5e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.402279 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00041  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.63 
 
 		 522 aa  170  7e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4939  AMP-dependent synthetase and ligase  30.19 
 
 		 517 aa  170  7e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.296689  normal  0.234323 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00040  hypothetical protein  28.63 
 
 		 522 aa  170  7e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1884  AMP-dependent synthetase and ligase  29.98 
 
 		 495 aa  170  7e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  29.83 
 
 		 516 aa  170  8e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.54 
 
 		 510 aa  169  9e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  27.68 
 
 		 512 aa  169  1e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0040  AMP-dependent synthetase and ligase  28.74 
 
 		 708 aa  169  1e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5371  malonyl-CoA synthase  29.4 
 
 		 504 aa  169  1e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.132829  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3562  AMP-dependent synthetase and ligase  28.95 
 
 		 517 aa  169  2e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.54 
 
 		 510 aa  168  2e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.54 
 
 		 510 aa  168  2e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.54 
 
 		 510 aa  168  2e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.54 
 
 		 510 aa  168  2e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.54 
 
 		 510 aa  168  2e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  30.47 
 
 		 509 aa  168  2e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141316  normal  0.236103 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0039  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.43 
 
 		 522 aa  169  2e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4181  acyl-CoA synthetase  30.84 
 
 		 522 aa  169  2e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.273498 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33180  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  30.47 
 
 		 509 aa  168  2e-40  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0193282  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.54 
 
 		 510 aa  168  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0321  AMP-dependent synthetase and ligase  29.7 
 
 		 503 aa  168  2.9999999999999998e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.289675  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0112  AMP-dependent synthetase and ligase  27.72 
 
 		 572 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0503  AMP-dependent synthetase and ligase  28.99 
 
 		 492 aa  167  4e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1008  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.54 
 
 		 510 aa  167  4e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3040  long-chain acyl-CoA synthetase  28.07 
 
 		 518 aa  165  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3834  malonyl-CoA synthase  29.1 
 
 		 504 aa  165  2.0000000000000002e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.610168  normal  0.151644 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4160  AMP-dependent synthetase and ligase  31.82 
 
 		 499 aa  164  3e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.365856  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4891  AMP-dependent synthetase and ligase  30.12 
 
 		 520 aa  164  3e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.862065  normal  0.74496 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2867  AMP-dependent synthetase and ligase  28.91 
 
 		 552 aa  164  4.0000000000000004e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.533017  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1495  AMP-dependent synthetase and ligase  31.25 
 
 		 541 aa  163  6e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0866  AMP-dependent synthetase and ligase  29.75 
 
 		 509 aa  163  7e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2406  AMP-dependent synthetase and ligase  31.2 
 
 		 509 aa  163  7e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0466191 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01070  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  30.6 
 
 		 516 aa  162  1e-38  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6849  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.23 
 
 		 586 aa  162  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.854568 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1832  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  30.16 
 
 		 537 aa  162  2e-38  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.603335 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0102  AMP-dependent synthetase and ligase  30.78 
 
 		 520 aa  161  3e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1964  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.22 
 
 		 525 aa  160  5e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132088  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2283  AMP-dependent synthetase and ligase  28.6 
 
 		 513 aa  160  5e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  29.27 
 
 		 515 aa  160  5e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4008  AMP-dependent synthetase and ligase  30.2 
 
 		 1043 aa  160  5e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0371  AMP-dependent synthetase and ligase  29.98 
 
 		 544 aa  160  6e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00566676  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0943  AMP-dependent synthetase and ligase  29.49 
 
 		 511 aa  160  7e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.193061  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2858  AMP-dependent synthetase and ligase  30.72 
 
 		 485 aa  159  9e-38  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2519  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.37 
 
 		 562 aa  159  1e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4335  AMP-dependent synthetase and ligase  28.98 
 
 		 521 aa  159  1e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.153441  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4379  AMP-dependent synthetase and ligase  31.89 
 
 		 506 aa  159  1e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.177409 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>