More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0023 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_0023  hypothetical protein  100 
 
 
190 aa  387  1e-107  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0016  hypothetical protein  79.35 
 
 
190 aa  291  3e-78  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0297149 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0240  hypothetical protein  65.93 
 
 
195 aa  245  3e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0470  hypothetical protein  76.54 
 
 
168 aa  240  1e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.736744 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0592  hypothetical protein  65.95 
 
 
195 aa  232  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0048  hypothetical protein  73.01 
 
 
169 aa  230  8.000000000000001e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0450  protein of unknown function UPF0054  71.01 
 
 
167 aa  217  7e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0756  hypothetical protein  52.23 
 
 
162 aa  160  1e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2156  hypothetical protein  53.29 
 
 
158 aa  158  5e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0171886  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2068  hypothetical protein  53.29 
 
 
158 aa  158  5e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00222514  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0042  hypothetical protein  61.54 
 
 
168 aa  147  8e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.215952  hitchhiker  0.00000000741924 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1812  hypothetical protein  55.9 
 
 
176 aa  140  9.999999999999999e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.160006  normal  0.244952 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0440  hypothetical protein  46.34 
 
 
167 aa  138  4.999999999999999e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.510456  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0029  protein of unknown function UPF0054  57.38 
 
 
171 aa  135  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0226276 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0637  hypothetical protein  52.03 
 
 
159 aa  135  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.563713 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3401  protein of unknown function UPF0054  51.39 
 
 
161 aa  134  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0559162  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3206  hypothetical protein  50 
 
 
161 aa  133  9.999999999999999e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3530  protein of unknown function UPF0054  49.29 
 
 
161 aa  133  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.258059  normal  0.388673 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3619  hypothetical protein  45.61 
 
 
185 aa  132  1.9999999999999998e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0017  protein of unknown function UPF0054  54.92 
 
 
171 aa  132  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.276542 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2895  protein of unknown function UPF0054  47.9 
 
 
176 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.365942 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3921  hypothetical protein  60.17 
 
 
163 aa  127  1.0000000000000001e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1438  hypothetical protein  50.41 
 
 
147 aa  127  1.0000000000000001e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.317044 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1245  hypothetical protein  42.95 
 
 
158 aa  122  2e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0703  hypothetical protein  51.59 
 
 
160 aa  122  3e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.323161 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3180  hypothetical protein  48.43 
 
 
159 aa  118  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0338745  normal  0.0323303 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0023  hypothetical protein  44.97 
 
 
162 aa  118  6e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0474552  normal  0.677353 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2159  hypothetical protein  51.22 
 
 
168 aa  117  7.999999999999999e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3693  hypothetical protein  52 
 
 
174 aa  117  9e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.607801  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0233  protein of unknown function UPF0054  45.51 
 
 
159 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.468321  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09050  putative metalloprotease  53.33 
 
 
162 aa  116  1.9999999999999998e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.322809  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0980  hypothetical protein  49.59 
 
 
167 aa  116  1.9999999999999998e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.864504  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2389  hypothetical protein  50.81 
 
 
169 aa  115  3.9999999999999997e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1352  putative metalloprotease  51.26 
 
 
161 aa  115  3.9999999999999997e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000594068  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1217  hypothetical protein  44.93 
 
 
157 aa  114  6e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.06226  normal  0.585303 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3035  hypothetical protein  41.4 
 
 
160 aa  114  7.999999999999999e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0891  hypothetical protein  48.76 
 
 
154 aa  114  8.999999999999998e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.151419  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3772  hypothetical protein  47.4 
 
 
200 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1015  protein of unknown function UPF0054  43.45 
 
 
181 aa  113  1.0000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00876846  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1057  hypothetical protein  58.47 
 
 
205 aa  113  2.0000000000000002e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.593132  normal  0.761519 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0396  hypothetical protein  49.07 
 
 
166 aa  112  3e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.548723 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00449  putative metalloprotease  48.36 
 
 
137 aa  112  3e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00790076  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0190  hypothetical protein  45 
 
 
194 aa  112  4.0000000000000004e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0482  putative metalloprotease  46.15 
 
 
154 aa  112  4.0000000000000004e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000119898  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2911  hypothetical protein  44.06 
 
 
154 aa  110  9e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2336  hypothetical protein  48.36 
 
 
154 aa  110  9e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0822  putative metalloprotease  44.44 
 
 
157 aa  110  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0727  putative metalloprotease  44.44 
 
 
157 aa  110  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.942478 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0786  putative metalloprotease  44.44 
 
 
157 aa  110  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0713  putative metalloprotease  44.44 
 
 
157 aa  110  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0908599  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0813  putative metalloprotease  44.29 
 
 
153 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3574  hypothetical protein  43.7 
 
 
155 aa  109  3e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.475724  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0774  putative metalloprotease  43.65 
 
 
157 aa  109  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1126  putative metalloprotease  51.67 
 
 
168 aa  109  3e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.769061  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3139  putative metalloprotease  45.08 
 
 
156 aa  107  7.000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.653369  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1884  putative metalloprotease  48.31 
 
 
161 aa  107  9.000000000000001e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0220408  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1949  putative metalloprotease  48.31 
 
 
161 aa  107  9.000000000000001e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3473  putative metalloprotease  44.26 
 
 
158 aa  107  1e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.162228  normal  0.0246988 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3136  putative metalloprotease  45.3 
 
 
159 aa  107  1e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02232  hypothetical protein  46.34 
 
 
158 aa  106  2e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.389778  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1496  hypothetical metal-binding protein  44.44 
 
 
152 aa  106  2e-22  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0681  hypothetical protein  44.44 
 
 
152 aa  106  2e-22  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12310  putative metalloprotease  51.26 
 
 
160 aa  106  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1195  putative metalloprotease  44.44 
 
 
159 aa  105  3e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2925  putative metalloprotease  44.63 
 
 
157 aa  105  3e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00599548 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0711  putative metalloprotease  46.15 
 
 
156 aa  105  3e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.655872  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2137  protein of unknown function UPF0054  44.16 
 
 
171 aa  105  5e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.150042  normal  0.171752 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3529  hypothetical protein  42.98 
 
 
149 aa  105  5e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.603425  normal  0.0221884 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004213  predicted metal-dependent hydrolase  45.3 
 
 
154 aa  105  5e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.522311  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01228  putative metalloprotease  45.3 
 
 
154 aa  104  8e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3698  putative metalloprotease  42.98 
 
 
158 aa  103  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.34037  hitchhiker  0.00284102 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0346  metal-dependent hydrolase  40.62 
 
 
154 aa  103  1e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3874  hypothetical protein  43.54 
 
 
167 aa  103  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.249382  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2208  hypothetical protein  42.86 
 
 
152 aa  103  2e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0068  protein of unknown function UPF0054  43.59 
 
 
202 aa  102  3e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0317437 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1106  putative metalloprotease  41.94 
 
 
161 aa  101  8e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2950  putative metalloprotease  43.59 
 
 
161 aa  100  1e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.552489  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0475  hypothetical protein  44.54 
 
 
160 aa  100  1e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3781  putative metalloprotease  49.3 
 
 
151 aa  100  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.170938 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3596  hypothetical protein  42.22 
 
 
160 aa  99  4e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0386207 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2917  putative metalloprotease  42.98 
 
 
157 aa  99  4e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0141881  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0533  hypothetical protein  42.28 
 
 
158 aa  98.2  6e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.942887 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2482  putative metalloprotease  38.93 
 
 
153 aa  97.8  7e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.509439  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1155  hypothetical protein  33.8 
 
 
154 aa  97.4  1e-19  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.8201  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0064  hypothetical protein  44.44 
 
 
155 aa  97.4  1e-19  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.50025  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3068  putative metalloprotease  34.93 
 
 
154 aa  97.1  2e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00524874  decreased coverage  0.00000007454 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2577  putative metalloprotease  47.11 
 
 
153 aa  96.3  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.130395 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3029  putative metalloprotease  38.97 
 
 
156 aa  95.9  3e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.125459  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0632  putative metalloprotease  50 
 
 
157 aa  95.5  4e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00341468  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1395  hypothetical protein  43.9 
 
 
158 aa  95.5  4e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1601  hypothetical protein  43.9 
 
 
158 aa  95.5  4e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0603  unkown domain/putative metalloprotease fusion protein  43.7 
 
 
237 aa  95.5  4e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0927  hypothetical protein  36.09 
 
 
154 aa  95.1  5e-19  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2083  unkown domain/putative metalloprotease fusion protein  45 
 
 
258 aa  95.1  5e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.830783  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2723  unkown domain/putative metalloprotease fusion protein  45 
 
 
258 aa  95.1  5e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.597285  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2695  unkown domain/putative metalloprotease fusion protein  45 
 
 
258 aa  95.1  5e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.275063  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4347  putative metalloprotease  50 
 
 
166 aa  95.1  6e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0588  putative metalloprotease  45.76 
 
 
155 aa  94.7  7e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.155181  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2740  hypothetical protein  42.5 
 
 
157 aa  94.7  7e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1983  protein of unknown function UPF0054  36.3 
 
 
157 aa  94.4  9e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>