More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_2197 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_2197  Exonuclease III-like protein  100 
 
 		 126 aa  251  2.0000000000000002e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1085  exodeoxyribonuclease III  75.44 
 
 		 259 aa  97.4  6e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.647883  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4299  exodeoxyribonuclease III Xth  78.57 
 
 		 257 aa  88.2  4e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.231101  normal  0.275572 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3728  exodeoxyribonuclease III Xth  71.43 
 
 		 256 aa  86.3  1e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0579  exodeoxyribonuclease III (xth)  70.91 
 
 		 274 aa  86.7  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1207  exodeoxyribonuclease III (xth)  68.42 
 
 		 256 aa  85.5  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3799  exodeoxyribonuclease III  68.42 
 
 		 256 aa  84.3  5e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.602523  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3424  exodeoxyribonuclease III  55.41 
 
 		 272 aa  84.3  5e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.903718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4910  exodeoxyribonuclease III  63.16 
 
 		 283 aa  84  6e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.38033  decreased coverage  0.000445359 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2785  hypothetical protein  65.71 
 
 		 353 aa  84  7e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1868  exodeoxyribonuclease III  63.16 
 
 		 264 aa  81.6  0.000000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0445089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3911  exodeoxyribonuclease III  59.65 
 
 		 271 aa  81.3  0.000000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2898  exodeoxyribonuclease III  66.07 
 
 		 284 aa  80.5  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.696489  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1460  exodeoxyribonuclease III Xth  65.45 
 
 		 254 aa  80.9  0.000000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.178949  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3456  exodeoxyribonuclease III Xth  61.4 
 
 		 303 aa  78.6  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2122  exodeoxyribonuclease III  61.4 
 
 		 262 aa  78.6  0.00000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.443475  normal  0.589868 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0877  exodeoxyribonuclease III Xth  63.16 
 
 		 264 aa  77.8  0.00000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00278743 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5537  exodeoxyribonuclease III Xth  61.4 
 
 		 308 aa  77.4  0.00000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0199533 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2061  exodeoxyribonuclease III (exonuclease III)  61.4 
 
 		 255 aa  77  0.00000000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.240867  normal  0.343531 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2159  exodeoxyribonuclease III Xth  59.65 
 
 		 260 aa  77  0.00000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00188855  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3648  exodeoxyribonuclease III  66.04 
 
 		 254 aa  77  0.00000000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2707  exodeoxyribonuclease III, putative  65.38 
 
 		 265 aa  76.3  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3045  exodeoxyribonuclease III  65.38 
 
 		 265 aa  76.3  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0213415  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0156  exodeoxyribonuclease III  54.39 
 
 		 259 aa  76.6  0.0000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3378  exodeoxyribonuclease III Xth  61.4 
 
 		 259 aa  76.3  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0851015 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2221  exodeoxyribonuclease III  57.89 
 
 		 270 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.162729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5986  exodeoxyribonuclease III Xth  57.89 
 
 		 270 aa  76.3  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.294616 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0172  exodeoxyribonuclease III  56.36 
 
 		 255 aa  75.9  0.0000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000298085 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3010  exodeoxyribonuclease III Xth  59.65 
 
 		 265 aa  75.5  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2668  exodeoxyribonuclease III Xth  60.71 
 
 		 260 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.276969  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0921  exodeoxyribonuclease III  57.89 
 
 		 261 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.784471  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1491  exodeoxyribonuclease III Xth  57.89 
 
 		 264 aa  74.7  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.74554 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0913  exodeoxyribonuclease III Xth  59.65 
 
 		 261 aa  74.3  0.0000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.515839  normal  0.110771 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1386  exodeoxyribonuclease III Xth  57.89 
 
 		 263 aa  74.3  0.0000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.031293  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2921  exodeoxyribonuclease III Xth  59.62 
 
 		 264 aa  73.9  0.0000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09930  putative exonuclease III  57.89 
 
 		 266 aa  74.3  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0994533  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1964  exodeoxyribonuclease III Xth  65.38 
 
 		 260 aa  73.9  0.0000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.917664  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2435  exodeoxyribonuclease III  60.71 
 
 		 255 aa  73.6  0.0000000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.147349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2180  exodeoxyribonuclease III (xth)  59.62 
 
 		 256 aa  73.2  0.000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1964  exodeoxyribonuclease III Xth  59.65 
 
 		 258 aa  72.4  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0747161  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3068  exodeoxyribonuclease III Xth  68.42 
 
 		 255 aa  71.6  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.504533 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3423  exodeoxyribonuclease III  68.42 
 
 		 255 aa  71.6  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2418  exodeoxyribonuclease III  50 
 
 		 277 aa  71.2  0.000000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0007  exodeoxyribonuclease III  55.36 
 
 		 255 aa  70.9  0.000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.454244  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2804  exodeoxyribonuclease III  56.36 
 
 		 263 aa  70.9  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.96481  normal  0.323562 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5283  exodeoxyribonuclease III Xth  56.14 
 
 		 269 aa  70.9  0.000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.974803  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0357  exodeoxyribonuclease III Xth  52.63 
 
 		 257 aa  70.9  0.000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.462834  normal  0.596536 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0178  exodeoxyribonuclease III  52.63 
 
 		 257 aa  70.9  0.000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2680  exonuclease III  58.49 
 
 		 264 aa  70.5  0.000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.112967  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1784  exodeoxyribonuclease III  60.38 
 
 		 266 aa  70.5  0.000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.144543  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2758  exodeoxyribonuclease III  58.18 
 
 		 276 aa  70.5  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.139698  normal  0.30939 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1721  exodeoxyribonuclease III Xth  57.69 
 
 		 265 aa  70.5  0.000000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.678022  decreased coverage  0.000653482 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1755  exodeoxyribonuclease III (xth)  56.36 
 
 		 266 aa  70.5  0.000000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4446  exodeoxyribonuclease III Xth  58.18 
 
 		 258 aa  69.3  0.00000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.499589 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2776  exodeoxyribonuclease III Xth  57.41 
 
 		 260 aa  69.7  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0418103 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3202  exodeoxyribonuclease III Xth  56.36 
 
 		 263 aa  70.1  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.840556  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1810  exodeoxyribonuclease III xth  54.55 
 
 		 266 aa  69.3  0.00000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.962919 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2496  exodeoxyribonuclease III  56.36 
 
 		 267 aa  68.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.0083215  normal  0.338343 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1736  exodeoxyribonuclease III Xth  55.77 
 
 		 265 aa  68.9  0.00000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.956019  normal  0.890937 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03249  exodeoxyribonuclease III  58.18 
 
 		 259 aa  68.2  0.00000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1402  exodeoxyribonuclease III  57.41 
 
 		 258 aa  68.6  0.00000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.941543  normal  0.632012 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3018  exodeoxyribonuclease III Xth  57.69 
 
 		 261 aa  68.6  0.00000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.176682  normal  0.802869 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3970  exodeoxyribonuclease III  56.36 
 
 		 258 aa  68.2  0.00000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4438  exodeoxyribonuclease III  50.91 
 
 		 263 aa  67.4  0.00000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5454  exodeoxyribonuclease III  55.56 
 
 		 258 aa  67  0.00000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1246  exodeoxyribonuclease III Xth  50.88 
 
 		 254 aa  67  0.00000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0137674 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1686  exodeoxyribonuclease III  54.72 
 
 		 262 aa  67  0.00000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1683  exodeoxyribonuclease III  53.7 
 
 		 258 aa  66.2  0.0000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.122396 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0007  exodeoxyribonuclease III Xth  39.78 
 
 		 255 aa  66.6  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.669681 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1920  exodeoxyribonuclease III  51.92 
 
 		 262 aa  66.6  0.0000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.19654  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2163  exodeoxyribonuclease III Xth  55.56 
 
 		 258 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.924471  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3071  exodeoxyribonuclease III  53.7 
 
 		 258 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2687  exodeoxyribonuclease III  53.7 
 
 		 258 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0446  exodeoxyribonuclease III Xth  54.55 
 
 		 258 aa  65.5  0.0000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.255564  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0873  exodeoxyribonuclease III  53.7 
 
 		 260 aa  65.9  0.0000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1738  exodeoxyribonuclease III  53.7 
 
 		 258 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2247  exodeoxyribonuclease III  53.7 
 
 		 258 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1520  exodeoxyribonuclease III  53.7 
 
 		 258 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.746689  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2765  exodeoxyribonuclease III  53.7 
 
 		 322 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1126  exodeoxyribonuclease III Xth  55.56 
 
 		 272 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00222533  normal  0.38819 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1699  exodeoxyribonuclease III xth  51.85 
 
 		 282 aa  66.2  0.0000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0398069  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1847  exodeoxyribonuclease III  53.7 
 
 		 258 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1820  exodeoxyribonuclease III  55.56 
 
 		 267 aa  65.9  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.458905  hitchhiker  0.00350077 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0864  exodeoxyribonuclease III  53.7 
 
 		 279 aa  65.5  0.0000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2782  exodeoxyribonuclease III  40.78 
 
 		 258 aa  65.9  0.0000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.554158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2631  exodeoxyribonuclease III  53.7 
 
 		 258 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.223347  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1315  exodeoxyribonuclease III  58.49 
 
 		 259 aa  65.1  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2657  exodeoxyribonuclease III  58.49 
 
 		 259 aa  65.1  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.107023  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1479  exodeoxyribonuclease III Xth  53.7 
 
 		 263 aa  65.1  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.688806 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1911  exodeoxyribonuclease III Xth  51.92 
 
 		 264 aa  65.1  0.0000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.566879  normal  0.517852 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5932  exodeoxyribonuclease III (xth)  53.7 
 
 		 258 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.342329  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2145  exodeoxyribonuclease III Xth  53.7 
 
 		 258 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.447148  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1677  exodeoxyribonuclease III Xth  53.7 
 
 		 263 aa  65.5  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3266  exodeoxyribonuclease III Xth  55.77 
 
 		 263 aa  65.5  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15770  Exodeoxyribonuclease III  50 
 
 		 259 aa  64.7  0.0000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.587593  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2607  exodeoxyribonuclease III  36.54 
 
 		 265 aa  65.1  0.0000000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0881671 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1956  exodeoxyribonuclease III Xth  51.92 
 
 		 264 aa  64.7  0.0000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0751549  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2232  exodeoxyribonuclease III Xth  51.92 
 
 		 264 aa  64.7  0.0000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.410107 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2700  exodeoxyribonuclease III Xth  51.92 
 
 		 270 aa  64.3  0.0000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.6811 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7718  hypothetical protein  65.38 
 
 		 353 aa  64.3  0.0000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.731705 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>