More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_1308 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_1308  D-alanyl-alanine synthetase A  100 
 
 		 378 aa  734    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.375804  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0922  D-alanyl-alanine synthetase A  86.51 
 
 		 382 aa  591  1e-168  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.160134 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5374  D-alanyl-alanine synthetase A  58.66 
 
 		 367 aa  390  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0896032 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3243  D-alanine/D-alanine ligase  48.48 
 
 		 366 aa  310  2.9999999999999997e-83  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3345  D-alanine/D-alanine ligase  47.53 
 
 		 366 aa  304  1.0000000000000001e-81  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1367  D-alanine--D-alanine ligase  46.03 
 
 		 367 aa  301  8.000000000000001e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0388  D-ala D-ala ligase  44.23 
 
 		 375 aa  296  3e-79  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.822373  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0850  D-alanyl-alanine synthetase A  46.72 
 
 		 366 aa  294  2e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.237365 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2342  D-alanyl-alanine synthetase A  48.22 
 
 		 358 aa  292  6e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.958781 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0476  D-alanyl-alanine synthetase A  45.9 
 
 		 364 aa  288  7e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00328  D-alanylalanine synthetase  45.21 
 
 		 364 aa  288  9e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3227  D-alanine/D-alanine ligase  45.21 
 
 		 364 aa  288  9e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0447  D-alanyl-alanine synthetase A  45.21 
 
 		 364 aa  288  9e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3251  D-alanyl-alanine synthetase A  45.21 
 
 		 364 aa  288  9e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.10036 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0406  D-alanyl-alanine synthetase A  45.21 
 
 		 364 aa  288  9e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0410  D-alanyl-alanine synthetase A  45.21 
 
 		 364 aa  288  9e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0453  D-alanyl-alanine synthetase A  45.21 
 
 		 364 aa  288  9e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0415  D-alanyl-alanine synthetase A  45.63 
 
 		 364 aa  287  2e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.335332  normal  0.0242928 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0416  D-alanyl-alanine synthetase A  45.36 
 
 		 364 aa  286  4e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.532787  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2101  D-alanyl-alanine synthetase A  49.18 
 
 		 357 aa  286  4e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0423676 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0434  D-alanyl-alanine synthetase A  45.36 
 
 		 364 aa  286  4e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0552987  normal  0.545444 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0422  D-alanyl-alanine synthetase A  45.36 
 
 		 364 aa  286  4e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.947692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0298  D-alanyl-alanine synthetase A  44.93 
 
 		 364 aa  286  5e-76  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4182  D-alanine--D-alanine ligase  48.2 
 
 		 363 aa  281  1e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.512251  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1232  D-alanyl-alanine synthetase A  45.4 
 
 		 366 aa  280  2e-74  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0514331  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0173  D-alanyl-alanine synthetase A  47.53 
 
 		 364 aa  281  2e-74  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1271  D-alanyl-alanine synthetase A  45.4 
 
 		 353 aa  279  6e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.537127  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2143  D-alanyl-alanine synthetase A  46.77 
 
 		 367 aa  276  3e-73  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.233091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4219  D-alanyl-alanine synthetase A  45.7 
 
 		 367 aa  274  2.0000000000000002e-72  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.899986  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2039  D-alanyl-alanine synthetase A  43.33 
 
 		 364 aa  273  3e-72  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000143922  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3919  D-alanyl-alanine synthetase A  46.22 
 
 		 363 aa  271  1e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.27971  normal  0.219568 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4592  D-alanine--D-alanine ligase  43.96 
 
 		 393 aa  270  2e-71  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.79248  normal  0.646635 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09160  D-alanyl-alanine synthetase A  46.05 
 
 		 365 aa  267  2e-70  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.616014 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02772  D-alanyl-alanine synthetase A  47.7 
 
 		 369 aa  267  2e-70  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0610  D-alanyl-alanine synthetase A  42.15 
 
 		 359 aa  264  2e-69  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5988  D-alanyl-alanine synthetase A  45.81 
 
 		 355 aa  264  2e-69  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1929  D-alanyl-alanine synthetase A  44.65 
 
 		 371 aa  263  3e-69  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1975  D-alanyl-alanine synthetase A  44.65 
 
 		 371 aa  263  3e-69  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.916646  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2158  D-alanyl-alanine synthetase A  41.11 
 
 		 356 aa  261  1e-68  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2120  D-alanyl-alanine synthetase A  41.11 
 
 		 356 aa  261  1e-68  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.183623  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3506  D-alanine--D-alanine ligase  42.66 
 
 		 361 aa  261  2e-68  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.109153  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0633  D-alanyl-alanine synthetase A  46.34 
 
 		 371 aa  261  2e-68  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1909  D-alanyl-alanine synthetase A  44.39 
 
 		 371 aa  261  2e-68  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.667964  normal  0.68001 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4044  D-alanine/D-alanine ligase  46.72 
 
 		 384 aa  259  8e-68  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.15517  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3791  D-alanine--D-alanine ligase  43.01 
 
 		 370 aa  257  2e-67  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.100262  normal  0.807199 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3291  D-alanine--D-alanine ligase  43.43 
 
 		 373 aa  257  2e-67  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.304475  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2665  D-alanyl-alanine synthetase A  42.54 
 
 		 364 aa  256  4e-67  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2535  D-alanyl-alanine synthetase A  42.54 
 
 		 364 aa  256  4e-67  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0011  D-alanine--D-alanine ligase  40.11 
 
 		 365 aa  256  6e-67  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.133339  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0283  D-alanyl-alanine synthetase A  40.16 
 
 		 376 aa  254  1.0000000000000001e-66  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0108652  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12996  D-alanyl-alanine synthetase A  44.75 
 
 		 373 aa  253  5.000000000000001e-66  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00428062  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1595  D-alanyl-alanine synthetase A  45.16 
 
 		 372 aa  250  3e-65  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0878073  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1690  D-alanyl-alanine synthetase A  39.34 
 
 		 357 aa  250  4e-65  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.820491  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08980  D-alanine--D-alanine ligase  41.41 
 
 		 343 aa  249  5e-65  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4346  D-alanine--D-alanine ligase A  42.54 
 
 		 352 aa  249  5e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.515612 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1090  D-alanine--D-alanine ligase  42.75 
 
 		 371 aa  248  9e-65  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1680  D-alanine/D-alanine ligase  43.13 
 
 		 389 aa  248  2e-64  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.344983  hitchhiker  0.00583012 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2841  D-alanine/D-alanine ligase  46.13 
 
 		 362 aa  246  4e-64  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1938  D-alanyl-alanine synthetase A  38.93 
 
 		 376 aa  246  4e-64  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00320777  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1521  D-alanine--D-alanine ligase  42.25 
 
 		 352 aa  246  6.999999999999999e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.435 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0232  D-alanyl-alanine synthetase A  40.33 
 
 		 362 aa  243  3e-63  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3672  D-alanine--D-alanine ligase  41.13 
 
 		 364 aa  243  5e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2792  D-alanine/D-alanine ligase  44.74 
 
 		 386 aa  242  7.999999999999999e-63  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.349975  normal  0.237488 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1485  D-alanine/D-alanine ligase  43.92 
 
 		 367 aa  241  1e-62  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.209909  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1130  D-alanyl-alanine synthetase A  46.01 
 
 		 367 aa  241  1e-62  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.177002 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1272  D-alanine--D-alanine ligase  41.58 
 
 		 368 aa  241  1e-62  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.390278  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1363  D-alanine--D-alanine ligase  45.58 
 
 		 376 aa  240  2.9999999999999997e-62  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.905553  normal  0.282026 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1603  D-alanine/D-alanine ligase  42.08 
 
 		 362 aa  240  4e-62  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1084  D-alanyl-alanine synthetase A  40.93 
 
 		 367 aa  239  6.999999999999999e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0223  D-alanyl-alanine synthetase A  38.74 
 
 		 362 aa  239  8e-62  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5376  D-alanine/D-alanine ligase  45.56 
 
 		 350 aa  239  8e-62  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2285  D-alanine/D-alanine ligase  42.59 
 
 		 377 aa  238  9e-62  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.249142  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3609  D-alanyl-alanine synthetase A  43.83 
 
 		 383 aa  238  9e-62  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2721  D-alanyl-alanine synthetase A  39.67 
 
 		 361 aa  238  9e-62  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0289964  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1162  D-alanine--D-alanine ligase  42.55 
 
 		 360 aa  238  1e-61  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000524603 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5065  D-alanyl-alanine synthetase A  39.78 
 
 		 361 aa  237  2e-61  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.250957  normal  0.846892 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2856  D-alanine/D-alanine ligase  44.48 
 
 		 362 aa  237  2e-61  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.227321  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10770  D-alanine--D-alanine ligase  41.58 
 
 		 376 aa  236  4e-61  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.309547  normal  0.44685 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2385  D-alanyl-alanine synthetase A  39.15 
 
 		 368 aa  236  6e-61  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0217  D-alanyl-alanine synthetase A  40.06 
 
 		 361 aa  236  6e-61  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0257  D-alanyl-alanine synthetase A  40.06 
 
 		 361 aa  236  6e-61  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0407  D-alanine/D-alanine ligase  43.33 
 
 		 358 aa  235  8e-61  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8008  D-alanine--D-alanine ligase  43.44 
 
 		 369 aa  235  8e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0260  D-alanyl-alanine synthetase A  40.06 
 
 		 361 aa  235  9e-61  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.649407  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8041  D-alanyl-alanine synthetase A  41.97 
 
 		 394 aa  235  9e-61  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0219  D-alanyl-alanine synthetase A  39.56 
 
 		 361 aa  235  1.0000000000000001e-60  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3354  D-alanyl-alanine synthetase A  42.51 
 
 		 351 aa  234  1.0000000000000001e-60  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0265  D-alanyl-alanine synthetase A  39.56 
 
 		 361 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0279  D-alanyl-alanine synthetase A  39.56 
 
 		 361 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11160  D-alanine--D-alanine ligase  42.09 
 
 		 400 aa  233  4.0000000000000004e-60  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0940695  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2763  D-alanyl-alanine synthetase A  42.28 
 
 		 351 aa  232  6e-60  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.118485  hitchhiker  0.00665374 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2375  D-alanyl-alanine synthetase A  44.69 
 
 		 347 aa  232  9e-60  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.875604  normal  0.964847 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2121  D-alanyl-alanine synthetase A  42.16 
 
 		 339 aa  231  1e-59  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4217  D-alanyl-alanine synthetase A  40.68 
 
 		 366 aa  232  1e-59  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2514  D-alanyl-alanine synthetase A  43.56 
 
 		 382 aa  231  1e-59  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.94876  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0272  D-alanine/D-alanine ligase  41.19 
 
 		 351 aa  231  1e-59  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.472493  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0203  D-alanyl-alanine synthetase A  39.29 
 
 		 364 aa  230  2e-59  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3791  D-alanine--D-alanine ligase  39.34 
 
 		 353 aa  231  2e-59  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0104  D-alanyl-alanine synthetase A  41.04 
 
 		 352 aa  229  4e-59  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0436954 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1636  D-alanine/D-alanine ligase  40.42 
 
 		 383 aa  229  4e-59  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>